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« Test ADNlc T21 » ou test génétique non invasif de dépistage de la trisomie 21 fœtale : à propos d’un consortium d’utilisateurs
Morphologie (2018) 102, 140—144
Disponible en ligne sur
ScienceDirect www.sciencedirect.com
23ES JOURNÉES DU COLLÈGE DES HISTOLOGISTES, EMBRYOLOGISTES ET CYTOGÉNÉTICIENS, CAEN, 22—24 MARS 2018
Communications orales
Session 1 CO-CHEC 01
DPNI et discordance fœto-placentaire : à propos de 6 cas Marion Beaumont a,b,∗ , Josette Lucas a , Erika Launay a , Frédéric Dugay a,b , Gwenaëlle Le Bouar c , Sylvie Odent d , Sylvie Jaillard a,b , Marc-Antoine Belaud-Rotureau a,b a Service de cytogénétique et de biologie cellulaire, CHU Pontchaillou, Rennes, France b IRSET UMR Inserm 1085, faculté de médecine, université de Rennes 1, Rennes, France c Service de gynécologie obstétrique et reproduction humaine, CHU de Rennes, Rennes, France d Service de génétique, CHU de Rennes, Rennes, France ∗ Auteur correspondant. Adresse e-mail : [email protected] (M. Beaumont) Introduction/Objectifs L’analyse cytogénétique des villosités choriales repose sur l’examen direct du cytotrophoblaste et la culture de l’axe mésenchymateux. Le dépistage prénatal non invasif (DPNI) est basé sur l’étude de l’ADN circulant, issu uniquement du cytotrophoblaste. Ces 2 techniques permettent une approche indirecte du contenu chromosomique fœtal. Des accidents mitotiques post-zygotiques peuvent survenir au cours des premières divisions du zygote. Ainsi, le caryotype fœtal peut être différent de celui du cytotrophoblaste et/ou de l’axe mésenchymateux, conduisant à un tableau de discordance fœto-placentaire (DFP). Matériels/Patients et méthodes Nous rapportons dans ce travail, 6 cas de DFP parmi les 3500 DPNI réalisés dans le service de cytogénétique et biologie cellulaire du CHU de Rennes (1,7‰), entre mars 2016 et décembre 2017. Résultats Quatre cas sur 6 (66 %) correspondaient à des « fauxpositifs ». Le DPNI était en faveur d’une trisomie 21 dans 3 cas et d’une trisomie 18 dans un cas. Aucune anomalie chromosomique constitutionnelle n’a été mise en évidence sur le liquide amniotique (LA) pour ces 4 fœtus. Deux cas sur 6 (33 %) correspondaient à des « faux négatifs ». Le DPNI était normal. L’apparition de signes d’appel échographiques au décours des grossesses a motivé la réalisation d’examens complémentaires et a permis d’identifier une trisomie 13 homogène 1286-0115/
par isochromosome 13q chez l’un et une trisomie 21 en mosaïque chez l’autre. Pour tous ces cas, lorsqu’une analyse du placenta a pu être réalisée par FISH au CHU de Rennes, les résultats du DPNI ont été confirmés. Conclusions Nos résultats rappellent que la fréquence des DFP est faible et qu’il est indispensable de réaliser un caryotype sur LA pour confirmer un DPNI anormal. En cas de DPNI normal, le suivi échographique habituel de toute grossesse doit être maintenu. L’ensemble des acteurs impliqués dans le diagnostic prénatal doit être sensibilisé à ce risque de DFP. Mots clés Discordance fœto-placentaire ; DPNI ; Accident mitotique Déclaration de liens d’intérêts de liens d’intérêts.
Les auteurs déclarent ne pas avoir
https://doi.org/10.1016/j.morpho.2018.07.123 CO-CHEC 02
« Test ADNlc T21 » ou test génétique non invasif de dépistage de la trisomie 21 fœtale : à propos d’un consortium d’utilisateurs Laetitia Gouas a,∗ , Patrick Callier b , Nora Chelloug c , Henri Copin d , Cédric Le Caignec e , Martine Doco-Fenzy f , Paul Kuentz g , ¸ois Vialard j , Bertrand Macé h , Vincent Gatinois i , Franc Valentine Marquet k , Philippe Vago a a Cytogénétique médicale, CHU de Clermont-Ferrand, Clermont-Ferrand, France b Laboratoire de génétique chromosomique et moléculaire, CHU de Dijon, Dijon, France c Service de génétique médicale, CHRU Bretonneau, Tours, France d Médecine reproductive & biologie du développement, université de Picardie Jules-Verne, Amiens, France e Service de génétique médicale, CHU de Nantes, Nantes, France f Service de génétique, CHU de Reims, Reims, France g Service de génétique biologique, histologie, CHRU de Besanc ¸on, Besanc¸on, France h Service d’histologie, cytogénétique et biologie de la reproduction, département de médecine gamétogenèse et qualité du gamète, CHU de Rouen, Rouen, France i Laboratoire de génétique chromosomique, CHRU de Montpellier, Montpellier, France
Communications orales
141
j
Service d’histologie, embryologie, biologie de la reproduction, cytogénétique et génétique médicale, CHI de Poissy, Poissy, France k Service de cytogénétique, génétique médicale et biologie de la reproduction, CHU de Limoges, Limoges, France ∗ Auteur correspondant. Adresse e-mail : [email protected] (L. Gouas) Introduction/Objectifs Les tests « ADN libre circulant » de dépistage de la trisomie 21, développés depuis 2008, sont fondés sur la recherche d’une surreprésentation de séquences du chromosome 21 d’origine fœtale au sein de l’ADN libre circulant (ADNlc) dans ® le plasma maternel. Le test Clarigo (Multiplicom-Agilent) est une approche ciblée reposant sur le séquenc ¸age massif parallèle d’au moins 4000 amplicons issus des chromosomes 13, 18, 21 et X. Chaque amplicon contient un SNP permettant d’estimer la fraction fœtale de l’ADNlc. Matériels/Patients et méthodes Il bénéficie du marquage CE-IVD pour toutes les étapes comprises depuis le prélèvement sur tube ® Cell-Free DNA BCT jusqu’à l’analyse des résultats. Le risque de trisomie est évalué à partir de l’analyse des données bioinformatiques avec le logiciel Clarigo ReporterTM accessible par internet à partir d’un cloud privé et sécurisé. Lancé sur le marché en octobre 2015, il est actuellement utilisé par neuf centres franc ¸ais (Amiens, Clermont-Ferrand, Dijon, Limoges, Montpellier, Poissy, Reims, Rouen et Tours). Résultats D’autres centres, dont Besanc ¸on, sont en cours d’implémentation. Les différents centres utilisateurs se sont regroupés au sein d’un consortium national animé par le Prof. Philippe Vago. Les membres du consortium se réunissent deux fois par an (juin/décembre) lors d’un séminaire, en présence des représentants de Multiplicom-Agilent. Lors de ces séminaires, divers aspects du test, comme le retour d’expérience des utilisateurs et les difficultés rencontrées, la démarche qualité (validation/vérification de méthode, programme externe de qualité), les évolutions techniques (automatisation) et la prise en charge du test (aspects réglementaires/facturation) sont abordés. Conclusions Les discussions relatives à l’accréditation, et plus généralement la démarche qualité, bénéficient de l’expérience d’un des membres du consortium, expert COFRAC. Ces rencontres sont le lieu d’échanges entre utilisateurs, mais également avec le fournisseur du kit, dans l’objectif de répondre au mieux aux besoins de chaque centre. Mots clés Test ADN libre circulant ; Trisomie 21 ; Consortium ® national ; Test Clarigo Déclaration de liens d’intérêts de liens d’intérêts.
Les auteurs déclarent ne pas avoir
https://doi.org/10.1016/j.morpho.2018.07.124 CO-CHEC 03
Étude des topologically associated domains (TADs) en diagnostic : retour d’expérience du CHU de Bordeaux Aurélien Trimouille a,b,∗ , Angèle Tingaud-Sequeira b , Perrine Pennamen a,b , Gwenaelle Andre c , Julie Bouron a , Patricia Fergelot a , Didier Lacombe a,b , Benoit Arveiler a,b , Caroline Rooryck-Thambo a,b a Génétique médicale, CHU de Bordeaux, Bordeaux, France b U1211, Inserm, Bordeaux, France c Pathologie, CHU de Bordeaux, Bordeaux, France ∗ Auteur correspondant. Adresse e-mail : [email protected] (A. Trimouille) Introduction/Objectifs L’étude de l’architecture tridimensionnelle de la chromatine par la technologie de Hi-C, dérivée de la Chromosome Conformation Capture (3C), a mis en lumière
l’existence de domaines chromatiniens dénommés topologically associated domains (TADs) [1]. L’altération de l’organisation des TADs, et les interactions ectopiques entre séquences régulatrices et gènes en résultant peuvent être à l’origine de différentes anomalies du développement [2]. Matériels/Patients et méthodes La technique d’Analyse Chromosomique sur Puce à ADN (ACPA), utilisée en routine dans le diagnostic des anomalies du développement, se heurte à des difficultés d’interprétation. Cependant, l’effet des variations du nombre de copies (CNV) détectées par ACPA sur les TADs n’est que récemment pris en compte dans cette interprétation. Durant cette étude, nous avons ré-analysé 735 CNVs détectés par ACPA et initialement considérés comme probablement bénins ou de signification inconnue, afin de déterminer si ceux-ci peuvent altérer l’organisation des TADs. Résultats Cette étude nous a permis de mettre en évidence une possible altération de TAD chez 7 patients. Un de ces cas concerne notamment un fœtus présentant une association malformative complexe, et porteur d’une délétion au locus du gène IHH. Le modèle de l’architecture chromatinienne à ce locus [3] permet de prédire une interaction ectopique entre IHH et les enhancers situés dans le TAD du gène EPHA4, induite par cette délétion. Le rendement de la ré-analyse de notre cohorte (7/735) met en lumière le fait que la perturbation de TADs par un CNV est probablement un mécanisme physiopathologique rare. Conclusions L’étude des TADs dans le cadre du diagnostic apparaît donc aujourd’hui comme possible, notamment pour les locus dont l’architecture est désormais caractérisée. Cependant, notre expérience montre que celle-ci est complexe, et nécessiterait une confirmation par des techniques in vitro telles que celles dérivées de la 3C. Mots clés ACPA ; Architecture chromatinienne ; Topologically associated domain ; IHH Déclaration de liens d’intérêts Les auteurs déclarent ne pas avoir de liens d’intérêts. Références [1] Dixon JR, Selvaraj S, Yue F, Kim A, Li Y, Shen Y, et al. Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions. Nature 2012;485(7398):376—80. [2] Lupiᘠnez DG, Spielmann M, Mundlos S. Breaking TADs: how alterations of chromatin domains result in disease. Trends Genet 2016;32(4):225—37. [3] Lupiᘠnez DG, Kraft K, Heinrich V, Krawitz P, Brancati F, Klopocki E. Disruptions of topological chromatin domains cause pathogenic rewiring of gene—enhancer interactions. Cell 2015;161(5):1012—25. https://doi.org/10.1016/j.morpho.2018.07.125 CO-CHEC 04
À propos d’un mécanisme rare d’aniridie, la délétion d’un élément régulateur du gène PAX6 identifiée par CGH-array Kévin Cassinari a,∗ , Géraldine Joly-Hélas a , Laetitia Trestard b , Brigitte Leduc c , Bertrand Macé a , Thierry Frébourg d , Pascal Chambon a a Laboratoire de cytogénétique, département de génétique, CHU de Rouen, Rouen, France b Service de pédiatrie, centre hospitalier du Belvédère, Mont-Saint-Aignan, France c Service d’ophtalmologie, CHU de Rouen, Rouen, France d Département de génétique, CHU de Rouen, Rouen, France ∗ Auteur correspondant. Adresse e-mail : [email protected] (K. Cassinari)
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23ES JOURNÉES DU COLLÈGE DES HISTOLOGISTES, EMBRYOLOGISTES ET CYTOGÉNÉTICIENS, CAEN, 22—24 MARS 2018
Communications orales
Session 1 CO-CHEC 01
DPNI et discordance fœto-placentaire : à propos de 6 cas Marion Beaumont a,b,∗ , Josette Lucas a , Erika Launay a , Frédéric Dugay a,b , Gwenaëlle Le Bouar c , Sylvie Odent d , Sylvie Jaillard a,b , Marc-Antoine Belaud-Rotureau a,b a Service de cytogénétique et de biologie cellulaire, CHU Pontchaillou, Rennes, France b IRSET UMR Inserm 1085, faculté de médecine, université de Rennes 1, Rennes, France c Service de gynécologie obstétrique et reproduction humaine, CHU de Rennes, Rennes, France d Service de génétique, CHU de Rennes, Rennes, France ∗ Auteur correspondant. Adresse e-mail : [email protected] (M. Beaumont) Introduction/Objectifs L’analyse cytogénétique des villosités choriales repose sur l’examen direct du cytotrophoblaste et la culture de l’axe mésenchymateux. Le dépistage prénatal non invasif (DPNI) est basé sur l’étude de l’ADN circulant, issu uniquement du cytotrophoblaste. Ces 2 techniques permettent une approche indirecte du contenu chromosomique fœtal. Des accidents mitotiques post-zygotiques peuvent survenir au cours des premières divisions du zygote. Ainsi, le caryotype fœtal peut être différent de celui du cytotrophoblaste et/ou de l’axe mésenchymateux, conduisant à un tableau de discordance fœto-placentaire (DFP). Matériels/Patients et méthodes Nous rapportons dans ce travail, 6 cas de DFP parmi les 3500 DPNI réalisés dans le service de cytogénétique et biologie cellulaire du CHU de Rennes (1,7‰), entre mars 2016 et décembre 2017. Résultats Quatre cas sur 6 (66 %) correspondaient à des « fauxpositifs ». Le DPNI était en faveur d’une trisomie 21 dans 3 cas et d’une trisomie 18 dans un cas. Aucune anomalie chromosomique constitutionnelle n’a été mise en évidence sur le liquide amniotique (LA) pour ces 4 fœtus. Deux cas sur 6 (33 %) correspondaient à des « faux négatifs ». Le DPNI était normal. L’apparition de signes d’appel échographiques au décours des grossesses a motivé la réalisation d’examens complémentaires et a permis d’identifier une trisomie 13 homogène 1286-0115/
par isochromosome 13q chez l’un et une trisomie 21 en mosaïque chez l’autre. Pour tous ces cas, lorsqu’une analyse du placenta a pu être réalisée par FISH au CHU de Rennes, les résultats du DPNI ont été confirmés. Conclusions Nos résultats rappellent que la fréquence des DFP est faible et qu’il est indispensable de réaliser un caryotype sur LA pour confirmer un DPNI anormal. En cas de DPNI normal, le suivi échographique habituel de toute grossesse doit être maintenu. L’ensemble des acteurs impliqués dans le diagnostic prénatal doit être sensibilisé à ce risque de DFP. Mots clés Discordance fœto-placentaire ; DPNI ; Accident mitotique Déclaration de liens d’intérêts de liens d’intérêts.
Les auteurs déclarent ne pas avoir
https://doi.org/10.1016/j.morpho.2018.07.123 CO-CHEC 02
« Test ADNlc T21 » ou test génétique non invasif de dépistage de la trisomie 21 fœtale : à propos d’un consortium d’utilisateurs Laetitia Gouas a,∗ , Patrick Callier b , Nora Chelloug c , Henri Copin d , Cédric Le Caignec e , Martine Doco-Fenzy f , Paul Kuentz g , ¸ois Vialard j , Bertrand Macé h , Vincent Gatinois i , Franc Valentine Marquet k , Philippe Vago a a Cytogénétique médicale, CHU de Clermont-Ferrand, Clermont-Ferrand, France b Laboratoire de génétique chromosomique et moléculaire, CHU de Dijon, Dijon, France c Service de génétique médicale, CHRU Bretonneau, Tours, France d Médecine reproductive & biologie du développement, université de Picardie Jules-Verne, Amiens, France e Service de génétique médicale, CHU de Nantes, Nantes, France f Service de génétique, CHU de Reims, Reims, France g Service de génétique biologique, histologie, CHRU de Besanc ¸on, Besanc¸on, France h Service d’histologie, cytogénétique et biologie de la reproduction, département de médecine gamétogenèse et qualité du gamète, CHU de Rouen, Rouen, France i Laboratoire de génétique chromosomique, CHRU de Montpellier, Montpellier, France
Communications orales
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Service d’histologie, embryologie, biologie de la reproduction, cytogénétique et génétique médicale, CHI de Poissy, Poissy, France k Service de cytogénétique, génétique médicale et biologie de la reproduction, CHU de Limoges, Limoges, France ∗ Auteur correspondant. Adresse e-mail : [email protected] (L. Gouas) Introduction/Objectifs Les tests « ADN libre circulant » de dépistage de la trisomie 21, développés depuis 2008, sont fondés sur la recherche d’une surreprésentation de séquences du chromosome 21 d’origine fœtale au sein de l’ADN libre circulant (ADNlc) dans ® le plasma maternel. Le test Clarigo (Multiplicom-Agilent) est une approche ciblée reposant sur le séquenc ¸age massif parallèle d’au moins 4000 amplicons issus des chromosomes 13, 18, 21 et X. Chaque amplicon contient un SNP permettant d’estimer la fraction fœtale de l’ADNlc. Matériels/Patients et méthodes Il bénéficie du marquage CE-IVD pour toutes les étapes comprises depuis le prélèvement sur tube ® Cell-Free DNA BCT jusqu’à l’analyse des résultats. Le risque de trisomie est évalué à partir de l’analyse des données bioinformatiques avec le logiciel Clarigo ReporterTM accessible par internet à partir d’un cloud privé et sécurisé. Lancé sur le marché en octobre 2015, il est actuellement utilisé par neuf centres franc ¸ais (Amiens, Clermont-Ferrand, Dijon, Limoges, Montpellier, Poissy, Reims, Rouen et Tours). Résultats D’autres centres, dont Besanc ¸on, sont en cours d’implémentation. Les différents centres utilisateurs se sont regroupés au sein d’un consortium national animé par le Prof. Philippe Vago. Les membres du consortium se réunissent deux fois par an (juin/décembre) lors d’un séminaire, en présence des représentants de Multiplicom-Agilent. Lors de ces séminaires, divers aspects du test, comme le retour d’expérience des utilisateurs et les difficultés rencontrées, la démarche qualité (validation/vérification de méthode, programme externe de qualité), les évolutions techniques (automatisation) et la prise en charge du test (aspects réglementaires/facturation) sont abordés. Conclusions Les discussions relatives à l’accréditation, et plus généralement la démarche qualité, bénéficient de l’expérience d’un des membres du consortium, expert COFRAC. Ces rencontres sont le lieu d’échanges entre utilisateurs, mais également avec le fournisseur du kit, dans l’objectif de répondre au mieux aux besoins de chaque centre. Mots clés Test ADN libre circulant ; Trisomie 21 ; Consortium ® national ; Test Clarigo Déclaration de liens d’intérêts de liens d’intérêts.
Les auteurs déclarent ne pas avoir
https://doi.org/10.1016/j.morpho.2018.07.124 CO-CHEC 03
Étude des topologically associated domains (TADs) en diagnostic : retour d’expérience du CHU de Bordeaux Aurélien Trimouille a,b,∗ , Angèle Tingaud-Sequeira b , Perrine Pennamen a,b , Gwenaelle Andre c , Julie Bouron a , Patricia Fergelot a , Didier Lacombe a,b , Benoit Arveiler a,b , Caroline Rooryck-Thambo a,b a Génétique médicale, CHU de Bordeaux, Bordeaux, France b U1211, Inserm, Bordeaux, France c Pathologie, CHU de Bordeaux, Bordeaux, France ∗ Auteur correspondant. Adresse e-mail : [email protected] (A. Trimouille) Introduction/Objectifs L’étude de l’architecture tridimensionnelle de la chromatine par la technologie de Hi-C, dérivée de la Chromosome Conformation Capture (3C), a mis en lumière
l’existence de domaines chromatiniens dénommés topologically associated domains (TADs) [1]. L’altération de l’organisation des TADs, et les interactions ectopiques entre séquences régulatrices et gènes en résultant peuvent être à l’origine de différentes anomalies du développement [2]. Matériels/Patients et méthodes La technique d’Analyse Chromosomique sur Puce à ADN (ACPA), utilisée en routine dans le diagnostic des anomalies du développement, se heurte à des difficultés d’interprétation. Cependant, l’effet des variations du nombre de copies (CNV) détectées par ACPA sur les TADs n’est que récemment pris en compte dans cette interprétation. Durant cette étude, nous avons ré-analysé 735 CNVs détectés par ACPA et initialement considérés comme probablement bénins ou de signification inconnue, afin de déterminer si ceux-ci peuvent altérer l’organisation des TADs. Résultats Cette étude nous a permis de mettre en évidence une possible altération de TAD chez 7 patients. Un de ces cas concerne notamment un fœtus présentant une association malformative complexe, et porteur d’une délétion au locus du gène IHH. Le modèle de l’architecture chromatinienne à ce locus [3] permet de prédire une interaction ectopique entre IHH et les enhancers situés dans le TAD du gène EPHA4, induite par cette délétion. Le rendement de la ré-analyse de notre cohorte (7/735) met en lumière le fait que la perturbation de TADs par un CNV est probablement un mécanisme physiopathologique rare. Conclusions L’étude des TADs dans le cadre du diagnostic apparaît donc aujourd’hui comme possible, notamment pour les locus dont l’architecture est désormais caractérisée. Cependant, notre expérience montre que celle-ci est complexe, et nécessiterait une confirmation par des techniques in vitro telles que celles dérivées de la 3C. Mots clés ACPA ; Architecture chromatinienne ; Topologically associated domain ; IHH Déclaration de liens d’intérêts Les auteurs déclarent ne pas avoir de liens d’intérêts. Références [1] Dixon JR, Selvaraj S, Yue F, Kim A, Li Y, Shen Y, et al. Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions. Nature 2012;485(7398):376—80. [2] Lupiᘠnez DG, Spielmann M, Mundlos S. Breaking TADs: how alterations of chromatin domains result in disease. Trends Genet 2016;32(4):225—37. [3] Lupiᘠnez DG, Kraft K, Heinrich V, Krawitz P, Brancati F, Klopocki E. Disruptions of topological chromatin domains cause pathogenic rewiring of gene—enhancer interactions. Cell 2015;161(5):1012—25. https://doi.org/10.1016/j.morpho.2018.07.125 CO-CHEC 04
À propos d’un mécanisme rare d’aniridie, la délétion d’un élément régulateur du gène PAX6 identifiée par CGH-array Kévin Cassinari a,∗ , Géraldine Joly-Hélas a , Laetitia Trestard b , Brigitte Leduc c , Bertrand Macé a , Thierry Frébourg d , Pascal Chambon a a Laboratoire de cytogénétique, département de génétique, CHU de Rouen, Rouen, France b Service de pédiatrie, centre hospitalier du Belvédère, Mont-Saint-Aignan, France c Service d’ophtalmologie, CHU de Rouen, Rouen, France d Département de génétique, CHU de Rouen, Rouen, France ∗ Auteur correspondant. Adresse e-mail : [email protected] (K. Cassinari)