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Point technique en biologie. À propos des JIB (Journées internationales de biologie) 2010
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Point technique en biologie. À propos des JIB (Journées internationales de biologie) 2010 G. Pivert Ingénieur biomédical, hôpitaux universitaires Paris-Centre (Cochin ; Broca ; Hôtel Dieu), AP–HP, Paris, France, email : [email protected]
Introduction Ce congrès de biologie, qui s’est tenu en novembre 2010, regroupe 1600 congressistes qui suivent une centaine de présentations, et 10 000 visiteurs de l’exposition des 169 exposants. Parmi les 154 nouveaux produits présentés dans cette exposition, nous avons choisi d’évoquer ceux qui sont le plus en phase avec les évolutions actuelles de la biologie hospitalière : • développement de nouveaux biomarqueurs précoces des pathologies ; • recherche de processus automatisés offrant productivité et traçabilité ; • applications de la spectrométrie de masse permettant une meilleure sensibilité ; • solutions de biologie délocalisée pour répondre aux situations d’urgence cliniques ; • applications de biologie moléculaire. Le thème des présentations scientifiques concernait le lien entre santé et environnement. La question de l’environnement se pose aujourd’hui pour toutes les grandes pathologies, des cancers aux maladies cardiovasculaires en passant par l’allergie. Les recherches actuelles visent à établir les rôles respectifs de : • la génétique (deux personnes au patrimoine génétique différent réagiront de façon différente à la même exposition environnementale) ; • les facteurs de l’environnement qui contribuent à l’expression de la prédisposition ; • le mécanisme de la prédisposition. On peut citer, comme facteur environnemental, les perturbateurs endocriniens (substances synthétiques agissant
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sur l’expression des gènes) ainsi que d’autres produits présents dans l’air et l’eau (plus d’informations sur www. asef-asso.fr Association santé environnement France)
Biochimie Plateformes pré-analytiques et analytiques La plateforme de biochimie Cobas 8000 de Roche s’enrichit avec un nouveau module, le Cobas e602, module d’immuno-analyse pouvant héberger 25 canaux différents et procurer jusqu’à 170 tests/h. Abbott enrichit le système Accelerator APS par un module de descellage automatique des tubes avant redosage ou ajout d’analyse supplémentaire ; par ailleurs, une station d’aliquotage permettant la création de tubes secondaires étiquetés pour les postes spécialisés ou les envois extérieurs est prévue pour 2011. Test turbidimétrique Un nouveau test par immuno-turbidimétrie, le PLAC test de Eurobio permet de doser la lipoprotéine-phospholipase A2 (Lp-PLA2) ; ce biomarqueur est spécifique de l’inflammation vasculaire et augmente lorsque la plaque d’athérosclérose est instable. Ce test est une avancée dans le dépistage des accidents cardiaques et des accidents vasculaires cérébraux ischémiques dont la cause majeure est la rupture d’une plaque d’athérosclérose. Spectrométrie de masse Les appareils de LC MS MS entrent en concurrence avec des paramètres
réalisés par les automates d’immunoanalyse sur le secteur de l’hormonologie: • Perkin Elmer est en cours de commercialisation d’une trousse permettant le dosage de dix stéroïdes (testostérone, cortisol, corticostérone, déhydroépiandrostrérone, progestérone, 4-androstène-3,17-dione, 17-désoxycortisol, sulfate de cortisol, corticostérone, déhydroépiandrostrérone, progestérone, 4-androstène3,17-dione, 17-désoxycortisol, sulfate de déhydroépiandrostérone, 17-alpha-hydroxyprogestérone, aldostérone). La trousse contient les calibrateurs internes, contrôles et l’ensemble de la technique de traitement préanalytique pour traiter 960 puits. La trousse est compatible avec un programme informatique dédié aux règles de validation, adaptable sur les différentes marques de spectromètre LC MS MS ; • Waters développe une solution clef en main pour l’analyse de la vitamine D en évaluant les deux formes de 25-hydroxyvitamine D. Cette analyse des deux formes, D2 et D3, est importante puisque certains médicaments contiennent la forme D2, d’autres la forme D3. Biologie délocalisée De nouveaux appareils de gaz du sang délocalisés sont proposés : Roche Cobas 123 POC, Siemens Rapidpoint 500. Les logiciels de gestion des analyses délocalisées sont régulièrement mis à jour par de nouvelles connexions : ainsi, le logiciel Siemens Rapidcomm v3 est connecté avec les analyseurs de gaz du sang, les lecteurs de glycémie, les
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lecteurs de bandelettes urinaires, et, à venir en 2011, l’analyseur d’hémoglobine glyquée DCA Vantage. Auto-immunité Menarini propose l’automate de chimiluminescence Zenit RA : 21 tests d’auto-immunité sont disponibles dont 15 peuvent être installés à bord ; une cadence de 70 tests/h est annoncée.
Hématologie Automate en hémostase Siemens distribue l’automate en hémostase Sysmex CS 2100i : cet appareil réalise pour chaque échantillon une vérification du remplissage du tube et la détection des plasmas hémolysés, ictériques ou lipémiques. Il permet de traiter simultanément des tests chronométriques, chromogéniques et immunologiques. Cytométrie en flux Certains protocoles sont basés sur l’identification d’un nombre croissant de sous-populations cellulaires ; il est possible de mesurer en un seul tube jusqu’à dix populations au moyen de nouveaux fluorochromes (exemple le Krome Orange Coulter) et de cytomètres à trois lasers. La complexité croissante des panels d’anticorps rend la présence d’un automate distributeur de réactifs très utile : le Biomek NX Span 8 offre sécurité et traçabilité au travers d’une interface bidirectionnelle avec le cytomètre Navios.
Microbiologie Identification de germes Il est désormais possible d’identifier les germes au moyen d’un profil spécifique de protéines du germe par un spectromètre de masse MALDI TOF. Biomérieux commercialise le Vitek MS, fruit d’un partenariat avec Shimadzu en mai 2010 et d’une acquisition d’une banque de données microbienne de la société allemande Anagnos. Par ailleurs, un nouveau middleware est proposé, le Myla ; celui-ci apporte trois fonc-
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tionnalités : la connexion des appareils Biomérieux, la gestion des prélèvements par patient et/ou par prélèvement et l’envoi d’alerte en temps réel, la gestion des flux de travail en donnant par exemple la liste des actions à mener par prélèvement L’objectif est d’offrir à terme une solution qui intègre le Vitek MS pour l’identification, le Vitek pour les tests d’antibiogramme et le logiciel Myla. Virologie La France est désormais alignée sur le reste du monde pour le dépistage du VIH depuis l’arrêté du 28 mai 2010 : la pratique du double test ELISA est abandonnée au profit des trousses dites « combo » c’est-à-dire dépistant le VIH 1 et 2. Ces trousses doivent disposer d’une sensibilité minimale de détection de l’Ag p24 fixée à 2 UI/ml. L’objectif recherché à travers cette meilleure sensibilité est de rendre plus précoce le dépistage et donc d’assurer une prise en charge plus rapide des patients.
Biologie moléculaire Amplification d’acides nucléiques en temps réel Biorad présente un nouveau thermocycler en temps réel, le Dx real Time System : cet appareil marqué CE IVD est équipé d’un lecteur de code à barres embarqué ; une trousse permettant la détection simultanée en un seul tube de Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoea et Mycoplasma gentialium permet la détection de maladies sexuellement transmissibles souvent asymptomatiques mais lourdes de conséquence. Qiagen propose le QIA Symphony RGQ qui associe le module SP pour l’extraction des acides nucléiques et le module AS pour la préparation des réactions d’amplification (ajout des « mix » d’amplification) ; les plaques ainsi préparées peuvent être insérées par la suite dans un appareil de PCR en temps réel, dont Qiagen propose le modèle Rotor Gene. Des appareils compacts réalisant extraction-amplification-détection sur
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des tests d’infectiologie sont présents ; vue leur conception, ils sont potentiellement intégrables dans la catégorie « biologie délocalisée » : • Cepheid enrichit son offre d’appareils Genexpert avec des modèles monocanaux, quatre canaux, huit canaux, 16 canaux et supérieur à 48 canaux ; ces appareils sont tous basés sur le principe de la cartouche à micro-fluidique intégrant les phases d’extraction, amplification, détection. A ce jour, 12 tests sont disponibles en marquage CE comme : le dépistage en réanimation du SARM (staphylocoque résistant à la méthicilline) en 75 minutes, le dépistage en intrapartum du streptocoque B en 52 minutes, la détection de la tuberculose aux urgences en 90 minutes ; • Eurobio distribue l’appareil compact Focus qui réalise à bord de rotors extraction d’acides nucléiques et amplification/détection ; des trousses de détection de méningocoques et pneumocoque sont proposées. Analyse de blot Bio Advance automatise la lecture des blots par l’appareil Easy Blot ; la traçabilité des tests de DOT et western blot est ainsi assurée. Séquenceurs Roche complète la gamme de séquenceurs haut débit par le modèle GS Junior : il reprend la technologie de « longue lecture » et est adapté au séquençage rapide de produits PCR, aux études de re-séquençage ciblé d’ADN humain, à la détection de pathogènes, à l’analyse de petits génomes. Lecteur de biopuces Bühlmann dispose d’une quarantaine de paramètres sur l’automate Infiniti dans les domaines des maladies infectieuses, des maladies génétiques, de la pharmacogénétique.
Accréditation Une offre industrielle se concrétise pour accompagner les laboratoires de biologie médicale dans le cadre des
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logiciels qualité et des prestations de métrologie. • DL santé propose le logiciel Gesqual Armure : celui-ci offre un management des documents qualité et des passerelles avec les autres outils du
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laboratoire (SGL, gestion économique et financière, applicatifs métiers) ; • Netika propose le logiciel Kalilab V9 (gestion documentaire, gestion des stocks, exploitation des indicateurs qualité, gestion CQI et CQE) ;
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• Greiner est associé à A+métrologie, filiale du groupe Apave disposant de 18 agences et 300 collaborateurs ; • MC2 pour des prestations de métrologie.
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Point technique en biologie. À propos des JIB (Journées internationales de biologie) 2010 G. Pivert Ingénieur biomédical, hôpitaux universitaires Paris-Centre (Cochin ; Broca ; Hôtel Dieu), AP–HP, Paris, France, email : [email protected]
Introduction Ce congrès de biologie, qui s’est tenu en novembre 2010, regroupe 1600 congressistes qui suivent une centaine de présentations, et 10 000 visiteurs de l’exposition des 169 exposants. Parmi les 154 nouveaux produits présentés dans cette exposition, nous avons choisi d’évoquer ceux qui sont le plus en phase avec les évolutions actuelles de la biologie hospitalière : • développement de nouveaux biomarqueurs précoces des pathologies ; • recherche de processus automatisés offrant productivité et traçabilité ; • applications de la spectrométrie de masse permettant une meilleure sensibilité ; • solutions de biologie délocalisée pour répondre aux situations d’urgence cliniques ; • applications de biologie moléculaire. Le thème des présentations scientifiques concernait le lien entre santé et environnement. La question de l’environnement se pose aujourd’hui pour toutes les grandes pathologies, des cancers aux maladies cardiovasculaires en passant par l’allergie. Les recherches actuelles visent à établir les rôles respectifs de : • la génétique (deux personnes au patrimoine génétique différent réagiront de façon différente à la même exposition environnementale) ; • les facteurs de l’environnement qui contribuent à l’expression de la prédisposition ; • le mécanisme de la prédisposition. On peut citer, comme facteur environnemental, les perturbateurs endocriniens (substances synthétiques agissant
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sur l’expression des gènes) ainsi que d’autres produits présents dans l’air et l’eau (plus d’informations sur www. asef-asso.fr Association santé environnement France)
Biochimie Plateformes pré-analytiques et analytiques La plateforme de biochimie Cobas 8000 de Roche s’enrichit avec un nouveau module, le Cobas e602, module d’immuno-analyse pouvant héberger 25 canaux différents et procurer jusqu’à 170 tests/h. Abbott enrichit le système Accelerator APS par un module de descellage automatique des tubes avant redosage ou ajout d’analyse supplémentaire ; par ailleurs, une station d’aliquotage permettant la création de tubes secondaires étiquetés pour les postes spécialisés ou les envois extérieurs est prévue pour 2011. Test turbidimétrique Un nouveau test par immuno-turbidimétrie, le PLAC test de Eurobio permet de doser la lipoprotéine-phospholipase A2 (Lp-PLA2) ; ce biomarqueur est spécifique de l’inflammation vasculaire et augmente lorsque la plaque d’athérosclérose est instable. Ce test est une avancée dans le dépistage des accidents cardiaques et des accidents vasculaires cérébraux ischémiques dont la cause majeure est la rupture d’une plaque d’athérosclérose. Spectrométrie de masse Les appareils de LC MS MS entrent en concurrence avec des paramètres
réalisés par les automates d’immunoanalyse sur le secteur de l’hormonologie: • Perkin Elmer est en cours de commercialisation d’une trousse permettant le dosage de dix stéroïdes (testostérone, cortisol, corticostérone, déhydroépiandrostrérone, progestérone, 4-androstène-3,17-dione, 17-désoxycortisol, sulfate de cortisol, corticostérone, déhydroépiandrostrérone, progestérone, 4-androstène3,17-dione, 17-désoxycortisol, sulfate de déhydroépiandrostérone, 17-alpha-hydroxyprogestérone, aldostérone). La trousse contient les calibrateurs internes, contrôles et l’ensemble de la technique de traitement préanalytique pour traiter 960 puits. La trousse est compatible avec un programme informatique dédié aux règles de validation, adaptable sur les différentes marques de spectromètre LC MS MS ; • Waters développe une solution clef en main pour l’analyse de la vitamine D en évaluant les deux formes de 25-hydroxyvitamine D. Cette analyse des deux formes, D2 et D3, est importante puisque certains médicaments contiennent la forme D2, d’autres la forme D3. Biologie délocalisée De nouveaux appareils de gaz du sang délocalisés sont proposés : Roche Cobas 123 POC, Siemens Rapidpoint 500. Les logiciels de gestion des analyses délocalisées sont régulièrement mis à jour par de nouvelles connexions : ainsi, le logiciel Siemens Rapidcomm v3 est connecté avec les analyseurs de gaz du sang, les lecteurs de glycémie, les
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Hématologie Automate en hémostase Siemens distribue l’automate en hémostase Sysmex CS 2100i : cet appareil réalise pour chaque échantillon une vérification du remplissage du tube et la détection des plasmas hémolysés, ictériques ou lipémiques. Il permet de traiter simultanément des tests chronométriques, chromogéniques et immunologiques. Cytométrie en flux Certains protocoles sont basés sur l’identification d’un nombre croissant de sous-populations cellulaires ; il est possible de mesurer en un seul tube jusqu’à dix populations au moyen de nouveaux fluorochromes (exemple le Krome Orange Coulter) et de cytomètres à trois lasers. La complexité croissante des panels d’anticorps rend la présence d’un automate distributeur de réactifs très utile : le Biomek NX Span 8 offre sécurité et traçabilité au travers d’une interface bidirectionnelle avec le cytomètre Navios.
Microbiologie Identification de germes Il est désormais possible d’identifier les germes au moyen d’un profil spécifique de protéines du germe par un spectromètre de masse MALDI TOF. Biomérieux commercialise le Vitek MS, fruit d’un partenariat avec Shimadzu en mai 2010 et d’une acquisition d’une banque de données microbienne de la société allemande Anagnos. Par ailleurs, un nouveau middleware est proposé, le Myla ; celui-ci apporte trois fonc-
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Biologie moléculaire Amplification d’acides nucléiques en temps réel Biorad présente un nouveau thermocycler en temps réel, le Dx real Time System : cet appareil marqué CE IVD est équipé d’un lecteur de code à barres embarqué ; une trousse permettant la détection simultanée en un seul tube de Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoea et Mycoplasma gentialium permet la détection de maladies sexuellement transmissibles souvent asymptomatiques mais lourdes de conséquence. Qiagen propose le QIA Symphony RGQ qui associe le module SP pour l’extraction des acides nucléiques et le module AS pour la préparation des réactions d’amplification (ajout des « mix » d’amplification) ; les plaques ainsi préparées peuvent être insérées par la suite dans un appareil de PCR en temps réel, dont Qiagen propose le modèle Rotor Gene. Des appareils compacts réalisant extraction-amplification-détection sur
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