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Fréquence des polymorphismes du CYP2C9 chez les Polynésiens et pertinence potentielle concernant le traitement de la goutte par benzbromarone
Revue du rhumatisme 81 (2014) 159–163
Disponible en ligne sur
www.sciencedirect.com
Article original
Fréquence des polymorphismes du CYP2C9 chez les Polynésiens et pertinence potentielle concernant le traitement de la goutte par benzbromarone夽 Rebecca L. Roberts a,∗ , Mary C. Wallace a , Daniel F.B. Wright b , Murray Cadzow c , Nicola Dalbeth d , Peter B. Jones d , Lisa K. Stamp e , Andrew A. Harrison f , Michael A. Black c , Tony R. Merriman c a
Service des sciences de chirurgie, université d’Otago, Dunedin, Nouvelle-Zélande Service des sciences de pharmacie, université d’Otago, Dunedin, Nouvelle-Zélande c Service des sciences de biochimie, université d’Otago, Dunedin, Nouvelle-Zélande d Département de médecine, université d’Auckland, Christchurch, Nouvelle-Zélande e Département de médecine, université d’Otago, Christchurch, Nouvelle-Zélande f Départment de médecine, université d’Otago, Wellington, Nouvelle-Zélande b
i n f o
a r t i c l e
Historique de l’article : Accepté le 3 juillet 2013 Disponible sur Internet le 12 mars 2014 Mots clés : Allèle CYP2C9 du métaboliseur lent Hépatotoxicité Benzbromarone
r é s u m é Objectifs. – La goutte est un problème de santé publique chez les Polynésiens et l’allopurinol, traitement de choix dans la goutte, semble être moins efficace chez eux. La benzbromarone, médicament uricosurique, est un traitement alternatif mais les métaboliseurs lents (ML) de CYP2C9 peuvent être à haut risque d’hépatotoxicité liée à la benzbromarone. Les objectifs de cette étude étaient de déterminer la fréquence des allèles de ML de CYP2C9*2 et CYP2C9*3 chez les Caucasiens et les Polynésiens goutteux de NouvelleZélande et de tester de nouveaux polymorphismes CYP2C9 chez les Polynésiens. Méthodes. – Huit cent cinquante-deux Caucasiens (537 témoins, 315 patients goutteux) et 1072 Maoris et habitants des îles du Pacifique (Polynésiens) (620 témoins, 452 goutteux) ont été génotypés pour CYP2C9*2 et CYP2C9*3. Quarante-quatre Polynésiens ont été testés pour de nouveaux polymorphismes CYP2C9 en utilisant un séquenc¸age génomique total. Résultats. – La fréquence des allèles ML CYP2C9 était significativement plus élevée chez les Caucasiens comparés aux Polynésiens (CYP2C9*2 : 13,5 % versus 3,1 % ; CYP2C9*3 : 5,5 % versus 1,6 %, p < 1,2E-11). Parmi les Polynésiens, les allèles ML CYP2C9 PM étaient plus rares chez les Polynésiens de l’ouest (Samoa, Tonga) que chez les Polynésiens de l’est (NZ et Maoris de l’île Cook ; CYP2C9*2 : 0,6 % versus 2,5 % ; CYP2C9*3 : 0,4 % versus 2,0 % ; p < 0,03). Un nombre total de SNPs a été retrouvé par séquenc¸age. Aucun de ses variants n’avait prédit par l’analyse in silico un quelconque impact sur l’expression ou l’activité de CYP2C9. Conclusion. – Le génotypage CYP2C9 chez les Caucasiens goutteux pourrait être garanti pour la benzbromarone, alors que les fréquences basses des allèles CYP2C9 ML chez les Polynésiens suggère que le polymorphisme CYP2C9 n’a pas ou peu de pertinence en rapport avec la prescription de benzbromarone dans cette population. © 2013 Société Française de Rhumatologie. Publié par Elsevier Masson SAS. Tous droits réservés.
1. Introduction
DOI de l’article original : http://dx.doi.org/10.1016/j.jbspin.2013.07.006. 夽 Ne pas utiliser, pour citation, la référence franc¸aise de cet article, mais la référence anglaise de Joint Bone Spine avec le DOI ci-dessus. ∗ Auteur correspondant. Service des sciences de chirurgie, École de médecine de Dunedin, PO Box 913, Dunedin 9054, Nouvelle-Zélande. Adresse e-mail : [email protected] (R.L. Roberts).
La goutte est une maladie articulaire inflammatoire liée à la formation de cristaux d’urate monosodique (UMS) au niveau synovial avec activation de l’inflammasome NLRP3 et production d’interleukine-1-beta mature [1]. En l’absence de prise en charge adéquate, les crises de goutte peuvent induire avec le temps une goutte chronique tophacée caractérisée par l’apparition d’une destruction du cartilage articulaire et d’érosions de l’os sous-chondral [2]. La goutte est un problème de santé publique en NouvelleZélande. Une étude récente de prévalence nationale avait retrouvé
1169-8330/$ – see front matter © 2013 Société Française de Rhumatologie. Publié par Elsevier Masson SAS. Tous droits réservés. http://dx.doi.org/10.1016/j.rhum.2013.08.005
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que le peuple Maori et des îles du Pacifique avaient deux fois plus de risque de développer une goutte que les Néo-Zélandais d’origine caucasienne [3]. De plus, la prévalence de la goutte chez les hommes âgés Maori et des îles du Pacifique est relativement élevée, avec 25 % des hommes Maori et jusqu’à 33 % des hommes du Pacifique âgés de 65 ans et plus. Une étude prospective observationnelle avait montré que les paramètres de sévérité de la goutte étaient plus élevés chez les Maori et les patients du Pacifique, y compris l’âge de début, la fréquence des crises articulaires et la concentration sérique d’acide urique [4]. Nous disposons actuellement d’un choix limité de traitement médicamenteux. L’allopurinol, inhibiteur de la xanthine oxydase, est le traitement de choix pour prévenir les crises de goutte. Cependant, l’allopurinol semble moins efficace chez les patients goutteux Maori et du Pacifique que chez les patients d’origine européenne [5]. La benzbromarone (BBR) est le premier agent uricosurique commercialisé dans l’indication de la goutte en 1976 [6]. Il abaisse les concentrations sériques d’acide urique en réduisant la réabsorption de l’acide urique par les tubules rénaux. Cet effet est médié par l’inhibition des protéines de transport apical GLUT9 et URAT1 [6]. La BBR entraîne une réduction du volume des tophus plus rapide que l’allopurinol, et contrairement à l’allopurinol et au probénécide, l’efficacité de la BBR est légèrement réduite en cas d’altération de la fonction rénale [6]. Malgré son efficacité, la BBR a été retirée du marché dans plusieurs pays après l’apparition de 11 cas d’hépatotoxicité entre 1994 et 2003 [6]. Une revue des quatre articles publiés [6] suggère une toxicité hépatique dosedépendante et de ce fait une altération du métabolisme et/ou de l’élimination de la molécule pourrait être responsable de cet effet secondaire rare. Les premières études de dose effectuées sur des sujets sains avaient montré que l’élimination lente de la BBR était un trait stable et qu’elle suivait une distribution tri-modale [7]. Ces caractéristiques suggèrent fortement un effet du polymorphisme génétique sur le métabolisme de la molécule. La BBR est métabolisée en hydroxy-BBR et 6-hydroxy-BBR [8]. Les études réalisées sur des microsomes de foie humain avaient montré que la conversion de BBR en 6-hydroxy-BBR dépend de l’enzyme du cytochrome P450 CYP2C9 [8] qui possède un polymorphisme génétique important. Parmi les 17 métaboliseurs lents de CYP2C9 identifiés, CYP2C9*2 (rs1799853, 430T>C, Arg144Cys) et CYP2C9*3 (rs1057910, 1075A>C, Ile359Leu) sont fréquents, présents chez environ 3–10 % des Caucasiens, 1–7 % des Asiatiques et 1–4 % des Africains [9]. Une étude des doses de BBR chez 20 Japonais sains (15 CYP2C9*1/*1, 4 CYP2C9*1/*3 et 1 CYP2C9*3/*3) avait conclu que la clairance orale de BBR était significativement réduite dans les formes CYP2C9*3 homozygotes comparés aux autres participants [10]. Aucune différence en termes de pharmacocinétique de BBR n’a été retrouvée entre des sujets homozygotes pour CYP2C9*1 et hétérozygotes pour CYP2C9*3, bien qu’il semble exister une tendance vers une récurrence orale moyenne plus basse et une demi-vie plus longue dans les études portant sur les CYP2C9*3 hétérozygotes comparés aux CYP2C9*1 homozygotes [10]. En Nouvelle-Zélande, la BBR a été récemment recommandée pour être incluse dans le programme pharmaceutique chez des patients présentant une goutte avec intolérance à l’allopurinol, ou qui ne répondent pas de fac¸on adéquate à l’allopurinol et au probénécide, ou ceux qui présentent une altération légère à modérée de la fonction rénale (Pharmac: Pharmacology and Therapeutics Advisory Committee [PTAC] meeting minutes, 4–5 novembre 2010. http://www.pharmac.govt.nz/2011/01/17/2010-11 %20PTAC% 20web%20minutes.pdf/text évalué le 14 décembre 2012). Comme l’allopurinol semble moins efficace chez les patients goutteux Polynésiens [5], nous prévoyons que la BBR sera prescrite de fac¸on assez fréquente chez ceux-ci. Cependant, jusqu’à présent, il y a peu de données sur la prévalence des allèles CYP2C9 ML dans
le peuple polynésien et de ce fait, les déterminants génétiques de l’exposition à la BBR dans ce groupe de population sont mal connus. Notre étude avait deux objectifs : le premier était de déterminer la fréquence des allèles CYP2C9*2 et CYP2C9*3 ML dans une population de Polynésiens, et la comparer avec les fréquences retrouvées chez les Caucasiens ; le second était de rechercher des individus polynésiens présentant de nouvelles variantes CYP2C9 en utilisant le séquenc¸age du génome entier. 2. Méthodes 2.1. Patients Les patients goutteux et les témoins ont déjà été décrits dans un autre article [11]. Brièvement, tous les patients goutteux avaient satisfait aux critères préliminaires de classification de l’ACR pour la crise de goutte et dans chaque cas le diagnostic a été confirmé par un rhumatologue. Les patients et les témoins dans l’échantillon de Polynésiens étaient subdivisés en Polynésiens originaires de l’est (Maori de Nouvelle-Zélande et Maori des îles Cook) ou de l’ouest (provenant des îles Tonga, Samoa, Niue, Tokelau). Tous les participants ont fourni un consentement écrit et l’aval du Comité d’éthique multi-régions de Nouvelle-Zélande a été obtenu. 2.2. Extraction de l’ADN et génotypage du CYP2C9 L’ADN a été prélevé à partir du sang périphérique en utilisant la méthode d’extraction au guanidine isothiocyanate. Le génotypage du CYP2C9*2 (rs1799853) et *3 (rs1057910) a été réalisé en utilisant un kit préconc¸u SNP TaqMan® (C 25625805 10 et C 27104892 10) provenant de Applied Biosystems (Applied Biosystems, Carlsbad, Californie, États-Unis). Les réactions ont été réalisées dans un format 384-puits, dans un volume total de 5 L selon les recommandations du constructeur et fonctionnant sur un système de PCR-temps réel Roche LightCycler® 480 (Roche Diagnostics Corporation, Indianapolis, États-Unis). La précision des kits TaqMan® a été confirmée par des analyses répétées de 10 % des échantillons. La concordance entre les génotypes originaux et répétés a été de 100 % pour les deux kits. Un logiciel PLINK a été utilisé afin de tester la déviation de l’équilibre Hardy-Weinberg (EHW). 2.3. Séquenc¸age du génome entier Le séquenc¸age du génome entier des échantillons d’ADN a été réalisé sur 44 patients polynésiens sur un kit Illumina HiSeq 2000 (Illumina Inc, San Diego, CA, États-Unis) avec une profondeur de couverture de trois fois les séquences de couverture puis aligné en utilisant un système BWA à la référence humaine GRCh37. Le kit d’analyse du génome (KAG) a été appliqué pour la calibration du score de qualité de base, le réalignement INDEL et l’élimination des doublons, et nous avons effectué une découverte des SNP et INDEL et un génotypage de tous les échantillons simultanément en utilisant des paramètres de filtrage standard ou un recalibrage variant du score de qualité [12]. L’outil Galaxy d’analyse du génome basé sur le web [13] a été utilisé afin d’extraire la région 10:94 000 000–96 000 000 pour les SNP découverts par KAG. 3. Résultats Au total, 852 Caucasiens (537 témoins, 315 goutteux) et 813 Polynésiens (476 témoins, 337 patients goutteux) ont été génotypés pour CYP2C9*2 (rs1799853) et CYP2C9*3 (rs1057910). Aucune déviation de l’équilibre Hardy-Weinberg n’a été observée sur les données des patients et des témoins (p > 0,05). La comparaison des fréquences des allèles et des génotypes entre les témoins
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Tableau 1 Fréquence des allèles et des génotypes de CYP2C9*2 et CYP2C9*3 chez les Caucasiens et les Polynésiens. Génotypea
Groupe ethnique
*1/*1
*1/*2
*2/*2
Caucasien Polynésien Polynésien de l’est Polynésien de l’ouest
640 (0,751) 1009 90,941) 551 (0,909) 402 (0,988)
194 (0,228) 6 (0,057) 53 (0,087) 5 (0,012)
18 (0,021) 2 (0,002) 2 (0,003) 0
Groupe ethnique
Génotype *1/*1
*1/*3
*3/*3
Caucasien Polynésien Polynésien de l’est Polynésien de l’ouest
742 (0,894) 1029 (0,968) 578 (0,954) 396 (0,995)
84 (0,101) 34 (0,032) 28 (0,046) 2 (0,005)
4 (0,005) 0 0 0
a
FAM
Valeur p-Allélique
230 (0,135) 65 (0,030) 57 (0,047) 5 (0,006)
2,55e-015
FAM
Valeur p-Allélique
92 (0,055) 34 (0,016) 228 (0,023) 2 (0,003)
2,14e-011
1,69e-007
0,0002
CYP2C9*2/*3 hétérozygotes composés : 7 Caucasiens, 1 Polynésien de l’ouest.
et les patients goutteux, stratifiés selon le groupe ethnique, n’a pas montré d’association du gène de CYP2C9 avec la goutte chez les Caucasiens, les Polynésiens de l’est (Maori de Nouvelle-Zélande et Maori de l’île Cook), ou chez les Polynésiens de l’ouest (Tonga, Samoa, Niue, Tokelau) (données non montrées). En revanche, des différences significatives des fréquences des allèles et des génotypes ont été observées plus fréquemment chez les Caucasiens que chez les Polynésiens (CYP2C9*2 : 13,5 % versus 3,0 %, p = 2,55e-015 ; CYP2C9*3 : 5,5 % versus 1,6 %, p = 2,14e-011) (Tableau 1). Lorsque les participants polynésiens étaient subdivisés en Polynésiens de l’est et de l’ouest, des différences plus modestes mais toujours significatives dans les fréquences des génotypes et des allèles ont été observées dans le CYP2C9*2 et CYP2C9*3, étant plus fréquents chez les Polynésiens de l’est que chez les Polynésiens de l’ouest (CYP2C9*2 : 4,7 % versus 0,6 %, p = 1,69e-007 ; CYP2C9*3 : 2,3 % versus 0,3 %, p = 0,0002) (Tableau 1). Les CYP2C9*2 homozygotes
ont été retrouvés chez les Caucasiens (2,1 %) et les Polynésiens de l’est (0,2 %), alors que les CYP2C9*3 homozygotes ont été observés exclusivement chez les Caucasiens, mais à des fréquences très basses (0,5 %) (Tableau 1). Sept Caucasiens (4 témoins, 3 cas) et un Polynésien de l’est étaient hétérozygotes CYP2C9*2/*3. Les données du séquenc¸age complet du gène CYPC9 étaient disponibles chez 44 Polynésiens (26 témoins : 9 Maori de NouvelleZélande, 17 de Samoa ; 18 patients goutteux : 8 Maori de NouvelleZélande, 10 de Samoa). Au total, 152 SNPs ont été identifiés chez les participants (Tableau 2, Tableau S1 ; voir matériel supplémentaire associé à l’article en ligne). Parmi ces SNPs, 20 étaient nouveaux, 21 étaient situés en amont du début du codon ATG, 118 dans la séquence intronique et 12 dans la région 3 non traduite (3 UTR). Le SNP CYP2C9*2 SNP rs1799853 était le seul SNP exonique détecté et a été retrouvé chez un seul contrôle de Samoa. Les fréquences d’allèles mineurs (FAM) des SNPs chez
Tableau 2 Les SNPs CYP2C9 retrouvés chez les Polynésiens précédemment retrouvés dans les autres populations. Numéro rs
Allèle majeur
Allèle mineur
Variant type
Localisation du SNPa
Séquence
Référencesb
rs61886768 rs61886769 rs12782374 rs9332096
A T G C C T A T C G A G C A G T G C A A A C G A T A C C A C
G C A T A C G A A C C C T T T C A T G T G T A G C G T T T G
Promoteur Promoteur Promoteur Promoteur Promoteur Promoteur Promoteur Promoteur Promoteur Variante de l’Intron 1 Variante de l’Intron 1 Variante de l’Intron 1 Variante de l’Intron 1 Variante de l’Intron 1 Variante de l’Intron 1 Variante de l’Intron 1 Variante de l’Intron 3 Variante de l’Intron 3 Variante de l’Intron 3 Variante de l’Intron 3 Variante de l’Intron 3 Variante de l’Intron 3 Variante de l’Intron 4 Variante de l’Intron 4 Variante de l’Intron 5 Variante de l’Intron 6 Variante de l’Intron 7 Variante de l’Intron 8 Variante de l’Intron 8 Variante du 3’UTR
-3597 -3360 -3089 -1565 -1392 -1188 -1096 -485 -484 486 1005 1963 2098 2191 2638 2737 3856 3898 4033 6784 7495 8763 9787 10311 13704 33658 42726 47639 50056 50454
TGCTC [A>G] TCATT TGCTC [T>C] TTGGT CAACC [G>A] TATTA CATTC [C>T] GGAAA AATAA [C>A] CTCAC ATCTT [T>C] TATTG ACAAT [A>G] GAAAG GGATT [T>A] CATTA GATTT [C>A] ATTAT GTATT [G>C] TGGGA AAGGG [A>C] GTATG TGTTA [G>C] TAGTA AGCTA [C>T] GATAA TCTCA [A>T] AAGGA GCTCA [G>T] GCTGG TAGCA [T>C] TACAG TGTGC [G>A] TACAG TTCTC [C>T] TGAAC AAGTC [A>G] ACATG CCAAG [A>T] GTTTG ACTAC [A>G] CAGCC CCTTG [C>T] TGTCT GGTTA [G>A] GAATG TCAAG [A>G] TATAC AACCA [T>C] TTTAA GCTTC [A>G] TTATT GTTTT [C>T] GAAGT CCCTG [C>T] TCATG ACGAT [A>T] CACTG CATCT [C>G] ACATT
[14,15] [14,15] [14–16] [16,17] [15] [14,15,17] [14–17] [14,15,17] [14,15,17] [15] [15] [15] [15] [15] [15] [15] [15,16,18] [15,16] [15] [18] [18] [16] [15] [15,16,19] [18] [16] [16,19] [16,19] [16,19] [15,19]
rs4918758 rs4917636 rs9332101 rs9332102 rs9332105 rs12785201 rs9332113 rs2253635 rs12772884 rs9332117 rs9332118 rs2860905 rs28371675 rs28371677 rs7089580 rs6583964 rs4086116 rs10509679 rs9332129 rs35511771 rs9332174 rs17847029 rs2298037 rs1934969 rs9332242 a b
Les SNP sont numérotés en fonction de –1 du codon de départ ATG (96698440). Références des études précédemment publiées de ces variantes.
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les Polynésiens étaient similaires aux FAMs rapportées chez les Asiatiques dans le « 1000 génomes » et les projets HapMap, mais significativement différentes des FAMs rapportées chez les Caucasiens des mêmes projets.
Déclaration d’intérêts
4. Discussion
Remerciements
La BBR semble plus efficace que l’allopurinol dans la goutte chez bon nombre de patients d’origine polynésienne. Cependant, le polymorphisme CYP2C9 pourrait altérer le métabolisme de la BBR et prédisposer les patients à une hépatotoxicité grave [6]. La clairance orale de BBR semble significativement réduite chez les patients homozygotes CYP2C9*3, et bien que l’impact de l’allèle CYP2C9*2 reste à définir, cet allèle est responsable d’une réduction de 20–30 % de la Vmax de CYP2C9 [20] et de ce fait pourrait altérer l’élimination de la BBR de fac¸on pertinente cliniquement. Dans notre étude, les fréquences des allèles communs CYP2C9*2 et CYP2C9*3 chez les Polynésiens étaient comparables aux fréquences des allèles mineurs observées chez les Néo-Zélandais d’origine caucasienne. Parmi les Polynésiens, les deux allèles CYP2C9 ML sont significativement plus fréquents chez les Polynésiens de l’est que de l’ouest. Cependant, même parmi les Polynésiens de l’est, nous n’avons identifié que deux CYP2C9*2 homozygotes et un CYP2C9*2/*3 hétérozygote, et aucun Polynésien quel que soit son groupe n’est homozygote pour l’allèle CYP2C9*3. Le séquenc¸age de 17 Polynésiens de l’est et de 27 Polynésiens de l’ouest a identifié 152 SNPs CYP2C9 (Tableau S1). Parmi les SNPs, aucun SNP promoteur, 20 SNP introniques et un SNP 3 UTR ont été identifiés et précédemment décrits chez les Hispaniques, les Américains d’origine européenne, les Japonais et les Chinois (Tableau 2). Le SNP promoteur, rs61886768 (-3597A>G), crée un site putatif de liaison CREB, rs61886769 (-3360T>C) descend immédiatement 5 au noyau putatif NF1/CTF [14] et rs9332096 (-1565C>T) et crée un motif de liaison possible pour les facteurs de transcription STAT et Elk-1. Cependant, Lee et al. [16] n’ont pas détecté de différence significative en termes d’expression des construits contenant l’allèle sauvage et les variantes de ce SNP. Le SNP rs4918758 (-1188T>C) a été associé aux changements dans l’expression de CYP2C9, mais ce n’est pas la même constatation dans toutes les études [14]. Le SNP de l’intron 4 rs9332129 (IVS4 -115A>G), retrouvé chez deux de nos participants polynésiens, a été rapporté par Lee et al. [16] pour altérer l’exposition à la warfarine chez les Coréens. Les patients qui étaient homozygotes pour l’allèle G du rs9332129 avaient une réduction dans la dose de maintien de la warfarine comparable à la réduction des doses observée chez les patients hétérozygotes pour le CYP2C9*3. L’analyse in silico réalisée par Lee et al. [16] suggère que rs9332129G pourrait altérer la division génétique. Un second SNP intronique, rs7089580, identifié chez deux de nos patients (Tableau 2), a déjà été rapporté chez les Afro-Américains. Ce SNP a été associé à une dose plus élevée de warfarine [18] et avait un déséquilibre étroit de lien (r2 = 0,98) avec un SNP de l’intron 5 (rs35511771) situé dans un groupement de liaison putatif transcriptionnel 19 bp [18]. Dans notre étude, la fréquence globale des génotypes CYP2C9 MLs était de 2,6 % chez les Néo-Zélandais d’origine caucasienne, 0,3 % chez les Polynésiens de l’est et de 0 % chez les Polynésiens de l’ouest. Le séquenc¸age suivant du gène CYP2C9 chez 44 polynésiens n’a pas mis en évidence l’existence de nouveaux allèles ML dans cette population. En se basant sur ces données, nous avons prédit que les patients polynésiens semblent à faible risque de développer une toxicité liée à la BBR que les Caucasiens, et que le génotypage prospectif de CYP2C9*2 et *3 ne semble pas apporter de bénéfice particulier en pratique clinique.
Nous remercions tous les patients et les témoins d’avoir accepté de participer à l’étude. Nous remercions également Gael Hewett, Jill Drake, Meaghan House, Roddi Laurence, Karen Lindsay, Maria Lobo, Karen Pui et Gabrielle Sexton pour le recrutement des patients ; Mandy Phipps-Green, Ruth Topless et Marilyn Merriman pour l’assistance technique. Le support financier a été fourni par une bourse du Health Research Council de Nouvelle-Zélande (HRC 08/075).
Les auteurs déclarent ne pas avoir de conflits d’intérêts en relation avec cet article.
Annexe A. Matériel complémentaire Un matériel supplémentaire (Tableau S1) associé à cet article peut être consulté à l’adresse http://www.sciencedirect.com, à http://dx.doi.org/10.1016/j.rhum.2013.08.005. Références [1] Merriman TR, Dalbeth N. The genetic basis of hyperuricaemia and gout. Joint Bone Spine 2011;78:35–40, http://dx.doi.org/10.1016/j.jbspin.2010.02.027. [2] McQueen FM, Chhana A, Dalbeth N. Mechanisms of joint damage in gout: evidence from cellular and imaging studies. Nat Rev Rheumatol 2012;8:173–81, http://dx.doi.org/10.1038/nrrheum.2011.207. [3] Winnard D, Wright C, Taylor WJ, et al. National prevalence of gout derived from administrative health data in Aotearoa New Zealand. Rheumatology (Oxford) 2012;51:901–9, http://dx.doi.org/10.1093/rheumatology/ker361. [4] Dalbeth N, House ME, Horne A, et al. The experience and impact of gout in Maori and Pacific people: a prospective observational study. Clin Rheumatol 2012, http://dx.doi.org/10.1007/s10067-012-2110-5. [5] Dalbeth N, Kumar S, Stamp L, et al. Dose adjustment of allopurinol according to creatinine clearance does not provide adequate control of hyperuricemia in patients with gout. J Rheumatol 2006;33: 1646–50. [6] Lee MH, Graham GG, Williams KM, et al. A benefit-risk assessment of benzbromarone in the treatment of gout. Was its withdrawal from the market in the best interest of patients? Drug Saf 2008;31:643–65. [7] Walter-Sack I, Gresser U, Adjan M, et al. Variation of benzbromarone elimination in man–a population study. Eur J Clin Pharmacol 1990;39: 173–6. [8] McDonald MG, Rettie AE. Sequential metabolism and bioactivation of the hepatotoxin benzbromarone: formation of glutathione adducts from a catechol intermediate. Chem Res Toxicol 2007;20:1833–42, http://dx.doi.org/10.1021/tx7001228. [9] Scott SA, Khasawneh R, Peter I, et al. Combined CYP2C9, VKORC1 and CYP4F2 frequencies among racial and ethnic groups. Pharmacogenomics 2010;11:781–91, 2904527. doi:10.2217/pgs.10.49. [10] Uchida S, Shimada K, Misaka S, et al. Benzbromarone pharmacokinetics and pharmacodynamics in different cytochrome P450 2C9 genotypes. Drug Metab Pharmacokinet 2010;25:605–10. [11] Hollis-Moffatt JE, Phipps-Green AJ, Chapman B, et al. The renal urate transporter SLC17A1 locus: confirmation of association with gout. Arthritis Res Ther 2012;14:R92, 34466. doi:10.1186/ar3816. [12] DePristo MA, Banks E, Poplin R, et al. A framework for variation discovery and genotyping using next-generation DNA sequencing data. Nat Genet 2011;43:491–8, 3083463. doi:10.1038/ng.806. [13] Goecks J, Nekrutenko A, Taylor J, et al. Galaxy: a comprehensive approach for supporting accessible, reproducible, and transparent computational research in the life sciences. Genome Biol 2010;11:R86, 2945788. doi:10.1186/gb-2010-11-8-r86. [14] Kramer MA, Rettie AE, Rieder MJ, et al. Novel CYP2C9 promoter variants and assessment of their impact on gene expression. Mol Pharmacol 2008;73:1751–60, 2413059. doi:10.1124/mol.107.044149. [15] Veenstra DL, Blough DK, Higashi MK, et al. CYP2C9 haplotype structure in European American warfarin patients and association with clinical outcomes. Clin Pharmacol Ther 2005;77:353–64, http://dx.doi.org/10.1016/j.clpt.2005.01.019. [16] Lee SJ, Jang YJ, Cha EY, et al. A haplotype of CYP2C9 associated with warfarin sensitivity in mechanical heart valve replacement patients. Br J Clin Pharmacol 2010;70:213–21, 2911551. doi:10.1111/j. 1365-2125.2010. 03688.x.
R.L. Roberts et al. / Revue du rhumatisme 81 (2014) 159–163 [17] Takahashi H, Ieiri I, Wilkinson GR, et al. 5’-Flanking region polymorphisms of CYP2C9 and their relationship to S-warfarin metabolism in white and Japanese patients. Blood 2004;103:3055–7, http://dx.doi.org/10.1182/blood-2003-07-2521. [18] Perera MA, Gamazon E, Cavallari LH, et al. The missing association: sequencing-based discovery of novel SNPs in VKORC1 and CYP2C9 that affect warfarin dose in African Americans. Clin Pharmacol Ther 2011;89:408–15, http://dx.doi.org/10.1038/clpt.2010.322.
163
[19] Xiong Y, Wang M, Fang K, et al. A systematic genetic polymorphism analysis of the CYP2C9 gene in four different geographical Han populations in mainland China. Genomics 2011;97:277–81, http://dx.doi.org/10.1016/j.ygeno.2010.11.004. [20] Zhou SF, Zhou ZW, Huang M. Polymorphisms of human cytochrome P450 2C9 and the functional relevance. Toxicology 2010;278:165–88, http://dx.doi.org/10.1016/j.tox.2009.08.013.
Disponible en ligne sur
www.sciencedirect.com
Article original
Fréquence des polymorphismes du CYP2C9 chez les Polynésiens et pertinence potentielle concernant le traitement de la goutte par benzbromarone夽 Rebecca L. Roberts a,∗ , Mary C. Wallace a , Daniel F.B. Wright b , Murray Cadzow c , Nicola Dalbeth d , Peter B. Jones d , Lisa K. Stamp e , Andrew A. Harrison f , Michael A. Black c , Tony R. Merriman c a
Service des sciences de chirurgie, université d’Otago, Dunedin, Nouvelle-Zélande Service des sciences de pharmacie, université d’Otago, Dunedin, Nouvelle-Zélande c Service des sciences de biochimie, université d’Otago, Dunedin, Nouvelle-Zélande d Département de médecine, université d’Auckland, Christchurch, Nouvelle-Zélande e Département de médecine, université d’Otago, Christchurch, Nouvelle-Zélande f Départment de médecine, université d’Otago, Wellington, Nouvelle-Zélande b
i n f o
a r t i c l e
Historique de l’article : Accepté le 3 juillet 2013 Disponible sur Internet le 12 mars 2014 Mots clés : Allèle CYP2C9 du métaboliseur lent Hépatotoxicité Benzbromarone
r é s u m é Objectifs. – La goutte est un problème de santé publique chez les Polynésiens et l’allopurinol, traitement de choix dans la goutte, semble être moins efficace chez eux. La benzbromarone, médicament uricosurique, est un traitement alternatif mais les métaboliseurs lents (ML) de CYP2C9 peuvent être à haut risque d’hépatotoxicité liée à la benzbromarone. Les objectifs de cette étude étaient de déterminer la fréquence des allèles de ML de CYP2C9*2 et CYP2C9*3 chez les Caucasiens et les Polynésiens goutteux de NouvelleZélande et de tester de nouveaux polymorphismes CYP2C9 chez les Polynésiens. Méthodes. – Huit cent cinquante-deux Caucasiens (537 témoins, 315 patients goutteux) et 1072 Maoris et habitants des îles du Pacifique (Polynésiens) (620 témoins, 452 goutteux) ont été génotypés pour CYP2C9*2 et CYP2C9*3. Quarante-quatre Polynésiens ont été testés pour de nouveaux polymorphismes CYP2C9 en utilisant un séquenc¸age génomique total. Résultats. – La fréquence des allèles ML CYP2C9 était significativement plus élevée chez les Caucasiens comparés aux Polynésiens (CYP2C9*2 : 13,5 % versus 3,1 % ; CYP2C9*3 : 5,5 % versus 1,6 %, p < 1,2E-11). Parmi les Polynésiens, les allèles ML CYP2C9 PM étaient plus rares chez les Polynésiens de l’ouest (Samoa, Tonga) que chez les Polynésiens de l’est (NZ et Maoris de l’île Cook ; CYP2C9*2 : 0,6 % versus 2,5 % ; CYP2C9*3 : 0,4 % versus 2,0 % ; p < 0,03). Un nombre total de SNPs a été retrouvé par séquenc¸age. Aucun de ses variants n’avait prédit par l’analyse in silico un quelconque impact sur l’expression ou l’activité de CYP2C9. Conclusion. – Le génotypage CYP2C9 chez les Caucasiens goutteux pourrait être garanti pour la benzbromarone, alors que les fréquences basses des allèles CYP2C9 ML chez les Polynésiens suggère que le polymorphisme CYP2C9 n’a pas ou peu de pertinence en rapport avec la prescription de benzbromarone dans cette population. © 2013 Société Française de Rhumatologie. Publié par Elsevier Masson SAS. Tous droits réservés.
1. Introduction
DOI de l’article original : http://dx.doi.org/10.1016/j.jbspin.2013.07.006. 夽 Ne pas utiliser, pour citation, la référence franc¸aise de cet article, mais la référence anglaise de Joint Bone Spine avec le DOI ci-dessus. ∗ Auteur correspondant. Service des sciences de chirurgie, École de médecine de Dunedin, PO Box 913, Dunedin 9054, Nouvelle-Zélande. Adresse e-mail : [email protected] (R.L. Roberts).
La goutte est une maladie articulaire inflammatoire liée à la formation de cristaux d’urate monosodique (UMS) au niveau synovial avec activation de l’inflammasome NLRP3 et production d’interleukine-1-beta mature [1]. En l’absence de prise en charge adéquate, les crises de goutte peuvent induire avec le temps une goutte chronique tophacée caractérisée par l’apparition d’une destruction du cartilage articulaire et d’érosions de l’os sous-chondral [2]. La goutte est un problème de santé publique en NouvelleZélande. Une étude récente de prévalence nationale avait retrouvé
1169-8330/$ – see front matter © 2013 Société Française de Rhumatologie. Publié par Elsevier Masson SAS. Tous droits réservés. http://dx.doi.org/10.1016/j.rhum.2013.08.005
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que le peuple Maori et des îles du Pacifique avaient deux fois plus de risque de développer une goutte que les Néo-Zélandais d’origine caucasienne [3]. De plus, la prévalence de la goutte chez les hommes âgés Maori et des îles du Pacifique est relativement élevée, avec 25 % des hommes Maori et jusqu’à 33 % des hommes du Pacifique âgés de 65 ans et plus. Une étude prospective observationnelle avait montré que les paramètres de sévérité de la goutte étaient plus élevés chez les Maori et les patients du Pacifique, y compris l’âge de début, la fréquence des crises articulaires et la concentration sérique d’acide urique [4]. Nous disposons actuellement d’un choix limité de traitement médicamenteux. L’allopurinol, inhibiteur de la xanthine oxydase, est le traitement de choix pour prévenir les crises de goutte. Cependant, l’allopurinol semble moins efficace chez les patients goutteux Maori et du Pacifique que chez les patients d’origine européenne [5]. La benzbromarone (BBR) est le premier agent uricosurique commercialisé dans l’indication de la goutte en 1976 [6]. Il abaisse les concentrations sériques d’acide urique en réduisant la réabsorption de l’acide urique par les tubules rénaux. Cet effet est médié par l’inhibition des protéines de transport apical GLUT9 et URAT1 [6]. La BBR entraîne une réduction du volume des tophus plus rapide que l’allopurinol, et contrairement à l’allopurinol et au probénécide, l’efficacité de la BBR est légèrement réduite en cas d’altération de la fonction rénale [6]. Malgré son efficacité, la BBR a été retirée du marché dans plusieurs pays après l’apparition de 11 cas d’hépatotoxicité entre 1994 et 2003 [6]. Une revue des quatre articles publiés [6] suggère une toxicité hépatique dosedépendante et de ce fait une altération du métabolisme et/ou de l’élimination de la molécule pourrait être responsable de cet effet secondaire rare. Les premières études de dose effectuées sur des sujets sains avaient montré que l’élimination lente de la BBR était un trait stable et qu’elle suivait une distribution tri-modale [7]. Ces caractéristiques suggèrent fortement un effet du polymorphisme génétique sur le métabolisme de la molécule. La BBR est métabolisée en hydroxy-BBR et 6-hydroxy-BBR [8]. Les études réalisées sur des microsomes de foie humain avaient montré que la conversion de BBR en 6-hydroxy-BBR dépend de l’enzyme du cytochrome P450 CYP2C9 [8] qui possède un polymorphisme génétique important. Parmi les 17 métaboliseurs lents de CYP2C9 identifiés, CYP2C9*2 (rs1799853, 430T>C, Arg144Cys) et CYP2C9*3 (rs1057910, 1075A>C, Ile359Leu) sont fréquents, présents chez environ 3–10 % des Caucasiens, 1–7 % des Asiatiques et 1–4 % des Africains [9]. Une étude des doses de BBR chez 20 Japonais sains (15 CYP2C9*1/*1, 4 CYP2C9*1/*3 et 1 CYP2C9*3/*3) avait conclu que la clairance orale de BBR était significativement réduite dans les formes CYP2C9*3 homozygotes comparés aux autres participants [10]. Aucune différence en termes de pharmacocinétique de BBR n’a été retrouvée entre des sujets homozygotes pour CYP2C9*1 et hétérozygotes pour CYP2C9*3, bien qu’il semble exister une tendance vers une récurrence orale moyenne plus basse et une demi-vie plus longue dans les études portant sur les CYP2C9*3 hétérozygotes comparés aux CYP2C9*1 homozygotes [10]. En Nouvelle-Zélande, la BBR a été récemment recommandée pour être incluse dans le programme pharmaceutique chez des patients présentant une goutte avec intolérance à l’allopurinol, ou qui ne répondent pas de fac¸on adéquate à l’allopurinol et au probénécide, ou ceux qui présentent une altération légère à modérée de la fonction rénale (Pharmac: Pharmacology and Therapeutics Advisory Committee [PTAC] meeting minutes, 4–5 novembre 2010. http://www.pharmac.govt.nz/2011/01/17/2010-11 %20PTAC% 20web%20minutes.pdf/text évalué le 14 décembre 2012). Comme l’allopurinol semble moins efficace chez les patients goutteux Polynésiens [5], nous prévoyons que la BBR sera prescrite de fac¸on assez fréquente chez ceux-ci. Cependant, jusqu’à présent, il y a peu de données sur la prévalence des allèles CYP2C9 ML dans
le peuple polynésien et de ce fait, les déterminants génétiques de l’exposition à la BBR dans ce groupe de population sont mal connus. Notre étude avait deux objectifs : le premier était de déterminer la fréquence des allèles CYP2C9*2 et CYP2C9*3 ML dans une population de Polynésiens, et la comparer avec les fréquences retrouvées chez les Caucasiens ; le second était de rechercher des individus polynésiens présentant de nouvelles variantes CYP2C9 en utilisant le séquenc¸age du génome entier. 2. Méthodes 2.1. Patients Les patients goutteux et les témoins ont déjà été décrits dans un autre article [11]. Brièvement, tous les patients goutteux avaient satisfait aux critères préliminaires de classification de l’ACR pour la crise de goutte et dans chaque cas le diagnostic a été confirmé par un rhumatologue. Les patients et les témoins dans l’échantillon de Polynésiens étaient subdivisés en Polynésiens originaires de l’est (Maori de Nouvelle-Zélande et Maori des îles Cook) ou de l’ouest (provenant des îles Tonga, Samoa, Niue, Tokelau). Tous les participants ont fourni un consentement écrit et l’aval du Comité d’éthique multi-régions de Nouvelle-Zélande a été obtenu. 2.2. Extraction de l’ADN et génotypage du CYP2C9 L’ADN a été prélevé à partir du sang périphérique en utilisant la méthode d’extraction au guanidine isothiocyanate. Le génotypage du CYP2C9*2 (rs1799853) et *3 (rs1057910) a été réalisé en utilisant un kit préconc¸u SNP TaqMan® (C 25625805 10 et C 27104892 10) provenant de Applied Biosystems (Applied Biosystems, Carlsbad, Californie, États-Unis). Les réactions ont été réalisées dans un format 384-puits, dans un volume total de 5 L selon les recommandations du constructeur et fonctionnant sur un système de PCR-temps réel Roche LightCycler® 480 (Roche Diagnostics Corporation, Indianapolis, États-Unis). La précision des kits TaqMan® a été confirmée par des analyses répétées de 10 % des échantillons. La concordance entre les génotypes originaux et répétés a été de 100 % pour les deux kits. Un logiciel PLINK a été utilisé afin de tester la déviation de l’équilibre Hardy-Weinberg (EHW). 2.3. Séquenc¸age du génome entier Le séquenc¸age du génome entier des échantillons d’ADN a été réalisé sur 44 patients polynésiens sur un kit Illumina HiSeq 2000 (Illumina Inc, San Diego, CA, États-Unis) avec une profondeur de couverture de trois fois les séquences de couverture puis aligné en utilisant un système BWA à la référence humaine GRCh37. Le kit d’analyse du génome (KAG) a été appliqué pour la calibration du score de qualité de base, le réalignement INDEL et l’élimination des doublons, et nous avons effectué une découverte des SNP et INDEL et un génotypage de tous les échantillons simultanément en utilisant des paramètres de filtrage standard ou un recalibrage variant du score de qualité [12]. L’outil Galaxy d’analyse du génome basé sur le web [13] a été utilisé afin d’extraire la région 10:94 000 000–96 000 000 pour les SNP découverts par KAG. 3. Résultats Au total, 852 Caucasiens (537 témoins, 315 goutteux) et 813 Polynésiens (476 témoins, 337 patients goutteux) ont été génotypés pour CYP2C9*2 (rs1799853) et CYP2C9*3 (rs1057910). Aucune déviation de l’équilibre Hardy-Weinberg n’a été observée sur les données des patients et des témoins (p > 0,05). La comparaison des fréquences des allèles et des génotypes entre les témoins
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Tableau 1 Fréquence des allèles et des génotypes de CYP2C9*2 et CYP2C9*3 chez les Caucasiens et les Polynésiens. Génotypea
Groupe ethnique
*1/*1
*1/*2
*2/*2
Caucasien Polynésien Polynésien de l’est Polynésien de l’ouest
640 (0,751) 1009 90,941) 551 (0,909) 402 (0,988)
194 (0,228) 6 (0,057) 53 (0,087) 5 (0,012)
18 (0,021) 2 (0,002) 2 (0,003) 0
Groupe ethnique
Génotype *1/*1
*1/*3
*3/*3
Caucasien Polynésien Polynésien de l’est Polynésien de l’ouest
742 (0,894) 1029 (0,968) 578 (0,954) 396 (0,995)
84 (0,101) 34 (0,032) 28 (0,046) 2 (0,005)
4 (0,005) 0 0 0
a
FAM
Valeur p-Allélique
230 (0,135) 65 (0,030) 57 (0,047) 5 (0,006)
2,55e-015
FAM
Valeur p-Allélique
92 (0,055) 34 (0,016) 228 (0,023) 2 (0,003)
2,14e-011
1,69e-007
0,0002
CYP2C9*2/*3 hétérozygotes composés : 7 Caucasiens, 1 Polynésien de l’ouest.
et les patients goutteux, stratifiés selon le groupe ethnique, n’a pas montré d’association du gène de CYP2C9 avec la goutte chez les Caucasiens, les Polynésiens de l’est (Maori de Nouvelle-Zélande et Maori de l’île Cook), ou chez les Polynésiens de l’ouest (Tonga, Samoa, Niue, Tokelau) (données non montrées). En revanche, des différences significatives des fréquences des allèles et des génotypes ont été observées plus fréquemment chez les Caucasiens que chez les Polynésiens (CYP2C9*2 : 13,5 % versus 3,0 %, p = 2,55e-015 ; CYP2C9*3 : 5,5 % versus 1,6 %, p = 2,14e-011) (Tableau 1). Lorsque les participants polynésiens étaient subdivisés en Polynésiens de l’est et de l’ouest, des différences plus modestes mais toujours significatives dans les fréquences des génotypes et des allèles ont été observées dans le CYP2C9*2 et CYP2C9*3, étant plus fréquents chez les Polynésiens de l’est que chez les Polynésiens de l’ouest (CYP2C9*2 : 4,7 % versus 0,6 %, p = 1,69e-007 ; CYP2C9*3 : 2,3 % versus 0,3 %, p = 0,0002) (Tableau 1). Les CYP2C9*2 homozygotes
ont été retrouvés chez les Caucasiens (2,1 %) et les Polynésiens de l’est (0,2 %), alors que les CYP2C9*3 homozygotes ont été observés exclusivement chez les Caucasiens, mais à des fréquences très basses (0,5 %) (Tableau 1). Sept Caucasiens (4 témoins, 3 cas) et un Polynésien de l’est étaient hétérozygotes CYP2C9*2/*3. Les données du séquenc¸age complet du gène CYPC9 étaient disponibles chez 44 Polynésiens (26 témoins : 9 Maori de NouvelleZélande, 17 de Samoa ; 18 patients goutteux : 8 Maori de NouvelleZélande, 10 de Samoa). Au total, 152 SNPs ont été identifiés chez les participants (Tableau 2, Tableau S1 ; voir matériel supplémentaire associé à l’article en ligne). Parmi ces SNPs, 20 étaient nouveaux, 21 étaient situés en amont du début du codon ATG, 118 dans la séquence intronique et 12 dans la région 3 non traduite (3 UTR). Le SNP CYP2C9*2 SNP rs1799853 était le seul SNP exonique détecté et a été retrouvé chez un seul contrôle de Samoa. Les fréquences d’allèles mineurs (FAM) des SNPs chez
Tableau 2 Les SNPs CYP2C9 retrouvés chez les Polynésiens précédemment retrouvés dans les autres populations. Numéro rs
Allèle majeur
Allèle mineur
Variant type
Localisation du SNPa
Séquence
Référencesb
rs61886768 rs61886769 rs12782374 rs9332096
A T G C C T A T C G A G C A G T G C A A A C G A T A C C A C
G C A T A C G A A C C C T T T C A T G T G T A G C G T T T G
Promoteur Promoteur Promoteur Promoteur Promoteur Promoteur Promoteur Promoteur Promoteur Variante de l’Intron 1 Variante de l’Intron 1 Variante de l’Intron 1 Variante de l’Intron 1 Variante de l’Intron 1 Variante de l’Intron 1 Variante de l’Intron 1 Variante de l’Intron 3 Variante de l’Intron 3 Variante de l’Intron 3 Variante de l’Intron 3 Variante de l’Intron 3 Variante de l’Intron 3 Variante de l’Intron 4 Variante de l’Intron 4 Variante de l’Intron 5 Variante de l’Intron 6 Variante de l’Intron 7 Variante de l’Intron 8 Variante de l’Intron 8 Variante du 3’UTR
-3597 -3360 -3089 -1565 -1392 -1188 -1096 -485 -484 486 1005 1963 2098 2191 2638 2737 3856 3898 4033 6784 7495 8763 9787 10311 13704 33658 42726 47639 50056 50454
TGCTC [A>G] TCATT TGCTC [T>C] TTGGT CAACC [G>A] TATTA CATTC [C>T] GGAAA AATAA [C>A] CTCAC ATCTT [T>C] TATTG ACAAT [A>G] GAAAG GGATT [T>A] CATTA GATTT [C>A] ATTAT GTATT [G>C] TGGGA AAGGG [A>C] GTATG TGTTA [G>C] TAGTA AGCTA [C>T] GATAA TCTCA [A>T] AAGGA GCTCA [G>T] GCTGG TAGCA [T>C] TACAG TGTGC [G>A] TACAG TTCTC [C>T] TGAAC AAGTC [A>G] ACATG CCAAG [A>T] GTTTG ACTAC [A>G] CAGCC CCTTG [C>T] TGTCT GGTTA [G>A] GAATG TCAAG [A>G] TATAC AACCA [T>C] TTTAA GCTTC [A>G] TTATT GTTTT [C>T] GAAGT CCCTG [C>T] TCATG ACGAT [A>T] CACTG CATCT [C>G] ACATT
[14,15] [14,15] [14–16] [16,17] [15] [14,15,17] [14–17] [14,15,17] [14,15,17] [15] [15] [15] [15] [15] [15] [15] [15,16,18] [15,16] [15] [18] [18] [16] [15] [15,16,19] [18] [16] [16,19] [16,19] [16,19] [15,19]
rs4918758 rs4917636 rs9332101 rs9332102 rs9332105 rs12785201 rs9332113 rs2253635 rs12772884 rs9332117 rs9332118 rs2860905 rs28371675 rs28371677 rs7089580 rs6583964 rs4086116 rs10509679 rs9332129 rs35511771 rs9332174 rs17847029 rs2298037 rs1934969 rs9332242 a b
Les SNP sont numérotés en fonction de –1 du codon de départ ATG (96698440). Références des études précédemment publiées de ces variantes.
162
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les Polynésiens étaient similaires aux FAMs rapportées chez les Asiatiques dans le « 1000 génomes » et les projets HapMap, mais significativement différentes des FAMs rapportées chez les Caucasiens des mêmes projets.
Déclaration d’intérêts
4. Discussion
Remerciements
La BBR semble plus efficace que l’allopurinol dans la goutte chez bon nombre de patients d’origine polynésienne. Cependant, le polymorphisme CYP2C9 pourrait altérer le métabolisme de la BBR et prédisposer les patients à une hépatotoxicité grave [6]. La clairance orale de BBR semble significativement réduite chez les patients homozygotes CYP2C9*3, et bien que l’impact de l’allèle CYP2C9*2 reste à définir, cet allèle est responsable d’une réduction de 20–30 % de la Vmax de CYP2C9 [20] et de ce fait pourrait altérer l’élimination de la BBR de fac¸on pertinente cliniquement. Dans notre étude, les fréquences des allèles communs CYP2C9*2 et CYP2C9*3 chez les Polynésiens étaient comparables aux fréquences des allèles mineurs observées chez les Néo-Zélandais d’origine caucasienne. Parmi les Polynésiens, les deux allèles CYP2C9 ML sont significativement plus fréquents chez les Polynésiens de l’est que de l’ouest. Cependant, même parmi les Polynésiens de l’est, nous n’avons identifié que deux CYP2C9*2 homozygotes et un CYP2C9*2/*3 hétérozygote, et aucun Polynésien quel que soit son groupe n’est homozygote pour l’allèle CYP2C9*3. Le séquenc¸age de 17 Polynésiens de l’est et de 27 Polynésiens de l’ouest a identifié 152 SNPs CYP2C9 (Tableau S1). Parmi les SNPs, aucun SNP promoteur, 20 SNP introniques et un SNP 3 UTR ont été identifiés et précédemment décrits chez les Hispaniques, les Américains d’origine européenne, les Japonais et les Chinois (Tableau 2). Le SNP promoteur, rs61886768 (-3597A>G), crée un site putatif de liaison CREB, rs61886769 (-3360T>C) descend immédiatement 5 au noyau putatif NF1/CTF [14] et rs9332096 (-1565C>T) et crée un motif de liaison possible pour les facteurs de transcription STAT et Elk-1. Cependant, Lee et al. [16] n’ont pas détecté de différence significative en termes d’expression des construits contenant l’allèle sauvage et les variantes de ce SNP. Le SNP rs4918758 (-1188T>C) a été associé aux changements dans l’expression de CYP2C9, mais ce n’est pas la même constatation dans toutes les études [14]. Le SNP de l’intron 4 rs9332129 (IVS4 -115A>G), retrouvé chez deux de nos participants polynésiens, a été rapporté par Lee et al. [16] pour altérer l’exposition à la warfarine chez les Coréens. Les patients qui étaient homozygotes pour l’allèle G du rs9332129 avaient une réduction dans la dose de maintien de la warfarine comparable à la réduction des doses observée chez les patients hétérozygotes pour le CYP2C9*3. L’analyse in silico réalisée par Lee et al. [16] suggère que rs9332129G pourrait altérer la division génétique. Un second SNP intronique, rs7089580, identifié chez deux de nos patients (Tableau 2), a déjà été rapporté chez les Afro-Américains. Ce SNP a été associé à une dose plus élevée de warfarine [18] et avait un déséquilibre étroit de lien (r2 = 0,98) avec un SNP de l’intron 5 (rs35511771) situé dans un groupement de liaison putatif transcriptionnel 19 bp [18]. Dans notre étude, la fréquence globale des génotypes CYP2C9 MLs était de 2,6 % chez les Néo-Zélandais d’origine caucasienne, 0,3 % chez les Polynésiens de l’est et de 0 % chez les Polynésiens de l’ouest. Le séquenc¸age suivant du gène CYP2C9 chez 44 polynésiens n’a pas mis en évidence l’existence de nouveaux allèles ML dans cette population. En se basant sur ces données, nous avons prédit que les patients polynésiens semblent à faible risque de développer une toxicité liée à la BBR que les Caucasiens, et que le génotypage prospectif de CYP2C9*2 et *3 ne semble pas apporter de bénéfice particulier en pratique clinique.
Nous remercions tous les patients et les témoins d’avoir accepté de participer à l’étude. Nous remercions également Gael Hewett, Jill Drake, Meaghan House, Roddi Laurence, Karen Lindsay, Maria Lobo, Karen Pui et Gabrielle Sexton pour le recrutement des patients ; Mandy Phipps-Green, Ruth Topless et Marilyn Merriman pour l’assistance technique. Le support financier a été fourni par une bourse du Health Research Council de Nouvelle-Zélande (HRC 08/075).
Les auteurs déclarent ne pas avoir de conflits d’intérêts en relation avec cet article.
Annexe A. Matériel complémentaire Un matériel supplémentaire (Tableau S1) associé à cet article peut être consulté à l’adresse http://www.sciencedirect.com, à http://dx.doi.org/10.1016/j.rhum.2013.08.005. Références [1] Merriman TR, Dalbeth N. The genetic basis of hyperuricaemia and gout. Joint Bone Spine 2011;78:35–40, http://dx.doi.org/10.1016/j.jbspin.2010.02.027. [2] McQueen FM, Chhana A, Dalbeth N. Mechanisms of joint damage in gout: evidence from cellular and imaging studies. Nat Rev Rheumatol 2012;8:173–81, http://dx.doi.org/10.1038/nrrheum.2011.207. [3] Winnard D, Wright C, Taylor WJ, et al. National prevalence of gout derived from administrative health data in Aotearoa New Zealand. Rheumatology (Oxford) 2012;51:901–9, http://dx.doi.org/10.1093/rheumatology/ker361. [4] Dalbeth N, House ME, Horne A, et al. The experience and impact of gout in Maori and Pacific people: a prospective observational study. Clin Rheumatol 2012, http://dx.doi.org/10.1007/s10067-012-2110-5. [5] Dalbeth N, Kumar S, Stamp L, et al. Dose adjustment of allopurinol according to creatinine clearance does not provide adequate control of hyperuricemia in patients with gout. J Rheumatol 2006;33: 1646–50. [6] Lee MH, Graham GG, Williams KM, et al. A benefit-risk assessment of benzbromarone in the treatment of gout. Was its withdrawal from the market in the best interest of patients? Drug Saf 2008;31:643–65. [7] Walter-Sack I, Gresser U, Adjan M, et al. Variation of benzbromarone elimination in man–a population study. Eur J Clin Pharmacol 1990;39: 173–6. [8] McDonald MG, Rettie AE. Sequential metabolism and bioactivation of the hepatotoxin benzbromarone: formation of glutathione adducts from a catechol intermediate. Chem Res Toxicol 2007;20:1833–42, http://dx.doi.org/10.1021/tx7001228. [9] Scott SA, Khasawneh R, Peter I, et al. Combined CYP2C9, VKORC1 and CYP4F2 frequencies among racial and ethnic groups. Pharmacogenomics 2010;11:781–91, 2904527. doi:10.2217/pgs.10.49. [10] Uchida S, Shimada K, Misaka S, et al. Benzbromarone pharmacokinetics and pharmacodynamics in different cytochrome P450 2C9 genotypes. Drug Metab Pharmacokinet 2010;25:605–10. [11] Hollis-Moffatt JE, Phipps-Green AJ, Chapman B, et al. The renal urate transporter SLC17A1 locus: confirmation of association with gout. Arthritis Res Ther 2012;14:R92, 34466. doi:10.1186/ar3816. [12] DePristo MA, Banks E, Poplin R, et al. A framework for variation discovery and genotyping using next-generation DNA sequencing data. Nat Genet 2011;43:491–8, 3083463. doi:10.1038/ng.806. [13] Goecks J, Nekrutenko A, Taylor J, et al. Galaxy: a comprehensive approach for supporting accessible, reproducible, and transparent computational research in the life sciences. Genome Biol 2010;11:R86, 2945788. doi:10.1186/gb-2010-11-8-r86. [14] Kramer MA, Rettie AE, Rieder MJ, et al. Novel CYP2C9 promoter variants and assessment of their impact on gene expression. Mol Pharmacol 2008;73:1751–60, 2413059. doi:10.1124/mol.107.044149. [15] Veenstra DL, Blough DK, Higashi MK, et al. CYP2C9 haplotype structure in European American warfarin patients and association with clinical outcomes. Clin Pharmacol Ther 2005;77:353–64, http://dx.doi.org/10.1016/j.clpt.2005.01.019. [16] Lee SJ, Jang YJ, Cha EY, et al. A haplotype of CYP2C9 associated with warfarin sensitivity in mechanical heart valve replacement patients. Br J Clin Pharmacol 2010;70:213–21, 2911551. doi:10.1111/j. 1365-2125.2010. 03688.x.
R.L. Roberts et al. / Revue du rhumatisme 81 (2014) 159–163 [17] Takahashi H, Ieiri I, Wilkinson GR, et al. 5’-Flanking region polymorphisms of CYP2C9 and their relationship to S-warfarin metabolism in white and Japanese patients. Blood 2004;103:3055–7, http://dx.doi.org/10.1182/blood-2003-07-2521. [18] Perera MA, Gamazon E, Cavallari LH, et al. The missing association: sequencing-based discovery of novel SNPs in VKORC1 and CYP2C9 that affect warfarin dose in African Americans. Clin Pharmacol Ther 2011;89:408–15, http://dx.doi.org/10.1038/clpt.2010.322.
163
[19] Xiong Y, Wang M, Fang K, et al. A systematic genetic polymorphism analysis of the CYP2C9 gene in four different geographical Han populations in mainland China. Genomics 2011;97:277–81, http://dx.doi.org/10.1016/j.ygeno.2010.11.004. [20] Zhou SF, Zhou ZW, Huang M. Polymorphisms of human cytochrome P450 2C9 and the functional relevance. Toxicology 2010;278:165–88, http://dx.doi.org/10.1016/j.tox.2009.08.013.