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Étude des topologically associated domains (TADs) en diagnostic : retour d’expérience du CHU de Bordeaux
Communications orales
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Service d’histologie, embryologie, biologie de la reproduction, cytogénétique et génétique médicale, CHI de Poissy, Poissy, France k Service de cytogénétique, génétique médicale et biologie de la reproduction, CHU de Limoges, Limoges, France ∗ Auteur correspondant. Adresse e-mail : [email protected] (L. Gouas) Introduction/Objectifs Les tests « ADN libre circulant » de dépistage de la trisomie 21, développés depuis 2008, sont fondés sur la recherche d’une surreprésentation de séquences du chromosome 21 d’origine fœtale au sein de l’ADN libre circulant (ADNlc) dans ® le plasma maternel. Le test Clarigo (Multiplicom-Agilent) est une approche ciblée reposant sur le séquenc ¸age massif parallèle d’au moins 4000 amplicons issus des chromosomes 13, 18, 21 et X. Chaque amplicon contient un SNP permettant d’estimer la fraction fœtale de l’ADNlc. Matériels/Patients et méthodes Il bénéficie du marquage CE-IVD pour toutes les étapes comprises depuis le prélèvement sur tube ® Cell-Free DNA BCT jusqu’à l’analyse des résultats. Le risque de trisomie est évalué à partir de l’analyse des données bioinformatiques avec le logiciel Clarigo ReporterTM accessible par internet à partir d’un cloud privé et sécurisé. Lancé sur le marché en octobre 2015, il est actuellement utilisé par neuf centres franc ¸ais (Amiens, Clermont-Ferrand, Dijon, Limoges, Montpellier, Poissy, Reims, Rouen et Tours). Résultats D’autres centres, dont Besanc ¸on, sont en cours d’implémentation. Les différents centres utilisateurs se sont regroupés au sein d’un consortium national animé par le Prof. Philippe Vago. Les membres du consortium se réunissent deux fois par an (juin/décembre) lors d’un séminaire, en présence des représentants de Multiplicom-Agilent. Lors de ces séminaires, divers aspects du test, comme le retour d’expérience des utilisateurs et les difficultés rencontrées, la démarche qualité (validation/vérification de méthode, programme externe de qualité), les évolutions techniques (automatisation) et la prise en charge du test (aspects réglementaires/facturation) sont abordés. Conclusions Les discussions relatives à l’accréditation, et plus généralement la démarche qualité, bénéficient de l’expérience d’un des membres du consortium, expert COFRAC. Ces rencontres sont le lieu d’échanges entre utilisateurs, mais également avec le fournisseur du kit, dans l’objectif de répondre au mieux aux besoins de chaque centre. Mots clés Test ADN libre circulant ; Trisomie 21 ; Consortium ® national ; Test Clarigo Déclaration de liens d’intérêts de liens d’intérêts.
Les auteurs déclarent ne pas avoir
https://doi.org/10.1016/j.morpho.2018.07.124 CO-CHEC 03
Étude des topologically associated domains (TADs) en diagnostic : retour d’expérience du CHU de Bordeaux Aurélien Trimouille a,b,∗ , Angèle Tingaud-Sequeira b , Perrine Pennamen a,b , Gwenaelle Andre c , Julie Bouron a , Patricia Fergelot a , Didier Lacombe a,b , Benoit Arveiler a,b , Caroline Rooryck-Thambo a,b a Génétique médicale, CHU de Bordeaux, Bordeaux, France b U1211, Inserm, Bordeaux, France c Pathologie, CHU de Bordeaux, Bordeaux, France ∗ Auteur correspondant. Adresse e-mail : [email protected] (A. Trimouille) Introduction/Objectifs L’étude de l’architecture tridimensionnelle de la chromatine par la technologie de Hi-C, dérivée de la Chromosome Conformation Capture (3C), a mis en lumière
l’existence de domaines chromatiniens dénommés topologically associated domains (TADs) [1]. L’altération de l’organisation des TADs, et les interactions ectopiques entre séquences régulatrices et gènes en résultant peuvent être à l’origine de différentes anomalies du développement [2]. Matériels/Patients et méthodes La technique d’Analyse Chromosomique sur Puce à ADN (ACPA), utilisée en routine dans le diagnostic des anomalies du développement, se heurte à des difficultés d’interprétation. Cependant, l’effet des variations du nombre de copies (CNV) détectées par ACPA sur les TADs n’est que récemment pris en compte dans cette interprétation. Durant cette étude, nous avons ré-analysé 735 CNVs détectés par ACPA et initialement considérés comme probablement bénins ou de signification inconnue, afin de déterminer si ceux-ci peuvent altérer l’organisation des TADs. Résultats Cette étude nous a permis de mettre en évidence une possible altération de TAD chez 7 patients. Un de ces cas concerne notamment un fœtus présentant une association malformative complexe, et porteur d’une délétion au locus du gène IHH. Le modèle de l’architecture chromatinienne à ce locus [3] permet de prédire une interaction ectopique entre IHH et les enhancers situés dans le TAD du gène EPHA4, induite par cette délétion. Le rendement de la ré-analyse de notre cohorte (7/735) met en lumière le fait que la perturbation de TADs par un CNV est probablement un mécanisme physiopathologique rare. Conclusions L’étude des TADs dans le cadre du diagnostic apparaît donc aujourd’hui comme possible, notamment pour les locus dont l’architecture est désormais caractérisée. Cependant, notre expérience montre que celle-ci est complexe, et nécessiterait une confirmation par des techniques in vitro telles que celles dérivées de la 3C. Mots clés ACPA ; Architecture chromatinienne ; Topologically associated domain ; IHH Déclaration de liens d’intérêts Les auteurs déclarent ne pas avoir de liens d’intérêts. Références [1] Dixon JR, Selvaraj S, Yue F, Kim A, Li Y, Shen Y, et al. Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions. Nature 2012;485(7398):376—80. [2] Lupiᘠnez DG, Spielmann M, Mundlos S. Breaking TADs: how alterations of chromatin domains result in disease. Trends Genet 2016;32(4):225—37. [3] Lupiᘠnez DG, Kraft K, Heinrich V, Krawitz P, Brancati F, Klopocki E. Disruptions of topological chromatin domains cause pathogenic rewiring of gene—enhancer interactions. Cell 2015;161(5):1012—25. https://doi.org/10.1016/j.morpho.2018.07.125 CO-CHEC 04
À propos d’un mécanisme rare d’aniridie, la délétion d’un élément régulateur du gène PAX6 identifiée par CGH-array Kévin Cassinari a,∗ , Géraldine Joly-Hélas a , Laetitia Trestard b , Brigitte Leduc c , Bertrand Macé a , Thierry Frébourg d , Pascal Chambon a a Laboratoire de cytogénétique, département de génétique, CHU de Rouen, Rouen, France b Service de pédiatrie, centre hospitalier du Belvédère, Mont-Saint-Aignan, France c Service d’ophtalmologie, CHU de Rouen, Rouen, France d Département de génétique, CHU de Rouen, Rouen, France ∗ Auteur correspondant. Adresse e-mail : [email protected] (K. Cassinari)
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Service d’histologie, embryologie, biologie de la reproduction, cytogénétique et génétique médicale, CHI de Poissy, Poissy, France k Service de cytogénétique, génétique médicale et biologie de la reproduction, CHU de Limoges, Limoges, France ∗ Auteur correspondant. Adresse e-mail : [email protected] (L. Gouas) Introduction/Objectifs Les tests « ADN libre circulant » de dépistage de la trisomie 21, développés depuis 2008, sont fondés sur la recherche d’une surreprésentation de séquences du chromosome 21 d’origine fœtale au sein de l’ADN libre circulant (ADNlc) dans ® le plasma maternel. Le test Clarigo (Multiplicom-Agilent) est une approche ciblée reposant sur le séquenc ¸age massif parallèle d’au moins 4000 amplicons issus des chromosomes 13, 18, 21 et X. Chaque amplicon contient un SNP permettant d’estimer la fraction fœtale de l’ADNlc. Matériels/Patients et méthodes Il bénéficie du marquage CE-IVD pour toutes les étapes comprises depuis le prélèvement sur tube ® Cell-Free DNA BCT jusqu’à l’analyse des résultats. Le risque de trisomie est évalué à partir de l’analyse des données bioinformatiques avec le logiciel Clarigo ReporterTM accessible par internet à partir d’un cloud privé et sécurisé. Lancé sur le marché en octobre 2015, il est actuellement utilisé par neuf centres franc ¸ais (Amiens, Clermont-Ferrand, Dijon, Limoges, Montpellier, Poissy, Reims, Rouen et Tours). Résultats D’autres centres, dont Besanc ¸on, sont en cours d’implémentation. Les différents centres utilisateurs se sont regroupés au sein d’un consortium national animé par le Prof. Philippe Vago. Les membres du consortium se réunissent deux fois par an (juin/décembre) lors d’un séminaire, en présence des représentants de Multiplicom-Agilent. Lors de ces séminaires, divers aspects du test, comme le retour d’expérience des utilisateurs et les difficultés rencontrées, la démarche qualité (validation/vérification de méthode, programme externe de qualité), les évolutions techniques (automatisation) et la prise en charge du test (aspects réglementaires/facturation) sont abordés. Conclusions Les discussions relatives à l’accréditation, et plus généralement la démarche qualité, bénéficient de l’expérience d’un des membres du consortium, expert COFRAC. Ces rencontres sont le lieu d’échanges entre utilisateurs, mais également avec le fournisseur du kit, dans l’objectif de répondre au mieux aux besoins de chaque centre. Mots clés Test ADN libre circulant ; Trisomie 21 ; Consortium ® national ; Test Clarigo Déclaration de liens d’intérêts de liens d’intérêts.
Les auteurs déclarent ne pas avoir
https://doi.org/10.1016/j.morpho.2018.07.124 CO-CHEC 03
Étude des topologically associated domains (TADs) en diagnostic : retour d’expérience du CHU de Bordeaux Aurélien Trimouille a,b,∗ , Angèle Tingaud-Sequeira b , Perrine Pennamen a,b , Gwenaelle Andre c , Julie Bouron a , Patricia Fergelot a , Didier Lacombe a,b , Benoit Arveiler a,b , Caroline Rooryck-Thambo a,b a Génétique médicale, CHU de Bordeaux, Bordeaux, France b U1211, Inserm, Bordeaux, France c Pathologie, CHU de Bordeaux, Bordeaux, France ∗ Auteur correspondant. Adresse e-mail : [email protected] (A. Trimouille) Introduction/Objectifs L’étude de l’architecture tridimensionnelle de la chromatine par la technologie de Hi-C, dérivée de la Chromosome Conformation Capture (3C), a mis en lumière
l’existence de domaines chromatiniens dénommés topologically associated domains (TADs) [1]. L’altération de l’organisation des TADs, et les interactions ectopiques entre séquences régulatrices et gènes en résultant peuvent être à l’origine de différentes anomalies du développement [2]. Matériels/Patients et méthodes La technique d’Analyse Chromosomique sur Puce à ADN (ACPA), utilisée en routine dans le diagnostic des anomalies du développement, se heurte à des difficultés d’interprétation. Cependant, l’effet des variations du nombre de copies (CNV) détectées par ACPA sur les TADs n’est que récemment pris en compte dans cette interprétation. Durant cette étude, nous avons ré-analysé 735 CNVs détectés par ACPA et initialement considérés comme probablement bénins ou de signification inconnue, afin de déterminer si ceux-ci peuvent altérer l’organisation des TADs. Résultats Cette étude nous a permis de mettre en évidence une possible altération de TAD chez 7 patients. Un de ces cas concerne notamment un fœtus présentant une association malformative complexe, et porteur d’une délétion au locus du gène IHH. Le modèle de l’architecture chromatinienne à ce locus [3] permet de prédire une interaction ectopique entre IHH et les enhancers situés dans le TAD du gène EPHA4, induite par cette délétion. Le rendement de la ré-analyse de notre cohorte (7/735) met en lumière le fait que la perturbation de TADs par un CNV est probablement un mécanisme physiopathologique rare. Conclusions L’étude des TADs dans le cadre du diagnostic apparaît donc aujourd’hui comme possible, notamment pour les locus dont l’architecture est désormais caractérisée. Cependant, notre expérience montre que celle-ci est complexe, et nécessiterait une confirmation par des techniques in vitro telles que celles dérivées de la 3C. Mots clés ACPA ; Architecture chromatinienne ; Topologically associated domain ; IHH Déclaration de liens d’intérêts Les auteurs déclarent ne pas avoir de liens d’intérêts. Références [1] Dixon JR, Selvaraj S, Yue F, Kim A, Li Y, Shen Y, et al. Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions. Nature 2012;485(7398):376—80. [2] Lupiᘠnez DG, Spielmann M, Mundlos S. Breaking TADs: how alterations of chromatin domains result in disease. Trends Genet 2016;32(4):225—37. [3] Lupiᘠnez DG, Kraft K, Heinrich V, Krawitz P, Brancati F, Klopocki E. Disruptions of topological chromatin domains cause pathogenic rewiring of gene—enhancer interactions. Cell 2015;161(5):1012—25. https://doi.org/10.1016/j.morpho.2018.07.125 CO-CHEC 04
À propos d’un mécanisme rare d’aniridie, la délétion d’un élément régulateur du gène PAX6 identifiée par CGH-array Kévin Cassinari a,∗ , Géraldine Joly-Hélas a , Laetitia Trestard b , Brigitte Leduc c , Bertrand Macé a , Thierry Frébourg d , Pascal Chambon a a Laboratoire de cytogénétique, département de génétique, CHU de Rouen, Rouen, France b Service de pédiatrie, centre hospitalier du Belvédère, Mont-Saint-Aignan, France c Service d’ophtalmologie, CHU de Rouen, Rouen, France d Département de génétique, CHU de Rouen, Rouen, France ∗ Auteur correspondant. Adresse e-mail : [email protected] (K. Cassinari)