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European study on Pneumocystis jirovecii short tandem repeats genotyping reveals wide population diversity with geographic specificities
Compte rendu de congrès/Proceeding of congress et d’un contrôle interne, ainsi que la quantification de la charge fongique en moins de 2 heures à partir d’un prélèvement respiratoire, grâce à une automatisation quasi-complète. Les seules étapes manuelles consistent en la préparation du mélange sondes et amorces (mais celui-ci peut être préparé à l’avance, aliquoté et congelé) et le prétraitement des échantillons visqueux. Les performances analytiques (sensibilité, limite de détection), ainsi que les Ct obtenus sur cette plateforme, sont comparables à ceux de la précédente technique. Par sa simplicité d’utilisation, la possibilité d’être réalisée à la demande et un délai de rendu de résultat inférieur à 2 heures, cette technique répond à l’urgence diagnostique de la PcP de l’immunodéprimé, et est vouée à remplacer le diagnostic microscopique. Une étude prospective, sur un plus grand nombre d’échantillons, est en cours : elle permettra notamment de déterminer les seuils de charge fongique permettant de distinguer colonisation et infection par Pneumocystis jirovecii. Déclaration de liens d’intérêts leurs éventuels liens d’intérêts.
Les auteurs n’ont pas précisé
http://dx.doi.org/10.1016/j.mycmed.2016.04.015 8
e5 (Operational Taxonomic Units). Ces échantillons calibrés ont aussi montré un faible biais d’amplification, un faible taux d’erreur de séquenc ¸age, et ont permis de vérifier le caractère semi-quantitatif de la technique. Seule une espèce présente dans les mélanges artificiels (Lichtheimia corymbifera) s’est révélée sous-amplifiée. Ce déficit de performance est dû à la présence de deux bases différentes chez cette espèce par rapport à l’amorce ITS3. L’analyse des échantillons des logements a permis d’identifier 3594 OTUs. Les 30 genres principaux représentent 75 % des séquences obtenues (« reads »). Parmi ceux-ci figurent les genres habituellement retrouvés par les techniques de culture (Penicillium, Aspergillus et Cladosporium) ou d’autres habituellement moins isolés en culture comme Epicoccum, qui est le 4e genre détecté. Un des avantages de cette technique est qu’elle permet d’identifier les basidiomycètes, de culture et d’identification difficile, qui représentent pourtant 20 % des données issues des logements analysés. Des analyses sont actuellement en cours pour évaluer l’impact des caractéristiques des logements sur ces communautés. Dès à présent, la métagénomique appliquée aux EDC semble prometteuse. Elle pourra être utilisée en parallèle de la qPCR, pour avoir une vision globale de l’écologie microbienne et une quantification relative des espèces au sein des communautés.
Évaluation d’une approche métagénomique ciblée pour la caractérisation de la composition microbiologique de poussière de logement
Déclaration de liens d’intérêts leurs éventuels liens d’intérêts.
S. Rocchi 1,2,∗ , B. Valot 1 , A. Naegele 1 , G. Reboux 1,2 , L. Millon 1,2 1 UMR CNRS 6249 chrono-environnement université Bourgogne Franche-Comté, Besanc¸on, France 2 Service de parasitologie-mycologie CHRU Jean-Minjoz, Besanc ¸on, France ∗ Auteur correspondant. Adresse e-mail : steffi[email protected] (S. Rocchi)
European study on Pneumocystis jirovecii short tandem repeats genotyping reveals wide population diversity with geographic specificities
La métagénomique ciblée (« metabarcoding ») apporte de nouvelles connaissances sur les écosystèmes microbiens. Elle fournit un inventaire quasi-exhaustif des communautés présentes. Elle est de plus en plus utilisée pour caractériser la composition microbiologique des environnements intérieurs et extérieurs de logements. Des travaux ont ainsi évalué la composition des communautés fongiques et bactériennes à travers différentes techniques de prélèvements (écouvillons, poussière aspirée ou capteurs passifs de poussières) et via différentes technologies de séquenc ¸age haut débit (pyroséquenc ¸age Roche 454 et/ou technologie Illumina MiSeq ou HiSeq). Notre étude préliminaire avait pour objectif d’évaluer une technique de métagénomique fongique ciblée et l’analyse bioinformatique qui en découle à partir d’échantillons calibrés et d’utiliser cette approche à partir de prélèvements réalisés par capteurs électrostatiques de poussières (EDC), dans des logements ne présentant pas de problèmes d’humidité ou d’insalubrité. Ainsi, les communautés fongiques de 14 logements (Franche-Comté) ont été analysées après amplification de la région ITS2 (amorces ITS3 et ITS4). Toutes les étapes d’amplification, d’indexage des échantillons et purifications ont été réalisées dans notre laboratoire. Le séquenc ¸age (Illumina MiSeq v3, 2 × 300 pb) a ensuite été sous-traité chez Microsynth (Suisse). Les résultats du séquenc ¸age ont ensuite été analysés avec le pipeline MOTHUR. Après les différentes étapes de traitement des données, les mélanges artificiels et les échantillons provenant des logements représentaient respectivement 344 672 et 1 158 758 séquences. L’utilisation de mélanges artificiels (mélanges équimolaires pré- et post-PCR, et mélanges non équimolaires de 11 espèces de levures et moisissures) a permis de valider l’étape de regroupement en OTUs
Les auteurs n’ont pas précisé
http://dx.doi.org/10.1016/j.mycmed.2016.04.016 9
A. Alanio 1,∗ , M. Gits-Muselli 1 , E. Calderon 2 , D. Di Cave 3 , D. Dupont 4 , A. Hamprecht 5 , P. Hauser 6 , J. Helweg-Larsen 7 , M. Kicia 8 , K. Lagrou 9,10 , M. Lengerova 11 , O. Matos 12 , W. Melchers 13 1 Hôpital Saint-Louis, Paris, France 2 Instituto de Biomedicina de Sevilla, Hospital Universitario Virgen del Rocío/CSIC/Universidad de Sevilla, Seville, Spain 3 Department of experimental medicine and surgery University of rome ‘‘tor vergata’’, Roma, Italy 4 Hospices Civils de Lyon, institut de parasitologie mycologie médicale, hôpital de la Croix-Rousse, Lyon, France 5 Institut für medizinische Mikrobiologie, Immunologie und Hygiene Universitätsklinikum, Köln, Germany 6 Institute of Microbiology, Lausanne University Hospital and University of Lausanne, Lausanne, Switzerland 7 Department of Infectious Diseases, Rigshospitalet-Copenhagen University Hospital, Copenhagen, Denmark 8 Department of Biology and Medical Parasitology, Wroclaw Medical University, Wroclaw, Poland 9 Department of Microbiology and Immunology, Catholic University Leuven, Leuven, Belgium 10 National Reference Center for Mycosis, Department of Laboratory Medicine, University Hospitals Leuven, Leuven, Belgium 11 University Hospital Brno, Brno, Czech Republic 12 Medical Parasitology Unit, Group of Opportunistic Protozoa/HIV and Other Protozoa, Global Health and Tropical Medicine, Instituto de Higiene e Medicina Tropical, Universidade NOVA de Lisboa, Lisbon, Portugal 13 Department of Medical Microbiology, Radboud University Medical Center, Nijmegen, The Netherlands ∗ Corresponding author. E-mail address: [email protected] (A. Alanio)
e6 Introduction Pneumocystis jirovecii is a human specific uncultivable ascomycetous fungus, for which the reservoir is immunocompetent human individuals. Immunocompromised patients are at risk of developing pneumocystis pneumonia (PCP) when exposed to P.jirovecii through their immediate environment. A recently described short tandem repeat (STR) typing strategy was applied to a population of patients from Paris and found a high diversity of genotypes (Gts) between the patients, but identical Gts reflecting putative interhuman nosocomial transmission [1]. In contrast, another genotyping study using a different STR set described a limited global population of P.jirovecii testing isolates recovered from Africa (n = 13), USA (n = 49) and Europe (n = 29) [2]. Our objective is to determine the distribution of P.jirovecii STR genotypes across European hospitals. Methods We investigated a collection of 355 P.jirovecii microscopy or PCR positive respiratory samples recovered from 355 PCP patients in 12 European countries [France (n = 5), Belgium, The Netherlands, Denmark, Germany, UK, Poland, Czech republic, Switzerland, Italy, Spain, and Portugal]. STR typing was performed as previously described [1]. Amplification failure occurred in 32% of the samples, likely a result of insufficient P.jirovecii DNA. Therefore, 242 samples (median: 17 per center (8—24)) were further analyzed. Results Mixtures of STR markers >1 allele for ≥ 1 locus) were detected in 66.7% [range: 36.4%—90.9%] of the samples, with a trend towards a lower proportion of mixtures in France-centre 2 and Belgium. The distribution of alleles in all six markers was significantly different according to the countries in STRPj 138 (p = 0.0002), STRPj 278 (p = 0.0085), and STRPj 279 (p = 0.0069). Genotyping was analyzed only in samples harboring one allele/locus (n = 87) or several alleles for one locus only (n = 56). This provided 200 analyzable combinations corresponding to 143 Gts. Of them, 123 were found only in one country, 16 in two, 2 in three and one in 4 and 5 countries. Nine Gts were found more than once in a given country. Gt123 was significantly associated with France (14/15, p = 0.0007) and Gt132 with Belgium (5/5, p < 0.0001). In details, Center 2 in France and Belgium were associated with a high proportion of one genotype (42.8% of Gt123 and 100% of Gt132, respectively), suggesting enrichment in one geographical area or increased interhuman transmission in the corresponding hospitals. Conclusion Our study of 16 European centers showed a wide population diversity across Europe. However, focusing on centers, our results evidenced clusters of patients harboring a given genotype suggesting nosocomial interhuman transmission and potential outbreak situations. Disclosure of interest The authors have not supplied their declaration of competing interest. References [1] Gits-Muselli M, et al. PLoS One 2015;10(5):e0125763. [2] Parobek CM, et al. J Clin Microbiol 2014;52(5):1391—9. http://dx.doi.org/10.1016/j.mycmed.2016.04.017 10
Impact des antifongiques sur la résistance des principales espèces de Candida en réanimation—Evolution et tendances sur 10 ans S. Bailly 1,2,∗ , D. Maubon 1 , P. Fournier 3 , H. Pelloux 1 , C. Schwebel 4 , C. Chapuis 5 , L. Foroni 5 , M. Cornet 1 , J. Timsit 2,6 1 Parasitologie-mycologie médicale C .H.U. Grenoble, La Tronche, France 2 INSERM UMR1137, Paris, France 3 Laboratoire de bactériologie médicale, C .H.U. Grenoble, La Tronche, France 4 Réanimation médicale, C .H.U. Grenoble, La Tronche, France
Compte rendu de congrès/Proceeding of congress 5
Pharmacie, C .H.U. Grenoble, La Tronche, France Réanimation médicale et infectieuse, hôpital Bichat-C laude Bernard, Paris, France ∗ Auteur correspondant. Adresse e-mail : [email protected] (S. Bailly) 6
Introduction Les levures du genre Candida représentent la cause la plus fréquente d’infections fongiques humaines et l’incidence des infections à Candida augmente depuis plusieurs années. Cette tendance est d’autant plus importante chez les patients critiques en réanimation qui sont à haut risque d’infection opportuniste à Candida. Depuis 2003, de nouvelles molécules antifongiques ont été introduites, notamment les échinocandines qui présentent un spectre d’action plus large pour les Candida incluant les espèces C. glabrata et C. krusei. Les pratiques de prescription des antifongiques incluant les échinocandines ont été évaluées en 2010 avec un faible recul et ont mis en évidence un lien entre la prescription d’antifongique et l’évolution des CMI. L’objectif de cette étude est d’évaluer l’effet de la prescription d’antifongiques sur la sensibilité des espèces Candida au service de réanimation médicale de Grenoble sur une période de 10 ans (2004—2013). Matériel et méthode La consommation d’antifongique a été déterminée en nombre de doses journalières pour 1000 jours d’hospitalisation. La distribution des espèces Candida sur une période de 10 ans (2004—2013) et les CMI des antifongiques sur la période 2007—2013 a été déterminée. Une analyse des séries chronologiques a été effectuée pour estimer les relations entre la consommation d’antifongiques, la distribution des Candida spp. et les changements de CMI dans le temps. Résultats Sur 42 873 échantillons de 5360 patients, 2403 étaient positifs à Candida. Candida albicans reste l’espèce majoritaire (53,1 %) suivie de Candida glabrata (16,2 %) et Candida parapsilosis (7,9 %). Candida parapsilosis suit une augmentation significative de 5,8 % en 2004 à 8,4 % en 2013 en prenant en compte les fluctuations temporelles (p = 0,02). L’utilisation de la caspofungine augmente significativement entre 2004 (17,9 DDDs/1000HD) et 2013 (58,8 DDDs/1000HD) (p = 0,001). Entre 2007 et 2013, l’augmentation de la consommation de caspofungine est significativement corrélée à l’augmentation de la CMI de C. parapsilosis (p = 0,01), C. glabrata (p = 0,001) et C. albicans (p = 0,02). La consommation d’amphotéricine B est significativement corrélée à une augmentation de la CMI de C. glabrata (p = 0,04). La consommation de caspofungine est corrélée significativement à une diminution de la proportion de C. albicans et C. glabrata (p = 0,03 et 0,01 respectivement) et à une augmentation de la proportion de C. parapsilosis (p = 0,003). Conclusion Cette étude confirme que l’administration d’antifongique en unité de soins intensifs influence la sensibilité aux antifongiques et la distribution des trois principales espèces Candida. En particulier la pression de sélection exercée par la caspofungine et l’amphotéricine B sur C. glabrata nécessite une surveillance particulière, du fait que cette espèce est peu sensible au fluconazole. Il est essentiel d’éviter le mésusage des antifongiques en USI pour limiter la prolifération de souches résistantes. Déclaration de liens d’intérêts leurs éventuels liens d’intérêts.
Les auteurs n’ont pas précisé
http://dx.doi.org/10.1016/j.mycmed.2016.04.018
Les auteurs n’ont pas précisé
http://dx.doi.org/10.1016/j.mycmed.2016.04.015 8
e5 (Operational Taxonomic Units). Ces échantillons calibrés ont aussi montré un faible biais d’amplification, un faible taux d’erreur de séquenc ¸age, et ont permis de vérifier le caractère semi-quantitatif de la technique. Seule une espèce présente dans les mélanges artificiels (Lichtheimia corymbifera) s’est révélée sous-amplifiée. Ce déficit de performance est dû à la présence de deux bases différentes chez cette espèce par rapport à l’amorce ITS3. L’analyse des échantillons des logements a permis d’identifier 3594 OTUs. Les 30 genres principaux représentent 75 % des séquences obtenues (« reads »). Parmi ceux-ci figurent les genres habituellement retrouvés par les techniques de culture (Penicillium, Aspergillus et Cladosporium) ou d’autres habituellement moins isolés en culture comme Epicoccum, qui est le 4e genre détecté. Un des avantages de cette technique est qu’elle permet d’identifier les basidiomycètes, de culture et d’identification difficile, qui représentent pourtant 20 % des données issues des logements analysés. Des analyses sont actuellement en cours pour évaluer l’impact des caractéristiques des logements sur ces communautés. Dès à présent, la métagénomique appliquée aux EDC semble prometteuse. Elle pourra être utilisée en parallèle de la qPCR, pour avoir une vision globale de l’écologie microbienne et une quantification relative des espèces au sein des communautés.
Évaluation d’une approche métagénomique ciblée pour la caractérisation de la composition microbiologique de poussière de logement
Déclaration de liens d’intérêts leurs éventuels liens d’intérêts.
S. Rocchi 1,2,∗ , B. Valot 1 , A. Naegele 1 , G. Reboux 1,2 , L. Millon 1,2 1 UMR CNRS 6249 chrono-environnement université Bourgogne Franche-Comté, Besanc¸on, France 2 Service de parasitologie-mycologie CHRU Jean-Minjoz, Besanc ¸on, France ∗ Auteur correspondant. Adresse e-mail : steffi[email protected] (S. Rocchi)
European study on Pneumocystis jirovecii short tandem repeats genotyping reveals wide population diversity with geographic specificities
La métagénomique ciblée (« metabarcoding ») apporte de nouvelles connaissances sur les écosystèmes microbiens. Elle fournit un inventaire quasi-exhaustif des communautés présentes. Elle est de plus en plus utilisée pour caractériser la composition microbiologique des environnements intérieurs et extérieurs de logements. Des travaux ont ainsi évalué la composition des communautés fongiques et bactériennes à travers différentes techniques de prélèvements (écouvillons, poussière aspirée ou capteurs passifs de poussières) et via différentes technologies de séquenc ¸age haut débit (pyroséquenc ¸age Roche 454 et/ou technologie Illumina MiSeq ou HiSeq). Notre étude préliminaire avait pour objectif d’évaluer une technique de métagénomique fongique ciblée et l’analyse bioinformatique qui en découle à partir d’échantillons calibrés et d’utiliser cette approche à partir de prélèvements réalisés par capteurs électrostatiques de poussières (EDC), dans des logements ne présentant pas de problèmes d’humidité ou d’insalubrité. Ainsi, les communautés fongiques de 14 logements (Franche-Comté) ont été analysées après amplification de la région ITS2 (amorces ITS3 et ITS4). Toutes les étapes d’amplification, d’indexage des échantillons et purifications ont été réalisées dans notre laboratoire. Le séquenc ¸age (Illumina MiSeq v3, 2 × 300 pb) a ensuite été sous-traité chez Microsynth (Suisse). Les résultats du séquenc ¸age ont ensuite été analysés avec le pipeline MOTHUR. Après les différentes étapes de traitement des données, les mélanges artificiels et les échantillons provenant des logements représentaient respectivement 344 672 et 1 158 758 séquences. L’utilisation de mélanges artificiels (mélanges équimolaires pré- et post-PCR, et mélanges non équimolaires de 11 espèces de levures et moisissures) a permis de valider l’étape de regroupement en OTUs
Les auteurs n’ont pas précisé
http://dx.doi.org/10.1016/j.mycmed.2016.04.016 9
A. Alanio 1,∗ , M. Gits-Muselli 1 , E. Calderon 2 , D. Di Cave 3 , D. Dupont 4 , A. Hamprecht 5 , P. Hauser 6 , J. Helweg-Larsen 7 , M. Kicia 8 , K. Lagrou 9,10 , M. Lengerova 11 , O. Matos 12 , W. Melchers 13 1 Hôpital Saint-Louis, Paris, France 2 Instituto de Biomedicina de Sevilla, Hospital Universitario Virgen del Rocío/CSIC/Universidad de Sevilla, Seville, Spain 3 Department of experimental medicine and surgery University of rome ‘‘tor vergata’’, Roma, Italy 4 Hospices Civils de Lyon, institut de parasitologie mycologie médicale, hôpital de la Croix-Rousse, Lyon, France 5 Institut für medizinische Mikrobiologie, Immunologie und Hygiene Universitätsklinikum, Köln, Germany 6 Institute of Microbiology, Lausanne University Hospital and University of Lausanne, Lausanne, Switzerland 7 Department of Infectious Diseases, Rigshospitalet-Copenhagen University Hospital, Copenhagen, Denmark 8 Department of Biology and Medical Parasitology, Wroclaw Medical University, Wroclaw, Poland 9 Department of Microbiology and Immunology, Catholic University Leuven, Leuven, Belgium 10 National Reference Center for Mycosis, Department of Laboratory Medicine, University Hospitals Leuven, Leuven, Belgium 11 University Hospital Brno, Brno, Czech Republic 12 Medical Parasitology Unit, Group of Opportunistic Protozoa/HIV and Other Protozoa, Global Health and Tropical Medicine, Instituto de Higiene e Medicina Tropical, Universidade NOVA de Lisboa, Lisbon, Portugal 13 Department of Medical Microbiology, Radboud University Medical Center, Nijmegen, The Netherlands ∗ Corresponding author. E-mail address: [email protected] (A. Alanio)
e6 Introduction Pneumocystis jirovecii is a human specific uncultivable ascomycetous fungus, for which the reservoir is immunocompetent human individuals. Immunocompromised patients are at risk of developing pneumocystis pneumonia (PCP) when exposed to P.jirovecii through their immediate environment. A recently described short tandem repeat (STR) typing strategy was applied to a population of patients from Paris and found a high diversity of genotypes (Gts) between the patients, but identical Gts reflecting putative interhuman nosocomial transmission [1]. In contrast, another genotyping study using a different STR set described a limited global population of P.jirovecii testing isolates recovered from Africa (n = 13), USA (n = 49) and Europe (n = 29) [2]. Our objective is to determine the distribution of P.jirovecii STR genotypes across European hospitals. Methods We investigated a collection of 355 P.jirovecii microscopy or PCR positive respiratory samples recovered from 355 PCP patients in 12 European countries [France (n = 5), Belgium, The Netherlands, Denmark, Germany, UK, Poland, Czech republic, Switzerland, Italy, Spain, and Portugal]. STR typing was performed as previously described [1]. Amplification failure occurred in 32% of the samples, likely a result of insufficient P.jirovecii DNA. Therefore, 242 samples (median: 17 per center (8—24)) were further analyzed. Results Mixtures of STR markers >1 allele for ≥ 1 locus) were detected in 66.7% [range: 36.4%—90.9%] of the samples, with a trend towards a lower proportion of mixtures in France-centre 2 and Belgium. The distribution of alleles in all six markers was significantly different according to the countries in STRPj 138 (p = 0.0002), STRPj 278 (p = 0.0085), and STRPj 279 (p = 0.0069). Genotyping was analyzed only in samples harboring one allele/locus (n = 87) or several alleles for one locus only (n = 56). This provided 200 analyzable combinations corresponding to 143 Gts. Of them, 123 were found only in one country, 16 in two, 2 in three and one in 4 and 5 countries. Nine Gts were found more than once in a given country. Gt123 was significantly associated with France (14/15, p = 0.0007) and Gt132 with Belgium (5/5, p < 0.0001). In details, Center 2 in France and Belgium were associated with a high proportion of one genotype (42.8% of Gt123 and 100% of Gt132, respectively), suggesting enrichment in one geographical area or increased interhuman transmission in the corresponding hospitals. Conclusion Our study of 16 European centers showed a wide population diversity across Europe. However, focusing on centers, our results evidenced clusters of patients harboring a given genotype suggesting nosocomial interhuman transmission and potential outbreak situations. Disclosure of interest The authors have not supplied their declaration of competing interest. References [1] Gits-Muselli M, et al. PLoS One 2015;10(5):e0125763. [2] Parobek CM, et al. J Clin Microbiol 2014;52(5):1391—9. http://dx.doi.org/10.1016/j.mycmed.2016.04.017 10
Impact des antifongiques sur la résistance des principales espèces de Candida en réanimation—Evolution et tendances sur 10 ans S. Bailly 1,2,∗ , D. Maubon 1 , P. Fournier 3 , H. Pelloux 1 , C. Schwebel 4 , C. Chapuis 5 , L. Foroni 5 , M. Cornet 1 , J. Timsit 2,6 1 Parasitologie-mycologie médicale C .H.U. Grenoble, La Tronche, France 2 INSERM UMR1137, Paris, France 3 Laboratoire de bactériologie médicale, C .H.U. Grenoble, La Tronche, France 4 Réanimation médicale, C .H.U. Grenoble, La Tronche, France
Compte rendu de congrès/Proceeding of congress 5
Pharmacie, C .H.U. Grenoble, La Tronche, France Réanimation médicale et infectieuse, hôpital Bichat-C laude Bernard, Paris, France ∗ Auteur correspondant. Adresse e-mail : [email protected] (S. Bailly) 6
Introduction Les levures du genre Candida représentent la cause la plus fréquente d’infections fongiques humaines et l’incidence des infections à Candida augmente depuis plusieurs années. Cette tendance est d’autant plus importante chez les patients critiques en réanimation qui sont à haut risque d’infection opportuniste à Candida. Depuis 2003, de nouvelles molécules antifongiques ont été introduites, notamment les échinocandines qui présentent un spectre d’action plus large pour les Candida incluant les espèces C. glabrata et C. krusei. Les pratiques de prescription des antifongiques incluant les échinocandines ont été évaluées en 2010 avec un faible recul et ont mis en évidence un lien entre la prescription d’antifongique et l’évolution des CMI. L’objectif de cette étude est d’évaluer l’effet de la prescription d’antifongiques sur la sensibilité des espèces Candida au service de réanimation médicale de Grenoble sur une période de 10 ans (2004—2013). Matériel et méthode La consommation d’antifongique a été déterminée en nombre de doses journalières pour 1000 jours d’hospitalisation. La distribution des espèces Candida sur une période de 10 ans (2004—2013) et les CMI des antifongiques sur la période 2007—2013 a été déterminée. Une analyse des séries chronologiques a été effectuée pour estimer les relations entre la consommation d’antifongiques, la distribution des Candida spp. et les changements de CMI dans le temps. Résultats Sur 42 873 échantillons de 5360 patients, 2403 étaient positifs à Candida. Candida albicans reste l’espèce majoritaire (53,1 %) suivie de Candida glabrata (16,2 %) et Candida parapsilosis (7,9 %). Candida parapsilosis suit une augmentation significative de 5,8 % en 2004 à 8,4 % en 2013 en prenant en compte les fluctuations temporelles (p = 0,02). L’utilisation de la caspofungine augmente significativement entre 2004 (17,9 DDDs/1000HD) et 2013 (58,8 DDDs/1000HD) (p = 0,001). Entre 2007 et 2013, l’augmentation de la consommation de caspofungine est significativement corrélée à l’augmentation de la CMI de C. parapsilosis (p = 0,01), C. glabrata (p = 0,001) et C. albicans (p = 0,02). La consommation d’amphotéricine B est significativement corrélée à une augmentation de la CMI de C. glabrata (p = 0,04). La consommation de caspofungine est corrélée significativement à une diminution de la proportion de C. albicans et C. glabrata (p = 0,03 et 0,01 respectivement) et à une augmentation de la proportion de C. parapsilosis (p = 0,003). Conclusion Cette étude confirme que l’administration d’antifongique en unité de soins intensifs influence la sensibilité aux antifongiques et la distribution des trois principales espèces Candida. En particulier la pression de sélection exercée par la caspofungine et l’amphotéricine B sur C. glabrata nécessite une surveillance particulière, du fait que cette espèce est peu sensible au fluconazole. Il est essentiel d’éviter le mésusage des antifongiques en USI pour limiter la prolifération de souches résistantes. Déclaration de liens d’intérêts leurs éventuels liens d’intérêts.
Les auteurs n’ont pas précisé
http://dx.doi.org/10.1016/j.mycmed.2016.04.018