Plate-forme pour l’intégration et l’exploitation des bases de données clinico-biologiques du groupe Sarcome Français

EPI-CLIN 2014 / Revue d’Épidémiologie et de Santé Publique 62S (2014) S133–S164 Néanmoins, elle est fréquemment sous-diagnostiquée et sous-traitée. L’amélioration de sa prise en charge est un déterminant essentiel de la qualité des soins dans cette population. Notre hypothèse est que certaines caractéristiques sociodémographiques, cliniques et liées au traitement seraient associées à un état dépressif en cours de chimiothérapie et permettraient de dépister précocement les patients nécessitant une prise en charge spécifique. Objectifs.– Identifier les facteurs pronostiques associés à une symptomatologie dépressive, chez des sujets âgés de 70 ans et plus atteints de cancers, en cours de chimiothérapie. Évaluer si l’efficacité et la tolérance de la chimiothérapie sont associées à un état dépressif. Méthodes.– Il s’agit d’une cohorte régionale prospective multicentrique, composée de cas incidents de cancers, diagnostiqués chez des sujets âgés de 70 ans et plus, traités par une première ligne de chimiothérapie. Les symptômes dépressifs ont été mesurés par la « Geriatric Depression Scale » (GDS). Les facteurs pronostiques et associés ont été recherchés en utilisant un modèle de régression logistique. Afin d’estimer les biais éventuels liés aux données manquantes, l’analyse cas complet a été comparée à une analyse après imputation multiple. Résultats.– Parmi les 364 patients initialement inclus, 344 ont bénéficié d’une GDS en début de chimiothérapie et 260 ont eu une deuxième évaluation au quatrième cycle de traitement. La prévalence de la symptomatologie dépressive au cycle 4 a été estimée à 45 %. Les facteurs pronostiques indépendants de dépression en cours de chimiothérapie étaient la présence d’une dénutrition (RC = 5,1, p = 0,014), d’un risque de malnutrition (RC = 1,6, p = 0,014) et d’une symptomatologie dépressive en début de traitement (RC = 6,7, p < 0,001). Les estimations des paramètres après imputation multiple étaient similaires. Une chimiothérapie efficace était associée à un risque moins élevé de dépression après imputation multiple (RC = 0,42, p = 0,018). Conclusion.– Les états thymique et nutritionnel doivent être pris en compte dès l’initiation d’une chimiothérapie car ils sont des facteurs pronostiques indépendants d’une symptomatologie dépressive ultérieure. Leur dépistage, simple et rapide permettrait d’identifier précocement les patients nécessitant une prise en charge psychiatrique spécifique, dont les bénéfices sont reconnus dans la littérature. Le rôle de la chimiothérapie sur les symptômes dépressifs nécessite des études complémentaires. http://dx.doi.org/10.1016/j.respe.2014.05.049 P2-2

Étude du parcours de soins des patients dans les hôpitaux publics et privés entre 2007 et 2010 K. Chevreul , M.-C. Clément , H. Maoulida , K. Zarca URC ECO–AP-HP, Paris, France Mots clés : Hôpital ; PMSI-MCO ; Parcours de soin ; Nomadisme Introduction.– Il n’existe pas aujourd’hui, ni dans la littérature franc¸aise, ni internationale, de données sur les parcours de soins hospitaliers des patients. Les études existantes analysent les flux de patients à partir des établissements et non des individus dans un but d’optimiser la gestion et l’organisation du système. Notre étude a pour objectif d’étudier le degré de « fidélité » des patients à un ou plusieurs établissements et d’identifier les facteurs l’influenc¸ant. Méthodes.– Une étude de cohorte sur données administratives a été mise en œuvre à partir des données d’hospitalisation du PMSI-MCO, entre 2007 et 2010, hors séances et HDJ. Les patients hospitalisés en 2007 avec au moins deux hospitalisations sur la période ont été inclus. Le nombre d’hôpitaux fréquentés (définis par leur FINESS) a permis d’approcher le niveau de fidélité. Un modèle binomial négatif a été réalisé, expliquant le nombre d’établissements fréquentés en fonction de caractéristiques individuelles des patients et de leurs séjours (âge, sexe, maladies chroniques, décès, nombre de séjours, proportion de séjours ayant pour mode d’entrée les urgences, proportion de séjours dans un GHM chirurgical), de la commune de résidence (type : rurale/semi-urbaine/urbaine, indice de défavorisation de Carstairs, densité de médecins, proportion de spécialistes) et de la zone d’hospitalisation que nous avons définie comme étant la zone au sein de laquelle le patient est le plus susceptible d’être hospitalisé, correspondant à la distance moyenne parcourue par l’ensemble des patients pour se faire hospitaliser (nombre d’hôpitaux et de lits à proximité, proportion de lits privés, présence

S135

d’un CHU). Des analyses par sous-groupe selon les pathologies chroniques ont également été réalisées. Résultats.– Au total, 5 441 953 patients ont été inclus pour plus de 20 millions de séjours. Sur l’ensemble des patients, 42 % ont réalisé deux séjours et 4 % plus de neuf séjours ; 83 % ont fréquenté un ou deux hôpitaux et moins de 1 % plus de quatre. Les patients avec une maladie chronique avaient un degré de fidélité similaire bien qu’ils effectuaient plus de séjours : 12 % ont effectué plus de neuf séjours. La modélisation est en cours. Discussion/conclusion.– Notre étude est la première objectivant à partir de données individuelles une relative fidélité des patients à leur établissement hospitalier et identifiant les facteurs associés à celle-ci. Le choix de se limiter aux hospitalisations hors séances et HDJ pourrait limiter la portée de l’étude en particulier pour la surveillance des pathologies chroniques, toutefois, pour ces types d’hospitalisations, nous pensons que le choix d’un établissement est moins celui du patient que celui du médecin et biaiserait probablement les résultats. http://dx.doi.org/10.1016/j.respe.2014.05.050 P2-3

Plate-forme pour l’intégration et l’exploitation des bases de données clinico-biologiques du groupe Sarcome Franc¸ais V. Jouhet a,b , J.-L. Renaud-Salis c , T. Gaudin c , A. Malfilatre c , S. Mathoulin-Pélissier c,d,e , J.-M. Coindre f a Service d’information médicale, pôle de santé publique, CHU de Bordeaux, France b Équipe de recherche en informatique appliquée à la santé, Isped, université de Bordeaux, Bordeaux, France c Institut Bergonié, Bordeaux, France d Inserm-CICEC7, Centre d’investigation clinique-épidémiologie clinique, Bordeaux, France e Isped, département de recherche clinique et information médicale, Université Bordeaux, Bordeaux, France f Département de biopathologie, Institut Bergonié, Bordeaux, France Mots clés : Entrepôt de données ; Terminologies médicales ; Sarcome Introduction.– Les sarcomes, tumeurs stromales gastro-intestinales et tumeurs desmoïdes sont des tumeurs rares dont l’incidence demande encore à être précisée et dont les causes sont le plus souvent inconnues. Elles sont de diagnostic et de prise en charge difficile mais présentent dans 50 % des cas une anomalie moléculaire spécifique et constituent donc un champ d’application privilégié pour les thérapies ciblées. Le Groupe Sarcome Franc¸ais est responsable de la création et de l’administration de différentes bases de données dédiées à la recherche clinique, l’évaluation des pratiques, l’épidémiologie et la gestion de banques de tumeurs. De nombreuses données sont communes à ces bases ou sont complémentaires et leur intégration est une nécessité pour en permettre l’exploitation dans le cadre de la recherche sur les sarcomes. Pour répondre à ce besoin, un projet pilote a évalué la faisabilité de l’intégration de ces données de sources et formats différents. Méthode.– L’intégration sémantique a été réalisée autour d’une hiérarchie pivot conc¸ue en s’appuyant sur des standards d’échange, des terminologies de référence et des modèles métiers. Les éléments de données à intégrer dans le cadre du pilote ont été mis en correspondance avec les concepts de cette hiérarchie. En l’absence de concept équivalent, des concepts spécifiques de la base à intégrer ont été ajoutés et placés comme des « fils » de concepts de la hiérarchie. Cet ajout permet de gérer des granularités différentes entre des concepts dont la sémantique est proche. Afin de faciliter l’intégration future avec d’autres bases de données les concepts ont été annotés, dans la mesure du possible, par des « Concept Unique Identifier » de l’UMLS et par des terminologies de référence (CIM-O3, SNOMED, LOINC). L’architecture testée est basée sur la plateforme i2b2 pour la construction d’un entrepôt de données permettant la recherche des cas d’intérêt et sur TranSMART pour la construction de « datamarts » orientés vers l’analyse exploratoire de données. La hiérarchie pivot est utilisée comme « ontologie i2b2 » pour organiser les données et y accéder. Le pilote a inclus 4446 patients de Conticabase (soit la totalité des patients issus de deux établissements).

S136

EPI-CLIN 2014 / Revue d’Épidémiologie et de Santé Publique 62S (2014) S133–S164

Résultats.– La hiérarchie complète comprend 1293 concepts et cinq axes. Parmi ces concepts, 1059 ont été inclus dans la phase pilote. Ces concepts correspondent à trois axes de la hiérarchie : « Information patient », « Diagnostic et bilan initial » et « Prélèvements ». Des requêtes simples et complexes ont été testées sur l’entrepôt de données pour évaluer la capacité des outils à répondre aux besoins des utilisateurs. Un « datamart » a été créé à partir de l’entrepôt et chargé dans TranSMART. Des variables spécifiques dédiées à l’analyse ont été créées au cours du processus d’ETL et différents types d’analyses ont été testés. Conclusion.– La construction de la hiérarchie et le déploiement du pilote ont pu être réalisés en sept mois. L’équipe était constituée d’un anatomopathologiste, d’un informaticien et de deux médecins spécialistes en informatique médicale. Les applications testées ont montré leurs capacités à répondre aux besoins d’intégration, de recherche d’information et d’analyse exploratoire. Cette architecture est en cours de mise en production et les différentes bases « sarcome » seront progressivement intégrées. La hiérarchie sera étendue en fonction des besoins. Un travail est en cours pour intégrer les données génomiques. http://dx.doi.org/10.1016/j.respe.2014.05.051 P2-4

Reconstitution de cohortes rétrospectives sur l’usage de drogues à partir de données transversales A. Mayet a , S. Legleye b,c , F. Beck d , B. Falissard c , N. Chau c a Centre d’épidémiologie et de santé publique des armées, UMR 912, Inserm U669, Marseille, France b Ined, Paris, France c Inserm U669, Paris, France d INPES, Saint-Denis, France Mots clés : Étude transversale ; Addiction ; Cohorte rétrospective ; Modèle multi-état Introduction.– En France, les enquêtes transversales répétées ESCAPAD (Enquête sur la santé et les comportements lors de l’appel de préparation à la défense) et Baromètre santé mesurent la prévalences des comportements de santé chez les adolescents et les adultes. Cependant, ces enquêtes ne sont en théorie pas adaptées à l’étude de phénomènes temporels comme des trajectoires d’usage de substances psychoactives. Ce travail rapporte l’expérience d’une exploration des transitions entre usages de tabac, alcool, cannabis et autres drogues illicites (ADI) grâce à la reconstitution de cohortes rétrospectives. Méthodes.– Les données d’ESCAPAD et des Baromètres santé (années 2005 et 2010) ont été utilisées. Les âges rapportés d’initiation des différentes substances ont permis de définir des étapes d’usages (niveaux d’usage pour une substance donnée ou séquences d’usages entre différentes substances). L’analyse des transitions entre usages a été réalisée à l’aide d’analyses de survie utilisant des modèles multi-états prenant en compte certains cofacteurs. Résultats.– Les données recueillies ont permis de décrire avec précision les processus d’usage de substances psychoactives et d’explorer plusieurs hypothèses comme la théorie de l’escalade et le modèle de vulnérabilité commune aux addictions. Les résultats, dans l’ensemble robustes et reproductibles d’une enquête à l’autre, satisfaisaient à certains critères de causalité : force et stabilité des associations observées, effets dose-réponse, cohérence avec la littérature et relations temporelles. Conclusion.– La reconstitution de cohortes rétrospectives à partir des grands échantillons des enquêtes nationales de prévalence apparaît comme un procédé fiable et peu coûteux pour explorer les trajectoires d’événements de santé. En ce qui concerne les usages de substances psychoactives, les biais de mémorisation apparaissaient relativement limités. Cette approche rétrospective ne saurait remplacer les enquêtes de cohorte prospectives mais peut s’avérer très utile, en raison de son bon rapport efficacité/coût, pour explorer certaines hypothèses ou mener des enquêtes internationales comparant plusieurs pays. http://dx.doi.org/10.1016/j.respe.2014.05.052

P2-5

Impact de la consommation alimentaire de polyphénols sur un marqueur biologique du stress oxydatif : l’étude SU.VI.MAX C. Montlahuc a,b , C. Julia a,c , M. Touvier a,c , L. Fezeu a,c , S. Hercberg a,c , E. Kesse-Guyot a,c , S. Chevret a,b a UMR 1153, CRESS Centre épidémiologies et biostatistique Sorbonne Paris Cité, Inserm, Paris, France b ECSTRA, Inserm, université Paris-Diderot, Paris, France c UREN, Inserm/Inra/Cnam/université Paris 13, Bobigny, France Mots clés : État nutritionnel ; Large cohorte ; Imputation multiple ; Données manquantes Introduction.– Plusieurs travaux chez l’animal ont retrouvé une association entre la consommation de polyphénols et le taux plasmatique des TBARs. Nous avons cherché à confirmer chez l’Homme cette association à partir de données disponibles collectées sur une large cohorte nutritionnelle franc¸aise. Comme il s’agit d’une analyse secondaire, de nombreuses données sont manquantes, possiblement liées à un phénomène « non totalement aléatoire » tant sur les prédicteurs que sur la variable dépendante. Notre objectif était de comparer trois méthodes différentes de prise en compte des données manquantes. Méthodes.– Les données sont issues d’une cohorte prospective (SU.VI.MAX 2) constituée de 6850 sujets inclus dans un essai randomisé d’intervention nutritionnelle (1994–2003) ayant évalué l’impact d’une supplémentation en vitamines et minéraux antioxydants sur l’incidence des cancers et des maladies cardiovasculaires et volontaires pour un suivi prolongé (2003–2008). L’apport en polyphénols a été estimé à partir d’enquêtes alimentaires remplies lors des deux premières années d’étude ; seuls 6092 des sujets avec au moins six enquêtes complètes ont été inclus dans l’analyse. Un dosage plasmatique des TBARs a été réalisé en 2007 sur un sous-échantillon selon des critères géographiques. L’association entre polyphénols et TBARS a été étudiée à l’aide d’un modèle linéaire multivarié. La prise en compte des données manquantes a utilisé une pondération inverse selon la probabilité de censure, un modèle d’imputation multiple par équations chaînées et la méthode d’Heckman. Résultats.– Parmi les 6092 adultes inclus en 1994, 4129 étaient suivis en 2007 dont 2116 ont eu une mesure plasmatique des TBARs. Sur les données complètes, on observe une association positive entre apport de catéchines (p = 0,024), théaflavines (p = 0,015) et taux plasmatique des TBARS, et négative avec celle des flavones (p = 0,0017). Cependant, les sujets dont le suivi s’est interrompu avant 2007 avaient plus souvent (p < 0,0001) été randomisés dans le bras supplémentation et différaient sur certaines caractéristiques démographiques et les sujets avec TBARs mesurés, plus souvent de sexe masculin et âgés. Les associations entre polyphénols et TBARS sont modifiées par la prise en compte de ces données manquantes, la méthode utilisée, et le modèle d’imputation retenu. Conclusion.– Cette étude a permis d’identifier des sous-classes de polyphénols ayant un impact sur les TBARs et d’étudier dans quelle mesure la prise en compte des données manquantes impacte les estimations. Elle suggère des éléments de réponse face à une problématique fréquente dans les larges études de cohorte et plus encore les « big data » concernant le traitement de données manquantes. http://dx.doi.org/10.1016/j.respe.2014.05.053 P2-6

Maladies mentales et comorbidités somatiques : retards à la prise en charge et gravité associée G. Haour , K. Chevreul URC Eco, Paris, France Mots clés : PMSI ; RIM-P ; Comorbidités ; Somatique ; Psychiatrie Introduction.– Les personnes atteintes de maladies mentales (PMP) sont en moins bonne santé que la population générale. Leurs comorbidités somatiques seraient mal prises en charge et ils seraient hospitalisés à un stade plus tardif de l’évolution de leur maladie, en passant plus fréquemment par les urgences, signe de mauvais suivi ce qui ultérieurement conduirait à une gravité et à une surmortalité plus élevée. Notre objectif est d’étayer cette hypothèse en documentant les séjours hospitaliers pour raisons somatiques des patients suivis en