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Intérêt de la PCR universelle sur les prélèvements cliniques
pratique |PCR
n’est recommandé qu’après deux échecs (23 % des cas) et reste très compliqué (prélèvement compliqué, culture délicate et croissance très fastidieuse, délai d’au moins 12 jours pour le résultat). Toutes ces difficultés font qu’en France, l’antibiogramme est très peu effectué. Le support moléculaire des résistances est pourtant connu et les techniques moléculaires pourraient être une bonne alternative à l’antibiogramme (tableau II). Un seul kit est commercialisé (HelicoDR) détectant la présence de H. pylori et la résistance à la clarithromycine et à la levofloxacine par hybridation de bandelettes.
Tableau III. Performances du test HelicoDR. Sensibilité (en %)
Spécificité (en %)
Détection de H. pylori
100
95,3 (2 faux +)
Détection de la R à la clarithromycine
76,7 (7 faux -)
98,2 (1 faux +)
Détection de la R à la lévofloxacine
97,1 (1 faux -)
83,7 (7 faux +)
Différentes études ont évalué les performances du test HelicoDR. Ces études ont montré que les
performances ne sont que moyennes (tableau III). Pour rendre la stratégie de détermination de la résistance aux antibiotiques accessible à tous les malades infectés, il faudrait que les laboratoires puissent disposer (laboratoire spécialisé de CHU au LBM de ville) d’un test simple, commercialisé, plus fiable que HelicoDR et remboursé à la nomenclature. Seule une technique de RT-PCR pourra répondre à ce besoin.| Source D’après une communication de C. Burucoa (Poitiers) 32e Réunion interdisciplinaire de chimiothérapie anti-infectieuse Paris – novembre 2012
Intérêt de la PCR universelle sur les prélèvements cliniques La PCR universelle peut permettre de détecter un germe non viable, soit à cause d’un traitement antibiotique soit à cause d’une culture très fastidieuse. Son impact clinique est important dans les endocardites à hémocultures négatives ou dans les infections ostéo-articulaires où la présence de biofilm peut inhiber la culture.
Prélèvements profonds candidats à la PCR ADNr 16S
Cette technique de biologie moléculaire consiste à cibler un gène commun à toutes les bactéries, permettant une approche « large spectre », la PCR n’étant effectuée que sur une partie de ce gène. Le produit amplifié sera séquencé et une comparaison de la séquence avec celles d’espèces bactériennes de référence permettra l’identification. Le critère d’identification de l’espèce correspond à une homologie de > 99 % de la séquence à identifier avec celle d’une souche de référence. La cible la plus utilisée est le gène ADNr 16S codant pour l’ARN ribosomique 16S présent chez toutes les bactéries.
La PCR universelle peut être effectuée, lorsque les résultats de la culture sont négatifs, pour tous les prélèvements profonds normalement stériles et pour lesquels il est suspecté une infection microbienne (liquide pleural, liquide articulaire, biopsies pulmonaire, cérébrale, osseuse ou encore valves cardiaques).
Avantages de l’utilisation de la PCR ADNr16S Ce gène est très conservé dans toutes les bactéries et l’identification obtenue est fiable, les résultats du séquençage étant similaires à ceux obtenus avec le génome entier. De plus, la banque de données disponible est très développée (séquences connues pour
24
LAURENT / BSIP
Principe de la PCR universelle
> 4 000 espèces) permettant la mise en évidence de la plupart des bactéries sans diagnostic présomptif de départ.
Limites de la PCR ADNr 16S La sensibilité de cette technique est variable en raison d’un nombre variable de copies du gène selon les espèces. Environ 2 jours de travail sont nécessaires pour obtenir une séquence et donc le délai d’obtention du résultat est plus long que pour une PCR spécifique, la technique étant par ailleurs plus lourde. Enfin, il existe un risque réel d’amplification de contaminants.
OptionBio | lundi 28 janvier 2013 | n° 483
En conclusion
La réalisation d’une PCR universelle est un outil intéressant lorsque les cultures bactériennes s’avèrent être négatives, particulièrement lorsqu’il y a suspicion d’un germe de culture difficile. Devant un résultat de séquence en faveur d’une bactérie commensale ou saprophyte, l’interprétation du biologiste doit être critique.| Déclaration d’intérêt : l’auteur déclare ne pas avoir de conflits d’intérêts en relation avec cet article.
CHANTAL BERTHOLOM Professeur de microbiologie École nationale de physique-chimie-biologie – Paris
Source D’après une communication de F. Breysse (Lyon) 32e Réunion interdisciplinaire de chimiothérapie anti-infectieuse Paris – novembre 2012
n’est recommandé qu’après deux échecs (23 % des cas) et reste très compliqué (prélèvement compliqué, culture délicate et croissance très fastidieuse, délai d’au moins 12 jours pour le résultat). Toutes ces difficultés font qu’en France, l’antibiogramme est très peu effectué. Le support moléculaire des résistances est pourtant connu et les techniques moléculaires pourraient être une bonne alternative à l’antibiogramme (tableau II). Un seul kit est commercialisé (HelicoDR) détectant la présence de H. pylori et la résistance à la clarithromycine et à la levofloxacine par hybridation de bandelettes.
Tableau III. Performances du test HelicoDR. Sensibilité (en %)
Spécificité (en %)
Détection de H. pylori
100
95,3 (2 faux +)
Détection de la R à la clarithromycine
76,7 (7 faux -)
98,2 (1 faux +)
Détection de la R à la lévofloxacine
97,1 (1 faux -)
83,7 (7 faux +)
Différentes études ont évalué les performances du test HelicoDR. Ces études ont montré que les
performances ne sont que moyennes (tableau III). Pour rendre la stratégie de détermination de la résistance aux antibiotiques accessible à tous les malades infectés, il faudrait que les laboratoires puissent disposer (laboratoire spécialisé de CHU au LBM de ville) d’un test simple, commercialisé, plus fiable que HelicoDR et remboursé à la nomenclature. Seule une technique de RT-PCR pourra répondre à ce besoin.| Source D’après une communication de C. Burucoa (Poitiers) 32e Réunion interdisciplinaire de chimiothérapie anti-infectieuse Paris – novembre 2012
Intérêt de la PCR universelle sur les prélèvements cliniques La PCR universelle peut permettre de détecter un germe non viable, soit à cause d’un traitement antibiotique soit à cause d’une culture très fastidieuse. Son impact clinique est important dans les endocardites à hémocultures négatives ou dans les infections ostéo-articulaires où la présence de biofilm peut inhiber la culture.
Prélèvements profonds candidats à la PCR ADNr 16S
Cette technique de biologie moléculaire consiste à cibler un gène commun à toutes les bactéries, permettant une approche « large spectre », la PCR n’étant effectuée que sur une partie de ce gène. Le produit amplifié sera séquencé et une comparaison de la séquence avec celles d’espèces bactériennes de référence permettra l’identification. Le critère d’identification de l’espèce correspond à une homologie de > 99 % de la séquence à identifier avec celle d’une souche de référence. La cible la plus utilisée est le gène ADNr 16S codant pour l’ARN ribosomique 16S présent chez toutes les bactéries.
La PCR universelle peut être effectuée, lorsque les résultats de la culture sont négatifs, pour tous les prélèvements profonds normalement stériles et pour lesquels il est suspecté une infection microbienne (liquide pleural, liquide articulaire, biopsies pulmonaire, cérébrale, osseuse ou encore valves cardiaques).
Avantages de l’utilisation de la PCR ADNr16S Ce gène est très conservé dans toutes les bactéries et l’identification obtenue est fiable, les résultats du séquençage étant similaires à ceux obtenus avec le génome entier. De plus, la banque de données disponible est très développée (séquences connues pour
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LAURENT / BSIP
Principe de la PCR universelle
> 4 000 espèces) permettant la mise en évidence de la plupart des bactéries sans diagnostic présomptif de départ.
Limites de la PCR ADNr 16S La sensibilité de cette technique est variable en raison d’un nombre variable de copies du gène selon les espèces. Environ 2 jours de travail sont nécessaires pour obtenir une séquence et donc le délai d’obtention du résultat est plus long que pour une PCR spécifique, la technique étant par ailleurs plus lourde. Enfin, il existe un risque réel d’amplification de contaminants.
OptionBio | lundi 28 janvier 2013 | n° 483
En conclusion
La réalisation d’une PCR universelle est un outil intéressant lorsque les cultures bactériennes s’avèrent être négatives, particulièrement lorsqu’il y a suspicion d’un germe de culture difficile. Devant un résultat de séquence en faveur d’une bactérie commensale ou saprophyte, l’interprétation du biologiste doit être critique.| Déclaration d’intérêt : l’auteur déclare ne pas avoir de conflits d’intérêts en relation avec cet article.
CHANTAL BERTHOLOM Professeur de microbiologie École nationale de physique-chimie-biologie – Paris
Source D’après une communication de F. Breysse (Lyon) 32e Réunion interdisciplinaire de chimiothérapie anti-infectieuse Paris – novembre 2012