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Analyse du polymorphisme des gènes de Candida albicans impliqués dans la résistance aux azolés et aux échinocandines et description de potentielles nouvelles mutations de résistance aux azolés chez des isolats cliniques
e14
Compte rendu de congrès/Proceeding of congress
veau triazole disponible depuis peu, est proposé comme traitement alternatif pour le traitement des mucormycoses. Peu de données sont actuellement disponibles sur les CMI des mucorales vis-à-vis de l’isavuconazole obtenues par E-test. Objectif Notre travail avait pour objectif de comparer les CMI du posaconazole et de l’isavuconazole par E-test pour des mucorales isolées au CHRU de Besanc ¸on. Méthodes Les souches de Mucorales isolées de cas de mucormycoses prouvées depuis 2012 au CHRU de Besanc ¸on ainsi que celles isolées prospectivement dans les prélèvements de patient et d’environnement ont été testées par E-test pour leur sensibilité vis-à-vis de l’isavuconazole et du posaconazole. La lecture des E-test a été faite après 24 à 48 h par au moins deux personnes. L’identification à l’espèce a été réalisée par microscopie, MALDITOF et séquenc ¸age. Résultats Trente souches ont été testées dont 8 Lichteimia sp. (5 L. corymbifera et 3 L. ramosa), 8 Mucor sp. (dont 2 M. circinelloides), 8 Rhizomucor sp. (dont 5 R. pusillus), 5 Rhizopus sp. (1 R. oryzae et 2 R. microsporus), et 1 Cunninghamella bertholletiae. Les CMI du posaconazole et de l’isavuconazole différaient de plus de 3 dilutions pour seulement 6 souches parmi les 30 testées. Les CMI du posaconazole et de l’isavuconazole étaient ≤ 2 mg/L pour l’ensemble des souches de Lichteimia sp. et de Rhizomucor sp. testées. Les CMI de l’isavuconazole étaient supérieures de 2 à 3 dilutions dans la moitié des cas pour les Lichteimia sp. et supérieures de 3 à 6 dilutions pour la moitié des souches de Rhizomucor sp. Les CMI du posaconazole étaient élevées (4 à 8 mg/L) pour toutes les souches de Rhizopus sp. testées, excepté une (0,094) alors que celles de l’isavuconazole restaient ≤ 2. Les CMI du posaconazole et de l’isavuconazole étaient très élevées (≥ 32) pour 4 souches sur 8 de Mucor sp. Les CMI des 2 azolés testés étaient similaires et ≤ 2 pour la souche de C. bertholettiae testée. Discussion/conclusion Les CMI de l’isavuconazole et du posaconazole étaient similaires pour une majorité de Mucorales. Des différences de sensibilité ont essentiellement été observées pour les souches de Rhizopus sp. testées. Ces résultats sont a confirmer sur un plus grand nombre de souches. Déclaration de liens d’intérêts de liens d’intérêts.
Les auteurs déclarent ne pas avoir
1 Intervenant.
http://dx.doi.org/10.1016/j.mycmed.2017.04.037 24
Primo-infection à Pneumocystis jirovecii et diversité génotypique Thibaud Guillaud-Saumur 1 , Solene Le Gal 1,2,8,∗ , Pierrick Cros 3 , Michèle Virmaux 1 , Sophie Vallet 4,5 , Laurence Pougnet 1 , Anne Totet 6,7 , Loïc De Parscau 3 , Gilles Nevez 1,2 1 Groupe d’étude des interactions hôte-pathogène (GEIHP), université de Bretagne Occidentale [UBO] : EA3142, université de Bretagne-Loire, 22, avenue Camille-Desmoulins, 29238 Brest cedex, France 2 Laboratoire de parasitologie et mycologie, CHU de Brest, boulevard Tanguy-Prigent, 29609 Brest cedex, France 3 Service de pédiatrie et génétique médicale, CHU de Brest, avenue Foch, 29609 Brest cedex, France 4 Laboratoire de virologie, CHU de Brest, boulevard Tanguy-Prigent, 29609 Brest cedex, France 5 Inserm, « génétique, génomique fonctionnelle et biotechnologie », université de Bretagne Occidentale (UBO), université de Bretagne-Loire, France 6 Laboratoire de parasitologie et mycologie, CHU d’Amiens, 80054 Amiens cedex 1, France 7 UMR-I 01, unité mixte de recherche INERIS périnatalité et risques toxiques, université de Picardie Jules-Verne, Amiens, France
∗
Auteur correspondant. Adresse e-mail : [email protected] (S. Le Gal)
La primo-infection à Pneumocystis jirovecii (P. jirovecii) survient avec une incidence élevée chez le nourrisson sans déficit immunitaire pendant les deux premières années de vie. Néanmoins, les données sur les caractéristiques génotypiques de P. jirovecii dans cette population de patients demeurent parcellaires. Dans ce contexte, l’objectif de ce travail a été d’identifier les génotypes multilocus (MLG) de P. jirovecii chez 26 nourrissons immunocompétents développant une primo-infection. Ces génotypes ont été comparés à ceux identifiés de fac ¸on contemporaine chez 10 patients adultes immunodéprimés développant une pneumonie à Pneumocystis (PPC), ces deux populations étant suivies au sein du CHRU de Brest. Des extraits d’ADN de P. jirovecii provenant de ces deux populations ont été amplifiés puis séquencés sur 3 loci, le gène codant pour l’ARN de la grande sous-unité du ribosome de la mitochondrie (mtLSU rRNA), le cytochrome b (CYB) et la superoxyde dismutase (SOD). Les séquences obtenues ont été alignées et comparées aux séquences de référence. Dix-sept MLG différents ont été identifiés ; 9 chez les enfants développant une primo-infection et 8 chez les adultes développant une PPC. Le génotypage multilocus a permis de répartir les patients en deux groupes selon leur âge et la présentation clinique. En effet aucun des MLG identifiés dans un des 2 groupes n’a été identifié dans l’autre groupe. Ces résultats suggèrent que : — les enfants et les adultes sont infectés par des souches de P. jirovecii différentes ; — les cycles d’acquisition et de transmission de P. jirovecii dans ces deux populations pourraient être indépendants. Déclaration de liens d’intérêts de liens d’intérêts.
Les auteurs déclarent ne pas avoir
8 Intervenant.
http://dx.doi.org/10.1016/j.mycmed.2017.04.038 25
Analyse du polymorphisme des gènes de Candida albicans impliqués dans la résistance aux azolés et aux échinocandines et description de potentielles nouvelles mutations de résistance aux azolés chez des isolats cliniques Emilie Sitterlé 1,2,3,5,∗ , Alix Coste 3 , Corinne Maufrais 4 , Natacha Sertour 1 , Dominique Sanglard 3 , Christophe D’enfert 1 , Marie-Elisabeth Bougnoux 1,2 1 Institut Pasteur de Paris (IP), Inra, unité biologie et pathogénicité fongiques, département mycologie, Paris, France 2 Unité de parasitologie-mycologie, service de microbiologie, hôpital Necker—Enfants-Malades, université Paris Descartes, université Paris V — Paris Descartes, AP—HP, Paris, France 3 Institute of Microbiology, University of Lausanne, University Hospital Center, Lausanne, Suisse 4 Institut Pasteur, centre d’informatique pour la biologie, Paris, France ∗ Auteur correspondant. Adresse e-mail : [email protected] (E. Sitterlé) Les azolés et les échinocandines sont les principaux antifongiques utilisés pour le traitement des candidoses invasives. La résistance des isolats cliniques de Candida albicans est une cause majeure d’échec thérapeutique. C. albicans est une levure diploïde qui présente un important polymorphisme génétique. Les mutations ponctuelles dans les gènes impliqués dans la résistance de C. albi-
Compte rendu de congrès/Proceeding of congress cans aux antifongiques, peuvent être soit le simple reflet d’un polymorphisme naturel ou induire une résistance phénotypique. L’objectif de cette étude est de répertorier chez C. albicans les mutations (polymorphisme naturel ou mutations responsables de résistance) dans les gènes impliqués dans la résistance aux azolés et aux échinocandines. Nous avons utilisé les données de séquenc ¸age à haut débit (génome complet) de souches sensibles (n = 151) et résistantes (n = 24) aux échinocandines et/ou aux azolés. Les séquences des gènes impliqués dans la résistance aux azolés (ERG11, TAC1, MRR1 et UPC2) et aux échinocandines (FKS1) ont été analysées et comparées aux séquences de la souche de référence SC5314. Parmi les 151 souches sensibles, 126 substitutions non-synonymes ont été identifiées dans les gènes étudiés, dont 38 dans le gène TAC1, 20 dans ERG11, 15 dans UPC2, 33 dans MRR1 et 20 dans FKS1. Parmi elles, 37 % (14/38), 50 % (10/20), 67 % (10/15) et 73 % (24/33) respectivement, n’avaient jamais été décrites auparavant. Parmi les 24 isolats résistants, obtenus chronologiquement chez 7 patients, 21 présentaient un haut niveau de résistance au fluconazole (CMI > 256 fJg/mL) et 4/21 étaient associes a une résistance aux échinocandines. En plus des polymorphismes naturels mentionnes ci-dessus, 19 mutations non-synonymes ont été identifiées dans les gènes ERG11 (n = 9), TACJ (n = 7), UPC2 (n = 3) et FKSJ (n = 1). Huit mutations ont déjà été décrites dans la littérature comme associées à un phénotype de résistance aux azolés ou aux échinocandines et 11 sont de potentielles nouvelles mutations impliquées dans la résistance aux azolés. Une analyse par mutagenèse dirigée est en cours afin de confirmer l’implication de ces mutations dans la résistance phénotypique de ces isolats. Déclaration de liens d’intérêts de liens d’intérêts.
e15 et atteinte d’une leucémie prolymphocytaire réfractaire à la chimiothérapie, qui décédera rapidement avant tout diagnostic, dans un contexte de décompensation œdémato-ascitique et de lésions cérébrales hypodenses au scanner. N. obscura a été isolé d’une hémoculture et a posteriori détecté par PCR panfongique dans le LCR et l’ascite. Le second cas concerne une patiente vivant au Mali et récemment diagnostiquée séropositive pour le VIH au stade SIDA. Suite à l’apparition de troubles neurologiques, le scanner cérébral révèle la présence d’une importante masse abcédée. Bien que les cultures réalisées sur le LCR restent négatives, la PCR panfongique rapportera la présence de N. obscura, ce qui sera confirmé suite à la réalisation d’une biopsie cérébrale montrant la présence de filaments mycéliens. Les cultures seront positives 48 h plus tard. Les champignons du genre Nannizziopsis comprennent le complexe d’espèces Nannizziopsis vriesii et sont largement connus pour leur rôle dans les infections cutanées chez les reptiles, pouvant conduire à des infections disséminées fatales. Au sein de ce complexe, 3 espèces (N. infrequens, N. hominis et N. obscura) ont été isolées chez l’Homme. Parmi les 6 cas humains rapportés dans la littérature, 3 patients étaient séropositifs pour le VIH et 4 habitaient ou avaient voyagé en Afrique. Outre l’extrême rareté des cas d’infection à N. obscura, ces cas soulignent l’importance de la biologie moléculaire dans le diagnostic mycologique. Déclaration de liens d’intérêts de liens d’intérêts.
Les auteurs déclarent ne pas avoir
7 Intervenant.
http://dx.doi.org/10.1016/j.mycmed.2017.04.040
Les auteurs déclarent ne pas avoir
5 Intervenant.
Communications libres
http://dx.doi.org/10.1016/j.mycmed.2017.04.039 26
27
Infections invasives à Nannizziopsis obscura : à propos de 2 cas survenus au CHU de Clermont-Ferrand
Implémentation des prélèvements de mycologie sur une chaîne automatisée permettant l’ensemencement, l’incubation et la lecture des cultures : l’expérience grenobloise
Céline Nourrisson 1,2,7,∗ , Magali Vidal-Roux 3 , Sophie Cayot 4 , Christine Jacomet 3 , Charlotte Bothorel 5 , Albane Ledoux-Pilon 5 , Fanny Anthony-Moumouni 6 , Olivier Lesens 2,3 , Philippe Poirier 2,6 1 Laboratoire de parasitologie-mycologie, centre de biologie, CHU de Clermont-Ferrand, 58, rue Montalembert, 63000 Clermont-Ferrand, France 2 Laboratoire microorganismes : génome et environnement, CNRS : UMR6023, université Clermont Auvergne, France 3 Service de maladies infectieuses et tropicales, CHU de Clermont-Ferrand, France 4 Service d’anesthésie-réanimation, CHU de Clermont-Ferrand, France 5 Service d’anatomie et de cytologie pathologiques, CHU de Clermont-Ferrand, France 6 Laboratoire de parasitologie-mycologie, CHU de Clermont-Ferrand, France ∗ Auteur correspondant. Adresse e-mail : c [email protected] (C. Nourrisson) Les infections impliquant de nouveaux pathogènes fongiques semblent en augmentation ces dernières années. L’émergence de ces nouvelles espèces pourrait être expliquée par les immunodépressions de plus en plus profondes, mais également par l’utilisation d’outils diagnostiques de plus en plus performants. Nous rapportons ici 2 cas d’infection invasive impliquant Nannizziopsis obscura survenus dans un contexte de lymphopénie. Notre premier cas concerne une femme séjournant régulièrement au Sénégal
Danièle Maubon 1,5,∗ , Thomas Girard 2 , Sandrine Boisset 2 , Mélody Rey 1 , Laurène Jullien 1 , Toufik Ariba 3 , Jean-Franc ¸ois Rey 3 , Sylvie Glaizal 1 , Sophie Dubouch Sophie 2 , Max Maurin 2 , Muriel Cornet 1 , Groupe de travail automatisation de la microbiologie au département des agents infectieux46 1 Laboratoire de parasitologie-mycologie, CHU Grenoble-Alpes, France 2 Laboratoire de bactériologie-hygiène hospitalière, CHU Grenoble-Alpes, France 3 Cellule informatique des laboratoires (CILAB), CHU Grenoble-Alpes, France 4 Groupe de travail automatisation de la microbiologie au département des agents infectieux, CHU Grenoble-Alpes, France ∗ Auteur correspondant. Adresse e-mail : [email protected] (D. Maubon) À l’heure de l’optimisation maximale des flux de travail, et des exigences de trac ¸abilité et de performances analytiques requises pour l’accréditation, l’automatisation et l’informatisation des modes opératoires d’un laboratoire sont inéluctables. L’automatisation de l’ensemencement et de la culture des prélèvements pour mise en évidence de bactéries ou de champignons représentent un défi technologique, du fait de la diversité des prélèvements et de la multitude des protocoles. Aujourd’hui plusieurs industriels ont relevé ce défi, et beaucoup de laboratoires, aussi bien publics que pri-
Compte rendu de congrès/Proceeding of congress
veau triazole disponible depuis peu, est proposé comme traitement alternatif pour le traitement des mucormycoses. Peu de données sont actuellement disponibles sur les CMI des mucorales vis-à-vis de l’isavuconazole obtenues par E-test. Objectif Notre travail avait pour objectif de comparer les CMI du posaconazole et de l’isavuconazole par E-test pour des mucorales isolées au CHRU de Besanc ¸on. Méthodes Les souches de Mucorales isolées de cas de mucormycoses prouvées depuis 2012 au CHRU de Besanc ¸on ainsi que celles isolées prospectivement dans les prélèvements de patient et d’environnement ont été testées par E-test pour leur sensibilité vis-à-vis de l’isavuconazole et du posaconazole. La lecture des E-test a été faite après 24 à 48 h par au moins deux personnes. L’identification à l’espèce a été réalisée par microscopie, MALDITOF et séquenc ¸age. Résultats Trente souches ont été testées dont 8 Lichteimia sp. (5 L. corymbifera et 3 L. ramosa), 8 Mucor sp. (dont 2 M. circinelloides), 8 Rhizomucor sp. (dont 5 R. pusillus), 5 Rhizopus sp. (1 R. oryzae et 2 R. microsporus), et 1 Cunninghamella bertholletiae. Les CMI du posaconazole et de l’isavuconazole différaient de plus de 3 dilutions pour seulement 6 souches parmi les 30 testées. Les CMI du posaconazole et de l’isavuconazole étaient ≤ 2 mg/L pour l’ensemble des souches de Lichteimia sp. et de Rhizomucor sp. testées. Les CMI de l’isavuconazole étaient supérieures de 2 à 3 dilutions dans la moitié des cas pour les Lichteimia sp. et supérieures de 3 à 6 dilutions pour la moitié des souches de Rhizomucor sp. Les CMI du posaconazole étaient élevées (4 à 8 mg/L) pour toutes les souches de Rhizopus sp. testées, excepté une (0,094) alors que celles de l’isavuconazole restaient ≤ 2. Les CMI du posaconazole et de l’isavuconazole étaient très élevées (≥ 32) pour 4 souches sur 8 de Mucor sp. Les CMI des 2 azolés testés étaient similaires et ≤ 2 pour la souche de C. bertholettiae testée. Discussion/conclusion Les CMI de l’isavuconazole et du posaconazole étaient similaires pour une majorité de Mucorales. Des différences de sensibilité ont essentiellement été observées pour les souches de Rhizopus sp. testées. Ces résultats sont a confirmer sur un plus grand nombre de souches. Déclaration de liens d’intérêts de liens d’intérêts.
Les auteurs déclarent ne pas avoir
1 Intervenant.
http://dx.doi.org/10.1016/j.mycmed.2017.04.037 24
Primo-infection à Pneumocystis jirovecii et diversité génotypique Thibaud Guillaud-Saumur 1 , Solene Le Gal 1,2,8,∗ , Pierrick Cros 3 , Michèle Virmaux 1 , Sophie Vallet 4,5 , Laurence Pougnet 1 , Anne Totet 6,7 , Loïc De Parscau 3 , Gilles Nevez 1,2 1 Groupe d’étude des interactions hôte-pathogène (GEIHP), université de Bretagne Occidentale [UBO] : EA3142, université de Bretagne-Loire, 22, avenue Camille-Desmoulins, 29238 Brest cedex, France 2 Laboratoire de parasitologie et mycologie, CHU de Brest, boulevard Tanguy-Prigent, 29609 Brest cedex, France 3 Service de pédiatrie et génétique médicale, CHU de Brest, avenue Foch, 29609 Brest cedex, France 4 Laboratoire de virologie, CHU de Brest, boulevard Tanguy-Prigent, 29609 Brest cedex, France 5 Inserm, « génétique, génomique fonctionnelle et biotechnologie », université de Bretagne Occidentale (UBO), université de Bretagne-Loire, France 6 Laboratoire de parasitologie et mycologie, CHU d’Amiens, 80054 Amiens cedex 1, France 7 UMR-I 01, unité mixte de recherche INERIS périnatalité et risques toxiques, université de Picardie Jules-Verne, Amiens, France
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Auteur correspondant. Adresse e-mail : [email protected] (S. Le Gal)
La primo-infection à Pneumocystis jirovecii (P. jirovecii) survient avec une incidence élevée chez le nourrisson sans déficit immunitaire pendant les deux premières années de vie. Néanmoins, les données sur les caractéristiques génotypiques de P. jirovecii dans cette population de patients demeurent parcellaires. Dans ce contexte, l’objectif de ce travail a été d’identifier les génotypes multilocus (MLG) de P. jirovecii chez 26 nourrissons immunocompétents développant une primo-infection. Ces génotypes ont été comparés à ceux identifiés de fac ¸on contemporaine chez 10 patients adultes immunodéprimés développant une pneumonie à Pneumocystis (PPC), ces deux populations étant suivies au sein du CHRU de Brest. Des extraits d’ADN de P. jirovecii provenant de ces deux populations ont été amplifiés puis séquencés sur 3 loci, le gène codant pour l’ARN de la grande sous-unité du ribosome de la mitochondrie (mtLSU rRNA), le cytochrome b (CYB) et la superoxyde dismutase (SOD). Les séquences obtenues ont été alignées et comparées aux séquences de référence. Dix-sept MLG différents ont été identifiés ; 9 chez les enfants développant une primo-infection et 8 chez les adultes développant une PPC. Le génotypage multilocus a permis de répartir les patients en deux groupes selon leur âge et la présentation clinique. En effet aucun des MLG identifiés dans un des 2 groupes n’a été identifié dans l’autre groupe. Ces résultats suggèrent que : — les enfants et les adultes sont infectés par des souches de P. jirovecii différentes ; — les cycles d’acquisition et de transmission de P. jirovecii dans ces deux populations pourraient être indépendants. Déclaration de liens d’intérêts de liens d’intérêts.
Les auteurs déclarent ne pas avoir
8 Intervenant.
http://dx.doi.org/10.1016/j.mycmed.2017.04.038 25
Analyse du polymorphisme des gènes de Candida albicans impliqués dans la résistance aux azolés et aux échinocandines et description de potentielles nouvelles mutations de résistance aux azolés chez des isolats cliniques Emilie Sitterlé 1,2,3,5,∗ , Alix Coste 3 , Corinne Maufrais 4 , Natacha Sertour 1 , Dominique Sanglard 3 , Christophe D’enfert 1 , Marie-Elisabeth Bougnoux 1,2 1 Institut Pasteur de Paris (IP), Inra, unité biologie et pathogénicité fongiques, département mycologie, Paris, France 2 Unité de parasitologie-mycologie, service de microbiologie, hôpital Necker—Enfants-Malades, université Paris Descartes, université Paris V — Paris Descartes, AP—HP, Paris, France 3 Institute of Microbiology, University of Lausanne, University Hospital Center, Lausanne, Suisse 4 Institut Pasteur, centre d’informatique pour la biologie, Paris, France ∗ Auteur correspondant. Adresse e-mail : [email protected] (E. Sitterlé) Les azolés et les échinocandines sont les principaux antifongiques utilisés pour le traitement des candidoses invasives. La résistance des isolats cliniques de Candida albicans est une cause majeure d’échec thérapeutique. C. albicans est une levure diploïde qui présente un important polymorphisme génétique. Les mutations ponctuelles dans les gènes impliqués dans la résistance de C. albi-
Compte rendu de congrès/Proceeding of congress cans aux antifongiques, peuvent être soit le simple reflet d’un polymorphisme naturel ou induire une résistance phénotypique. L’objectif de cette étude est de répertorier chez C. albicans les mutations (polymorphisme naturel ou mutations responsables de résistance) dans les gènes impliqués dans la résistance aux azolés et aux échinocandines. Nous avons utilisé les données de séquenc ¸age à haut débit (génome complet) de souches sensibles (n = 151) et résistantes (n = 24) aux échinocandines et/ou aux azolés. Les séquences des gènes impliqués dans la résistance aux azolés (ERG11, TAC1, MRR1 et UPC2) et aux échinocandines (FKS1) ont été analysées et comparées aux séquences de la souche de référence SC5314. Parmi les 151 souches sensibles, 126 substitutions non-synonymes ont été identifiées dans les gènes étudiés, dont 38 dans le gène TAC1, 20 dans ERG11, 15 dans UPC2, 33 dans MRR1 et 20 dans FKS1. Parmi elles, 37 % (14/38), 50 % (10/20), 67 % (10/15) et 73 % (24/33) respectivement, n’avaient jamais été décrites auparavant. Parmi les 24 isolats résistants, obtenus chronologiquement chez 7 patients, 21 présentaient un haut niveau de résistance au fluconazole (CMI > 256 fJg/mL) et 4/21 étaient associes a une résistance aux échinocandines. En plus des polymorphismes naturels mentionnes ci-dessus, 19 mutations non-synonymes ont été identifiées dans les gènes ERG11 (n = 9), TACJ (n = 7), UPC2 (n = 3) et FKSJ (n = 1). Huit mutations ont déjà été décrites dans la littérature comme associées à un phénotype de résistance aux azolés ou aux échinocandines et 11 sont de potentielles nouvelles mutations impliquées dans la résistance aux azolés. Une analyse par mutagenèse dirigée est en cours afin de confirmer l’implication de ces mutations dans la résistance phénotypique de ces isolats. Déclaration de liens d’intérêts de liens d’intérêts.
e15 et atteinte d’une leucémie prolymphocytaire réfractaire à la chimiothérapie, qui décédera rapidement avant tout diagnostic, dans un contexte de décompensation œdémato-ascitique et de lésions cérébrales hypodenses au scanner. N. obscura a été isolé d’une hémoculture et a posteriori détecté par PCR panfongique dans le LCR et l’ascite. Le second cas concerne une patiente vivant au Mali et récemment diagnostiquée séropositive pour le VIH au stade SIDA. Suite à l’apparition de troubles neurologiques, le scanner cérébral révèle la présence d’une importante masse abcédée. Bien que les cultures réalisées sur le LCR restent négatives, la PCR panfongique rapportera la présence de N. obscura, ce qui sera confirmé suite à la réalisation d’une biopsie cérébrale montrant la présence de filaments mycéliens. Les cultures seront positives 48 h plus tard. Les champignons du genre Nannizziopsis comprennent le complexe d’espèces Nannizziopsis vriesii et sont largement connus pour leur rôle dans les infections cutanées chez les reptiles, pouvant conduire à des infections disséminées fatales. Au sein de ce complexe, 3 espèces (N. infrequens, N. hominis et N. obscura) ont été isolées chez l’Homme. Parmi les 6 cas humains rapportés dans la littérature, 3 patients étaient séropositifs pour le VIH et 4 habitaient ou avaient voyagé en Afrique. Outre l’extrême rareté des cas d’infection à N. obscura, ces cas soulignent l’importance de la biologie moléculaire dans le diagnostic mycologique. Déclaration de liens d’intérêts de liens d’intérêts.
Les auteurs déclarent ne pas avoir
7 Intervenant.
http://dx.doi.org/10.1016/j.mycmed.2017.04.040
Les auteurs déclarent ne pas avoir
5 Intervenant.
Communications libres
http://dx.doi.org/10.1016/j.mycmed.2017.04.039 26
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Infections invasives à Nannizziopsis obscura : à propos de 2 cas survenus au CHU de Clermont-Ferrand
Implémentation des prélèvements de mycologie sur une chaîne automatisée permettant l’ensemencement, l’incubation et la lecture des cultures : l’expérience grenobloise
Céline Nourrisson 1,2,7,∗ , Magali Vidal-Roux 3 , Sophie Cayot 4 , Christine Jacomet 3 , Charlotte Bothorel 5 , Albane Ledoux-Pilon 5 , Fanny Anthony-Moumouni 6 , Olivier Lesens 2,3 , Philippe Poirier 2,6 1 Laboratoire de parasitologie-mycologie, centre de biologie, CHU de Clermont-Ferrand, 58, rue Montalembert, 63000 Clermont-Ferrand, France 2 Laboratoire microorganismes : génome et environnement, CNRS : UMR6023, université Clermont Auvergne, France 3 Service de maladies infectieuses et tropicales, CHU de Clermont-Ferrand, France 4 Service d’anesthésie-réanimation, CHU de Clermont-Ferrand, France 5 Service d’anatomie et de cytologie pathologiques, CHU de Clermont-Ferrand, France 6 Laboratoire de parasitologie-mycologie, CHU de Clermont-Ferrand, France ∗ Auteur correspondant. Adresse e-mail : c [email protected] (C. Nourrisson) Les infections impliquant de nouveaux pathogènes fongiques semblent en augmentation ces dernières années. L’émergence de ces nouvelles espèces pourrait être expliquée par les immunodépressions de plus en plus profondes, mais également par l’utilisation d’outils diagnostiques de plus en plus performants. Nous rapportons ici 2 cas d’infection invasive impliquant Nannizziopsis obscura survenus dans un contexte de lymphopénie. Notre premier cas concerne une femme séjournant régulièrement au Sénégal
Danièle Maubon 1,5,∗ , Thomas Girard 2 , Sandrine Boisset 2 , Mélody Rey 1 , Laurène Jullien 1 , Toufik Ariba 3 , Jean-Franc ¸ois Rey 3 , Sylvie Glaizal 1 , Sophie Dubouch Sophie 2 , Max Maurin 2 , Muriel Cornet 1 , Groupe de travail automatisation de la microbiologie au département des agents infectieux46 1 Laboratoire de parasitologie-mycologie, CHU Grenoble-Alpes, France 2 Laboratoire de bactériologie-hygiène hospitalière, CHU Grenoble-Alpes, France 3 Cellule informatique des laboratoires (CILAB), CHU Grenoble-Alpes, France 4 Groupe de travail automatisation de la microbiologie au département des agents infectieux, CHU Grenoble-Alpes, France ∗ Auteur correspondant. Adresse e-mail : [email protected] (D. Maubon) À l’heure de l’optimisation maximale des flux de travail, et des exigences de trac ¸abilité et de performances analytiques requises pour l’accréditation, l’automatisation et l’informatisation des modes opératoires d’un laboratoire sont inéluctables. L’automatisation de l’ensemencement et de la culture des prélèvements pour mise en évidence de bactéries ou de champignons représentent un défi technologique, du fait de la diversité des prélèvements et de la multitude des protocoles. Aujourd’hui plusieurs industriels ont relevé ce défi, et beaucoup de laboratoires, aussi bien publics que pri-