Highlights du congrès ECCMID 2010

Médecine et maladies infectieuses 40 (2010) 7-12

Highlights du congrès ECCMID 2010 J.-P. Stahl Infectiologie, CHU Grenoble, 38043 Grenoble, France

1. Résistances bactériennes La prévalence élevée des infections nosocomiales à SARM dotés d’une résistance à plusieurs classes d’antibiotiques s’explique principalement par la forte pression de sélection exercée par les agents antimicrobiens. En outre, des antibiotiques dont la cible d’action est l’ADN bactérien (au premier rang desquels les fluoroquinolones) peuvent faire directement apparaître des mutations conférant une résistance à d’autres molécules, telles que la rifampicine. Pour documenter ce processus, l’impact d’une exposition préalable à la ciprofloxacine sur le développement de mutations de résistance à la rifampicine a fait l’objet d’une étude in vitro [1]. Les auteurs ont exposé des souches de S. aureus, isolées chez des patients, à des concentrations subinhibitrices de ciprofloxacine (de 1/2 CMI à 1/8 CMI). Des souches non exposées ont servi de témoins. Dans les souches exposées, la fréquence des mutants rifampicine-R a été multipliée par un facteur de 3 à 10 par l’exposition préalable à la ciprofloxacine. Cette étude montre l’interaction potentielle entre des molécules dont la cible est l’ADN. Il pourrait être utile, à l’avenir, d’inclure ce type d’exposition dans l’analyse des facteurs de risque de résistance aux antibiotiques concernés. En l’espace de 18 mois, 27 souches de S. epidermidis résistant à la méticilline et au linézolide ont été isolées au cours d’une épidémie de bactériémies nosocomiales associées à un cathéter en secteur de soins intensifs [2]. Treize des 21 patients (62 %) avaient reçu du linézolide dans les 3 mois précédents. Après analyse approfondie, bactériologique et moléculaire, trois pulsotypes très proches ont été identifiés parmi les 27 souches. Deux mutations ponctuelles ont été mises en évidence dans l’ARNr 23S (G2474T et G2603T). Il s’agit de la première description de ces mutations, génétiquement et temporellement reliées, dans une situation clinique épidémique. Ce rapport incite à la vigilance dans la

Correspondance. Adresse e-mail : [email protected] (J.-P. Stahl) © 2010 Elsevier Masson SAS. Tous droits réservés.

prescription du linézolide afin d’éviter autant que possible la sélection de mutants résistants. Dans une étude rétrospective, une équipe taïwanaise a étudié le pronostic des pneumonies communautaires à pneumocoque observées entre 2000 et 2008 dans une région où le taux de résistance aux bêta-lactamines est élevé [3]. Sur 309 observations, 172 étaient associées à une bactériémie. Les patients bactériémiques étaient significativement plus âgés (moyenne 43 vs 22 ans), avec des comorbidités plus fréquentes (62 % vs 34 %). Appréciée à j7, j14 et j30, la mortalité s’est révélée importante et significativement plus élevée dans le groupe bactériémique : respectivement 10,5 % vs 2,2 %, 14 % vs 3,6 %, et 17,4 % vs 5,1 %, pour un risque global de mortalité multiplié par 2,7. La positivité des hémocultures était également associée à un risque élevé de localisation extrapulmonaire (OR 5, p < 0,001). En revanche, il n’y avait pas de différence de pronostic global entre les patients infectés par des souches résistantes ou sensibles à la pénicilline (26 % vs 21 %). Les auteurs plaident pour une amélioration des stratégies de vaccination antipneumococcique et une optimisation de l’antibiothérapie de première ligne. Les entérocoques sont des bactéries à Gram positif dont la résistance aux antibiotiques est devenue un sujet de préoccupation. En cas de résistance à l’ampicilline et (ou) à la gentamicine, la vancomycine est habituellement proposée, mais son pouvoir bactéricide est médiocre. La daptomycine peut représenter une alternative efficace. Dans une étude suisse, 11 patients atteints d’une infection invasive grave à E. faecium hautement résistant aux aminosides (CMI de la gentamicine >500 mg/l) et résistant à l’ampicilline (CMI > 8 mg/l), sensible à la vancomycine, ont été traités par la daptomycine (6 mg/kg/j) [4]. Tous les patients avaient reçu auparavant plusieurs antibiotiques à large spectre et souffraient de comorbidités graves. Neuf des 11 patients avaient une bactériémie (dont 2 endocardites). Le choix de la daptomycine était justifié par une insuffisance rénale (n = 3), l’échec de la vancomycine malgré une sensibilité des souches (n = 4), le souhait d’un traitement parentéral ambulatoire (n = 2) ou l’absence de contrôle de l’infection (n = 2). Étudiée in vitro

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sur l’une des souches, la daptomycine s’est montrée fortement bactéricide alors que la vancomycine était bactériostatique. La guérison a été obtenue dans 7 cas sur 11. Trois des 4 décès sont imputables directement aux comorbidités associées, un seul à l’infection (mais après seulement 2 administrations de daptomycine). D’autres études restent nécessaires pour confirmer l’efficacité de la daptomycine dans les infections graves par E. faecium résistant à l’antibiothérapie de référence. 2. Infections virales 2.1.

Grippe A H1N1

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Patients non ventilés (%)

Patients non admis en soins intensifs (%)

Comme on pouvait s’y attendre, les communications virologiques relatives à la récente pandémie grippale ont été nombreuses. Dans une étude rétrospective, les facteurs prédictifs du risque d’hospitalisation en soins intensifs ont été recherchés dans une cohorte de 191 adultes consécutifs vus aux urgences d’un hôpital de Tel Aviv pour une grippe A H1N1 prouvée et indemnes d’affection associée [5]. Dix-sept patients ont été admis en soins intensifs, 8 ont été placés sous ventilation mécanique et 3 sont décédés. Les deux facteurs pronostiques indépendants prédictifs de l’admission en réanimation étaient les anomalies de l’auscultation pulmonaire (râles bronchiques ou crépitants) et le taux de CRP. Le risque relatif était de 1,09 par tranche d’augmentation de 10 mg/l du taux de CRP. De plus, le taux de CRP était le seul facteur de risque indépendant prédictif de la nécessité d’une ventilation mécanique. Un mois après la consultation aux urgences, aucun des patients avec CRp < 28 mg/l n’avait séjourné en réanimation, contre 19 % pour un taux > 70 mg/l (Fig. 1). Les réseaux sociaux sur internet comme outil d’alerte

épidémiologique ? L’intérêt potentiel du réseau de « microblogging » Twitter pour l’alerte précoce du grand public et le développement d’une « intelligence épidémique » est souligné par une équipe britannique [6]. Rappelons que ce réseau permet aux participants de déposer sur la toile un message très bref, de 140 caractères au maximum, accessible en un clic de souris ou un effleurement d’écran tactile à quelque 15 millions d’utilisateurs… Au cours de la période épidémique, plus d’un million de messages (« tweets ») relatifs à la grippe A H1N1 ont été déposés ! Selon les auteurs, le potentiel du Web 2.0 pour l’alerte et l’information du public en matière de santé publique est énorme et peut être mis en œuvre pour un coût très faible. À méditer pour la prochaine pandémie ? Les indications précises, les modalités et l’efficacité des antiviraux dans la grippe A H1N1 sont encore controversées. Dans une étude randomisée en double aveugle avec placebo, l’efficacité de l’association d’oseltamivir à la dose de 75 mg deux fois par jour par voie orale et de zanamivir à la dose de 10 mg deux fois par jour par voie inhalée (OZ) a été comparée à celle de chacun de ces agents en monothérapie [7]. Au total, 447 patients adultes avec syndrome grippal évoluant depuis moins de 36 heures et test rapide de la grippe A positif sont évaluables en intention de traiter. Le taux de réponse virologique (PCR nasale négative) a été de 45 %, 59 % et 34 %, respectivement dans les groupes OZ, O et Z (p = 0,025 pour la comparaison OZ/O, 0,028 pour OZ/Z). La monothérapie par oseltamivir apparaît comme le traitement de référence en première ligne. Il reste à expliquer pourquoi le traitement combiné a été moins efficace. Les données épidémiologiques rapportées par des auteurs argentins [8] confirment que la grippe A H1N1 touche essentiellement les sujets jeunes : sur 864 patients avec syndrome grippal au cours du pic épidémique, 24 % avaient entre 20 et 29 ans et l’âge médian était de 34 ans, soit un profil nettement distinct de celui de la grippe saisonnière.

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Figure 1. Probabilité cumulée de ne pas avoir à être admis en soins intensifs (à gauche) et de ne pas avoir à être ventilé (à droite), en fonction du taux de CRP aux urgences (< 28 mg/l, 28-69 mg/l, ≥ 70 mg/l). Données de 191 patients avec grippe A H1N1 prouvée.



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Non disponibles en France, les anticorps anti-interféron gamma à très faible dose (ULDabIFNg, Anaféron®), administrés par voie orale, sont proposés en Russie comme immunomodulateurs chez l’enfant. Ils pourraient avoir une efficacité thérapeutique dans la grippe A H1N1 [9]. Deux études expérimentales ont été conduites chez des souris, l’une en Russie, l’autre en France. Dans l’étude russe, 100 animaux ont été infectés par une souche de virus A H1N1 (California) par instillation intranasale d’une dose égale à 10 fois la dose létale 50 (DL50). Dans l’étude française, 3 DL50 d’une autre souche de virus A H1N1 (Nouvelle-Calédonie) ont été administrées par la même voie à 60 souris. Les souris ont reçu l’ULDabIFNg ou un placebo à titre prophylactique ou curatif. L’étude russe a également comporté une comparaison entre l’oseltamivir en monothérapie ou en association à l’ULDabIFNg. Les résultats de l’étude russe montrent une amélioration de la survie chez les souris traitées par ULDabIFNg par rapport aux témoins non traités (50 % contre 12,5 %) et aux souris traitées par oseltamivir (10 %). Avec l’association des deux traitements, le taux de survie a été de 35 %. Dans l’étude française, le traitement par ULDabIFNg a été associé à un plus long délai d’apparition de la maladie et une mortalité plus faible (15 % à j5 contre 40 %). Dans une étude cas-témoins, une équipe mexicaine [10] s’est efforcée d’identifier les facteurs prédictifs de mortalité chez les patients hospitalisés pour une grippe A H1N1. Onze patients décédés ont été comparés à 20 témoins avec évolution favorable. Les facteurs de risque de mortalité étaient le sexe masculin (OR 5), le délai de prise en charge et de traitement antiviral supérieur à 3 jours (OR 6 et 10). Comme on pouvait s’y attendre, la ventilation mécanique et les comorbidités sont également associées à un mauvais pronostic. Après ajustement pour tenir compte des facteurs de confusion, le délai de prise en charge médicale a une valeur péjorative hautement significative (OR ajusté 23, p = 0,02). 2.2.

Grippe saisonnière

Il est établi que les inhibiteurs de la neuraminidase, tels que l’oseltamivir et le zanamivir, réduisent la durée et l’intensité des symptômes de la grippe saisonnière. Les données sur leur capacité à réduire les complications de la maladie sont plus rares et plus éparses. Pour évaluer ce bénéfice, une méta-analyse des 11 essais randomisés avec groupe témoin sous placebo, dont 10 en double aveugle, a été effectuée [11]. Ils représentent au total un effectif de 5315 patients, dont les deux tiers avec infection grippale documentée. L’utilisation d’un traitement antiviral était associée à une diminution significative de la probabilité d’une complication de la grippe : 7 essais, 2621 patients, odds ratio (OR) 0,71, IC 95 % 0,58-0,87. Cet effet favorable était particulièrement marqué chez les 475 sujets à haut risque inclus dans 4 essais : OR 0,26, IC 95 % 0,15-0,47, par comparaison aux sujets sans comorbidités. L’utilisation d’un antiviral était également associée à une diminution du recours aux antibiotiques. Aucun décès n’a été rapporté dans ces essais, ce qui ne permet pas d’évaluer l’effet potentiel sur la mortalité.

2.3.

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Papillomavirus humain (HPV)

L’infection persistante par le papillomavirus humain est associée à un risque accru de néoplasies du canal anal, tout particulièrement en cas de coinfection par le VIH. Une meilleure connaissance du profil de l’infection par HPV dans la population homosexuelle est importante dans le débat sur la possible extension vaccinale à l’homme. La prévalence des génotypes HPV dans une cohorte de 51 homosexuels masculins a été évaluée grâce à des prélèvements effectués par brossage [12]. Les génotypes 51 et 73 étaient les plus fréquents, avec 22,2 % des isolements, le 31 18,5 %. Les génotypes 16 et 18 ne représentaient respectivement que 12,9 % et 9,2 % des souches. Les coinfections étaient particulièrement fréquentes (65 %), avec jusqu’à 9 génotypes différents dans un seul échantillon. Aucune différence significative n’a été relevée en fonction du statut VIH. La cytologie était anormale chez plus de deux patients sur trois : cellules épithéliales atypiques de signification indéterminée ou lésions intra-épithéliales de grade divers. Le suivi des patients HPV-positifs est crucial pour le dépistage précoce du cancer anal et des lésions précancéreuses. 2.4.

Cytomégalovirus (CMV)

En cas de primo-infection cmV maternelle en cours de grossesse, la détection du cmV par PCR dans le liquide amniotique permet de déterminer si le fœtus a ou non été infecté. Cette technique a été appliquée dans une cohorte de 598 femmes enceintes à risque de transmission materno-fœtale du cmV [13]. L’étude comporte 603 échantillons de liquide amniotique prélevée à 20-21 semaines de gestation et au moins 6-8 semaines après la primo-infection. L’issue de la grossesse est connue pour 545 nouveau-nés et 59 fœtus. Moins de 500 copies ont été détectées dans 497 liquides amniotiques. Parmi eux, 29 nouveau-nés étaient infectés, mais aucun d’entre n’a présenté de symptôme à la naissance ni au cours de la surveillance ultérieure. Les 106 prélèvements comportant de 500 copies correspondent à 59 fœtus et 48 nouveau-nés infectés. La présence de symptômes d’infection à cmV et leur gravité (atteinte disséminée, lésions cérébrales) était fortement corrélée à l’importance de la charge virale dans le liquide amniotique. Lorsque la charge virale était > 106 copies/ml, 61 % des fœtus avaient une infection disséminée et des lésions cérébrales. Au total, une PCR cmV dans le liquide amniotique négative à 20-21 semaines de grossesse et au moins 6-8 semaines après l’infection maternelle permet d’exclure le diagnostic d’infection congénitale à cmV pour le fœtus. 2.5.

Virus varicelle-zona (VZV)

On considère habituellement que le contact répété avec des enfants atteints de varicelle joue un rôle dans le maintien de l’immunité vis-à-vis du VZV et réduit le risque de zona chez l’adulte, mais cette opinion ne repose pas sur des preuves

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épidémiologiques solides. Une équipe française a testé cette idée reçue en étudiant l’incidence du zona dans une population de 920 religieux et religieuses cloîtrés, n’ayant pas de contacts avec des enfants [14]. L’incidence du zona se révèle identique dans cette population recluse et dans la population générale (16,2 % vs 15,1 %). L’effet supposé protecteur du contact répété avec le VZV n’apparaît donc pas. Ce résultat doit être pris en compte dans le débat actuel sur la vaccination généralisée de la varicelle, dont les détracteurs invoquent le risque d’augmentation du risque de zonas à l’âge adulte. La présente étude ne confirme pas le bien-fondé de cette objection. 2.6.

Virologie moléculaire

2.6.1.

Virus de l’Hépatite C (VHC)

La probabilité de réponse au traitement de l’hépatite C dépend fortement du génotype de la souche et la conduite du traitement s’en trouve modifiée. Or certains patients portent plusieurs souches différentes de VHC. La détection de ces infections mixtes n’est pas accessible avec les méthodes actuelles de génotypage. Pour y remédier, une technique nouvelle a été développée à partir d’un panel de virus extraits d’échantillons de patients [15]. Pour valider la méthode, 63 échantillons préalablement analysés par la méthode de référence ont été repris, permettant d’identifier 5 échantillons (7 %) contenant plusieurs souches différentes. Les résultats ont été validés par l’analyse moléculaire des clones identifiés. La capacité à détecter ces infections multiples peut avoir un impact important sur la stratégie thérapeutique et sur le pronostic. 2.6.2.

Infections à HPV

La caractérisation des infections à HPV est importante à plusieurs titres : non seulement la compréhension des mécanismes de transmission, de l’histoire naturelle et de la pathogénie, mais aussi en pratique clinique pour la prévention et le traitement. Les techniques de typage classiques par séquençage de Sanger ou hybridation inverse sont peu sensibles en cas d’infection multiple, voire discordantes pour une infection unique. On sait que les infections multiples sont très fréquentes. Une méthode de génotypage à haut débit applicable à des échantillons cliniques a été développée par une équipe italienne en utilisant les nouveaux outils de pyroséquençage en biologie moléculaire [16]. Un groupe de 50 échantillons de frottis cervicaux contenant de l’ADN d’HPV, dont 40 avec infection multiple, a été étudié. En moyenne, 1228 séquences (de 234 à 3202) ont été obtenues pour chaque échantillon grâce au pyroséquençage. La présence de plusieurs types d’HPV a été identifiée dans 3 cas considérés par les méthodes classiques comme des infections uniques. Dans 12 cas considérés par la méthode d’hybridation inverse comme des infections multiples, les résultats du séquençage

approfondi étaient discordants. En cas d’infection multiple, le pyroséquençage a été capable de révéler la présence de séquences distinctes représentant moins de 1 % du total, contre au moins 8 % pour l’hybridation inverse. Il permet aussi l’identification de types d’HPV non classés et de séquences variantes à l’intérieur des types connus. 3. Mycobactéries Lorsque la recherche de bacilles à l’examen direct est négative, le diagnostic de l’infection tuberculeuse par culture est tardif, ce qui peut compromettre le pronostic ou conduire au contraire à des traitements d’épreuve non justifiés. Le diagnostic moléculaire rapide de l’infection par Mycobacterium tuberculosis peut avoir un très grand intérêt. La sensibilité, la spécificité et la faisabilité de deux méthodes d’amplification de l’ADN de M. tuberculosis par PCR (Amplicor et TaqMan MTB) dans des échantillons respiratoires ou extrapulmonaires ont été comparées [17]. L’étude porte sur 878 échantillons provenant de 763 patients, dont 120 positifs pour le bacille tuberculeux. Par comparaison à la culture, la sensibilité des méthodes TaqMan et Amplicor a été respectivement de 99,0 % et 95,5 % pour les échantillons positifs, de 83,0 % et 72,1 % pour les échantillons négatifs. Quinze échantillons positifs à l’examen direct étaient positifs par la PCR TaqMan en temps réel et négatifs par la PCR Amplicor, dont 8 échantillons respiratoires et 7 échantillons extra-pulmonaires. La spécificité des méthodes moléculaires a été évaluée en testant des échantillons contenant des mycobactéries atypiques proches du bacille tuberculeux, M. ulcerans et M. marinum : il n’y a eu aucun faux positif. Au total, la sensibilité de la PCR en temps réel Cobas TaqMan MTB s’est révélée nettement supérieure à celle de la PCR Amplicor. Par sa sensibilité, sa spécificité et la facilité de sa mise en œuvre, le test TaqMan représente, selon les auteurs, un outil de choix pour le diagnostic rapide de tuberculose en pratique clinique. La mésothérapie consiste en l’injection sous-cutanée de petites quantités de médicaments divers, pour des motifs esthétiques ou pour le traitement d’affections rhumatologiques. Malgré l’absence de validation scientifique claire, cette technique est encore assez largement utilisée. Elle comporte de plus des risques infectieux. Plusieurs cas d’infection par une mycobactérie non tuberculeuse (MNT) ont été signalés à partir de janvier 2007 en France et ont fait l’objet d’une enquête approfondie dans un cabinet médical parisien [18]. Au total, 16 cas ont été identifiés sur 105 patients exposés au risque, soit un taux d’attaque de 15 %, avec 11 infections par M. chelonae et 2 par M. frederiksbergense. M. chelonae a été retrouvé dans l’eau du robinet et certains cas groupés d’infections nosocomiales ont pu être rapportés à des pratiques inappropriées de désinfection des instruments servant aux injections ont été reconnues comme responsables de ces cas groupés d’infection nosocomiale. Cette épidémie souligne l’importance du respect strict des recommandations de nettoyage et de stérilisation, non seulement en chirurgie, mais aussi au cabinet de médecine générale.



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4. Spectrométrie de masse pour le diagnostic des bactériémies Une session orale complète a été consacrée aux perspectives du diagnostic bactériologique par spectrométrie de masse, technique désignée par l’acronyme MALDI-TOF. Techniquement, elle fait appel à un spectromètre de masse couplant une source d’ionisation laser assistée par une matrice (MALDI, matrix-assisted laser desorption/ionisation) et un analyseur dit « à temps de vol » (TOF MS, time-of-flight mass spectrometry). Elle permet d’identification des espèces bactériennes en quelques minutes en s’appuyant sur les différences de masse moléculaire des protéines bactériennes. Dans une étude suisse, des échantillons provenant d’hémocultures positives ont été préparés et centrifugés pour être analysés par spectrométrie de masse MALDI-TOF [19]. Sur 122 échantillons, l’identification de la bactérie a été obtenue dans 96 cas, dont 95 identifications exactes à l’échelon de l’espèce et 1 à l’échelon du genre seulement. Les bactéries non identifiées étaient surtout des pneumocoques et des espèces encapsulées (Klebsiella pneumoniae et Haemophilus influenzae). Dans une autre étude, 3695 souches isolées du sang (n = 1095) ou de l’urine (n = 2600) ont été analysées par spectrométrie de masse et par les méthodes conventionnelles [20]. Le taux de concordance est de 72 % à l’échelon de l’espèce et de 10 % à l’échelon du genre seulement. Une discordance a été relevée pour 3 % des souches. Le taux de concordance à l’échelon de l’espèce était proche de 100 % pour les Enterobacteriaceae (sauf Shigella), Pseudomonas aeruginosa, Stenotrophomonas maltophilia, Haemophilus influenzae, Staphylococcus, Enterococcus faecalis et E. faecium. Les échecs d’identification concernaient surtout les anaérobies et les streptocoques. Rapide, précise et peu coûteuse, la spectrométrie de masse semble, en dépit de ses limites, promise à un grand avenir en bactériologie. Avec l’évolution constante des résistances bactériennes et l’émergence de nouveaux agents pathogènes, les maladies infectieuses demeurent une menace pour la santé humaine. Loin d’appartenir au passé, cette menace doit rester une priorité de la recherche épidémiologique et pharmacologique. Par le nombre et la diversité de ses communications, le congrès 2010 de l’ECCMID témoigne, s’il en était besoin, de la vitalité des équipes européennes en infectiologie. 5. Conflits d’intérêts  Interventions ponctuelles : activités de conseil : Novartis Invitations en qualité d’intervenant : Pfizer, Sanofi, Novartis, Janssen Réception de subventions, au titre de président de la SPILF et de Infectioform, provenant de l’ensemble de l’industrie pharmaceutique.

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