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Une PCR quantitative positive a Pneumocystis jirovecii dans une aspiration naso-pharyngée est évocatrice d’une pneumocystose pulmonaire chez des patients avec atteinte pulmonaire fébrile
74 optimiser les protocoles pour l’utilisation de molécules actives. Nous avons développé différentes stratégies d’inoculation de spores d’A. fumigatus chez le poulet (Gallus gallus) et la dinde incluant des injections intrasac-aérien et des nébulisations de spores dans une chambre d’inhalation. Récemment nous avons testé un nébuliseur intra-trachéal (Microsprayer1, Penn—Century, Wyndmoor, Pennsylvania, États-Unis) sur des dindonneaux avec 4 différentes doses de l’inoculum : 105, 106, 107, et 108 conidies inoculées par oiseau (n = 12 oiseaux par inoculum). La nébulisation de 108 spores dans la trachée de dindonneaux de 5 jours à l’aide du microsprayer1 induit de graves difficultés respiratoires et une haute mortalité dans les 72 h après l’inoculation. Des lésions macroscopiques typiques de l’aspergillose sont observées chez les animaux infectés telles que des granulomes sur les sacs aériens et une densification du parenchyme pulmonaire. L’évolution de la charge fongique dans les tissus respiratoires est évaluée par culture quantitative (UFC), dosage immunoenzymatique du galactomannane, et PCR quantitative en temps réel. Dans une seconde étape, nous voulons évaluer l’efficacité thérapeutique de composés azolés sur des dindonneaux infectés expérimentalement.
Résumés des communications orales (crachat induit ou LBA) pour confirmer le diagnostic de PCP. Sachant que la charge fongique est plus faible dans l’ANP par rapport à un crachat induit, un résultat négatif ne peut exclure le diagnostic. http://dx.doi.org/10.1016/j.mycmed.2014.01.047 43
Évaluation externe de qualité sérodiagnostic fongique : bilan à trois ans
F. Persat a,b,c,*, J.-C. Eynard b, Y. Perucchetti a, S. Picot a, B. Poggi b, et les participants au contrôle qualité a Hospices Civils de Lyon, Institut de parasitologie et mycologie ´ dicale, ho ˆ pital de la Croix-Rousse, Centre de biologie Nord, 103, me Grande-Rue-de-la-Croix-Rousse 69317 Lyon cedex 08, France b Pro.Bio.Qual, 9, rue Professeur-Florence, 69003 Lyon, France c ´ rodiagnostic fongique de la socie ´ te ´ franc¸aise de Groupe se ´ dicale, France mycologie me *Auteur correspondant. Adresse e-mail : [email protected].
http://dx.doi.org/10.1016/j.mycmed.2014.01.046 42
Une PCR quantitative positive a Pneumocystis jirovecii dans une aspiration naso-pharyngée est évocatrice d’une pneumocystose pulmonaire chez des patients avec atteinte pulmonaire fébrile
N. Guigue *, J. Menotti, A. Alanio, J. Le Goff, S. Bretagne Laboratoire de parasitologie et de mycologie, laboratoire de ˆ pital Saint-Louis, AP—HP, Paris, France virologie, ho *Auteur correspondant. Adresse e-mail : [email protected]. Objet.— Le diagnostic biologique des infections à Pneumocystis jirovecii est réalisé sur des prélèvements invasifs ou mal standardisés. Le but de cette étude était d’évaluer les résultats d’une PCR quantitative (qPCR) pour P. jirovecii sur un prélèvement non invasif et standardisé tel que l’aspiration naso-pharyngée (ANP) comme outil de dépistage dans les infections pulmonaires. Me ´thodes.— Nous avons analysé 330 extraits d’ADN d’ANP de manière rétrospective, pour le dépistage de l’ADN de P. jirovecii de tous les patients venus consulter pour suspicion de pneumopathies infectieuses durant les mois de février et mars 2012. Les données cliniques et les résultats des prélèvements biologiques de routine (délais de 7 jours maximum avec le prélèvement d’ANP) ont été comparés à ces résultats. Re ´sultats.— Parmi les 330 patients inclus (192 patients immunodéprimés dont 19 patients VIH), 16 (4,8 %) ont eu une qPCR positive à P. jirovecii sur ANP. Vingt-sept patients (8,2 %) ont eu en parallèle des prélèvements biologiques de routine (LBA, aspiration bronchique ou crachats induits). Sur les 16 patients avec ANP positives, six patients (37,5 %) ont eu des crachats induits positifs en qPCR de routine dont cinq patients avec un diagnostic de pneumocystose pulmonaire (PCP) retenu. Parmi les 21 patients qui ont eu des prélèvements biologiques de routine et une ANP négative, trois patients ont eu des prélèvements positifs (LBA et aspiration bronchique) en qPCR sans diagnostic clinique de PCP. La PCR quantitative sur ANP a montré des charges fongiques plus faibles que sur les crachats induits, avec une différence moyenne de 3,89 Ct. Conclusion.— Une PCR quantitative positive à P. jirovecii sur aspiration naso-pharyngée est évocatrice de pneumocystose pulmonaire chez les patients atteints de pneumopathies fébriles. Un résultat positif sur ANP justifie un prélèvement des voies respiratoires basses
Objectif.— La détection des antigènes galactomannanes et des anticorps anti-Aspergillus dans le sérum fait partie des critères de définition des différentes formes d’aspergilloses. Après une opération pilote organisée en 2011, un programme d’Évaluation externe de qualité a été mis en place pour ces deux paramètres depuis 2012 par Pro.Bio.Qual, en collaboration avec l’Institut de parasitologie et mycologie médicale de Lyon. Cette évaluation permet de calculer l’incertitude d’une technique selon le guide du COFRAC SH GTA14 sur les méthodologies d’évaluation de l’incertitude de mesure. Un bilan des résultats obtenus sur trois ans est présenté. Me ´thode.— Les laboratoires se sont inscrits aux programmes de détection des antigènes aspergillaires et/ou des anticorps antiaspergillaires. Un total de 15 antigènes et de 10 anticorps ont été testés en neuf « campagnes ». Les réponses quantitatives et qualitatives devaient être saisies suivant un calendrier préétabli, via internet, avec possibilité de commentaire libre (logiciel 4D, calculs selon les normes ISO applicables aux organismes effectuant des contrôles de qualité inter laboratoires. Re´sultats.— Une quarantaine de laboratoires ont participé à ces évaluations. Pour la détection d’antigènes, tous les laboratoires utilisent le kit PlateliaTM Aspergillus Antigène de la société BioRad. Cette évaluation a permis de suivre la mise en route de la nouvelle référence du kit en France depuis 2012, sachant que BioRad considère que les deux références sont homogènes. La cible fixée en 2012 d’un coefficient de variation inférieur à 30 % a été atteinte pour 85,7 % des sérums. Les deux coefficients de variation supérieurs à 30 % sont obtenus pour les sérums d’index les plus faibles (inférieurs à 0,15). Pour la détection des anticorps, le nombre de techniques utilisées par chaque laboratoire varie de une à trois entre Elisa, hémagglutination indirecte et techniques de précipitation (avec ou sans révélation d’activité enzymatique). Le nombre de kits Elisa utilisés a diminué entre 2012 et 2013 passant de six à trois, sachant que ces techniques ne sont pas standardisées entre elles. Des résultats très hétérogènes sont obtenus avec le kit d’hémagglutination selon les laboratoires. Les techniques de précipitation, variées, présentent des résultats plus groupés. Conclusion.— Les laboratoires améliorent leurs rendus de résultats sur le logiciel 4D, le remplissage des réponses étant particulièrement complexe pour la détection des anticorps. Les laboratoires évitent de plus en plus de rendre des valeurs « supérieur à » et « inférieur à ». Des changements de pratique sont observés dans les laboratoires au cours du temps, avec une tendance à l’homogénéisation, pour permettre un meilleur suivi des patients en cas de changement de laboratoires exécutant l’analyse biologique. http://dx.doi.org/10.1016/j.mycmed.2014.01.048
Résumés des communications orales (crachat induit ou LBA) pour confirmer le diagnostic de PCP. Sachant que la charge fongique est plus faible dans l’ANP par rapport à un crachat induit, un résultat négatif ne peut exclure le diagnostic. http://dx.doi.org/10.1016/j.mycmed.2014.01.047 43
Évaluation externe de qualité sérodiagnostic fongique : bilan à trois ans
F. Persat a,b,c,*, J.-C. Eynard b, Y. Perucchetti a, S. Picot a, B. Poggi b, et les participants au contrôle qualité a Hospices Civils de Lyon, Institut de parasitologie et mycologie ´ dicale, ho ˆ pital de la Croix-Rousse, Centre de biologie Nord, 103, me Grande-Rue-de-la-Croix-Rousse 69317 Lyon cedex 08, France b Pro.Bio.Qual, 9, rue Professeur-Florence, 69003 Lyon, France c ´ rodiagnostic fongique de la socie ´ te ´ franc¸aise de Groupe se ´ dicale, France mycologie me *Auteur correspondant. Adresse e-mail : [email protected].
http://dx.doi.org/10.1016/j.mycmed.2014.01.046 42
Une PCR quantitative positive a Pneumocystis jirovecii dans une aspiration naso-pharyngée est évocatrice d’une pneumocystose pulmonaire chez des patients avec atteinte pulmonaire fébrile
N. Guigue *, J. Menotti, A. Alanio, J. Le Goff, S. Bretagne Laboratoire de parasitologie et de mycologie, laboratoire de ˆ pital Saint-Louis, AP—HP, Paris, France virologie, ho *Auteur correspondant. Adresse e-mail : [email protected]. Objet.— Le diagnostic biologique des infections à Pneumocystis jirovecii est réalisé sur des prélèvements invasifs ou mal standardisés. Le but de cette étude était d’évaluer les résultats d’une PCR quantitative (qPCR) pour P. jirovecii sur un prélèvement non invasif et standardisé tel que l’aspiration naso-pharyngée (ANP) comme outil de dépistage dans les infections pulmonaires. Me ´thodes.— Nous avons analysé 330 extraits d’ADN d’ANP de manière rétrospective, pour le dépistage de l’ADN de P. jirovecii de tous les patients venus consulter pour suspicion de pneumopathies infectieuses durant les mois de février et mars 2012. Les données cliniques et les résultats des prélèvements biologiques de routine (délais de 7 jours maximum avec le prélèvement d’ANP) ont été comparés à ces résultats. Re ´sultats.— Parmi les 330 patients inclus (192 patients immunodéprimés dont 19 patients VIH), 16 (4,8 %) ont eu une qPCR positive à P. jirovecii sur ANP. Vingt-sept patients (8,2 %) ont eu en parallèle des prélèvements biologiques de routine (LBA, aspiration bronchique ou crachats induits). Sur les 16 patients avec ANP positives, six patients (37,5 %) ont eu des crachats induits positifs en qPCR de routine dont cinq patients avec un diagnostic de pneumocystose pulmonaire (PCP) retenu. Parmi les 21 patients qui ont eu des prélèvements biologiques de routine et une ANP négative, trois patients ont eu des prélèvements positifs (LBA et aspiration bronchique) en qPCR sans diagnostic clinique de PCP. La PCR quantitative sur ANP a montré des charges fongiques plus faibles que sur les crachats induits, avec une différence moyenne de 3,89 Ct. Conclusion.— Une PCR quantitative positive à P. jirovecii sur aspiration naso-pharyngée est évocatrice de pneumocystose pulmonaire chez les patients atteints de pneumopathies fébriles. Un résultat positif sur ANP justifie un prélèvement des voies respiratoires basses
Objectif.— La détection des antigènes galactomannanes et des anticorps anti-Aspergillus dans le sérum fait partie des critères de définition des différentes formes d’aspergilloses. Après une opération pilote organisée en 2011, un programme d’Évaluation externe de qualité a été mis en place pour ces deux paramètres depuis 2012 par Pro.Bio.Qual, en collaboration avec l’Institut de parasitologie et mycologie médicale de Lyon. Cette évaluation permet de calculer l’incertitude d’une technique selon le guide du COFRAC SH GTA14 sur les méthodologies d’évaluation de l’incertitude de mesure. Un bilan des résultats obtenus sur trois ans est présenté. Me ´thode.— Les laboratoires se sont inscrits aux programmes de détection des antigènes aspergillaires et/ou des anticorps antiaspergillaires. Un total de 15 antigènes et de 10 anticorps ont été testés en neuf « campagnes ». Les réponses quantitatives et qualitatives devaient être saisies suivant un calendrier préétabli, via internet, avec possibilité de commentaire libre (logiciel 4D, calculs selon les normes ISO applicables aux organismes effectuant des contrôles de qualité inter laboratoires. Re´sultats.— Une quarantaine de laboratoires ont participé à ces évaluations. Pour la détection d’antigènes, tous les laboratoires utilisent le kit PlateliaTM Aspergillus Antigène de la société BioRad. Cette évaluation a permis de suivre la mise en route de la nouvelle référence du kit en France depuis 2012, sachant que BioRad considère que les deux références sont homogènes. La cible fixée en 2012 d’un coefficient de variation inférieur à 30 % a été atteinte pour 85,7 % des sérums. Les deux coefficients de variation supérieurs à 30 % sont obtenus pour les sérums d’index les plus faibles (inférieurs à 0,15). Pour la détection des anticorps, le nombre de techniques utilisées par chaque laboratoire varie de une à trois entre Elisa, hémagglutination indirecte et techniques de précipitation (avec ou sans révélation d’activité enzymatique). Le nombre de kits Elisa utilisés a diminué entre 2012 et 2013 passant de six à trois, sachant que ces techniques ne sont pas standardisées entre elles. Des résultats très hétérogènes sont obtenus avec le kit d’hémagglutination selon les laboratoires. Les techniques de précipitation, variées, présentent des résultats plus groupés. Conclusion.— Les laboratoires améliorent leurs rendus de résultats sur le logiciel 4D, le remplissage des réponses étant particulièrement complexe pour la détection des anticorps. Les laboratoires évitent de plus en plus de rendre des valeurs « supérieur à » et « inférieur à ». Des changements de pratique sont observés dans les laboratoires au cours du temps, avec une tendance à l’homogénéisation, pour permettre un meilleur suivi des patients en cas de changement de laboratoires exécutant l’analyse biologique. http://dx.doi.org/10.1016/j.mycmed.2014.01.048