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Détection de Calicivirus chez l'enfant de moins de cinq ans dans un quartier précaire à Abidjan
Médecine et maladies infectieuses 34 (2004) 566–567 http://france.elsevier.com/direct/MEDMAL/
Lettre à la rédaction Détection de Calicivirus chez l’enfant de moins de cinq ans dans un quartier précaire à Abidjan Screening for Calicivirus in children under five years of age, in an Abidjan low-income district Mots clés : Calicivirus ; Enfants Keywords: Calicivirus; Children
1. Introduction Les gastro-entérites chez l’enfant constituent un problème de santé publique, du fait de la morbidité et de la mortalité élevées. Les étiologies des diarrhées infantiles sont dominées par les virus tels que les Rotavirus et les Calicivirus [1]. Le manque d’hygiène, les conditions de vie précaires, la surpopulation exposent les populations aux maladies du péril fécal. Très peu d’études ont été menées sur les virus des gastro-entérites en Afrique, et en particulier en Côted’Ivoire. Parmi les virus responsables de gastro-entérites, il est difficile de différencier les espèces en cause sur des arguments cliniques. Devant les insuffisances des méthodes de diagnostic biologiques conventionnelles, l’utilisation des méthodes moléculaires sont d’un apport considérable. L’objectif de notre étude était de détecter la présence des Calicivirus, virus non cultivable et deuxième cause de gastroentérites virales par RT-PCR chez des enfants de moins de cinq ans apparemment sains en habitat précaire.
2. Matériel et méthodes L’étude a porté sur 210 selles, provenant d’enfants de 0 à 5 ans apparemment sains recrutés dans un quartier précaire de la commune d’Attiécoubé « Boribana » à Abidjan. Des prélèvements d’eau de l’environnement immédiat de ces enfants ont été également effectués. La détection de Calicivirus dans les selles et dans l’eau a été réalisée par la technique de la RT-PCR. La concentration des particules virales des échantillons a été suivi par l’extraction de l’ARN par la méthode au phénol–chloroforme. La réaction de transcription inverse a été réalisée à l’aide de l’amorce reverse NVP 110 : 5’-ACD ATY TCA TCA TCA CCA TA-3 suivi d’une réaction d’amplification par PCR en utilisant en plus l’amorce sens NP 36 : 5’-ATA AAA GTT GGC ATG AAC A-3’. Ces amorces permettent d’amplifier
un fragment 397 pb spécifique du gène codant pour l’ARN polymérase ARN-dependant des Calicivirus [2]. La révélation des produits d’amplification s’est faite par électrophorèse en gel d’agarose à 1,5 %.
3. Résultats La répartition des enfants recrutés selon le sexe a donné un sex-ratio de 1,2. Les enfants de moins de trois ans représentaient 55,7 % contre 44,3 % chez ceux de trois à cinq ans. Les fragments attendus ont été détectés dans deux échantillons de selles, ce qui a donné un taux de portage de 0,95 %. Les deux échantillons positifs appartenaient à des enfants de moins de trois ans et du genre masculin. Aucune amplification n’a pu être obtenue avec les 150 échantillons d’eau analysés.
4. Discussion Les prévalences, du virus de Norwalk dans les gastroentérites aiguës, rapportées par plusieurs auteurs, étaient faibles. Ainsi, au Kenya, en 1998 Nakata et al. ont rapporté un taux de 0,08 % soit 1 cas sur 1186 échantillons de selles [3]. En Afrique du Sud, et au Japon, de faibles prévalences (0,62 %) ont été également rapportées [4,5]. Bien que notre étude ait été effectuée chez des enfants apparemment sains, dans une zone de mauvaises conditions d’hygiène, elle a donné également un taux faible de 0,95 % en conformité avec les autres auteurs. Nos résultats ont permis de révéler pour la première fois la circulation des Calicivirus en Côte-d’Ivoire. Ce portage chez les enfants apparemment sains, confirme une infection asymptomatique par le virus. Dans tous les cas, la présence de Calicivirus dans les selles constitue un facteur de risque non négligeable. L’absence de Calicivirus dans les échantillons d’eau pourrait être lié à la nature de l’échantillon. La recherche de Calicivirus dans les fruits de mer pourrait donner de meilleurs résultats compte tenu du fait de leur grande activité de filtration de l’eau et de la concentration des virus dans certains organes [2].
5. Conclusion Il ressort de notre travail que les Calicivirus circulent en Côte-d’Ivoire. Une étude ultérieure sur la recherche des Calicivirus et des autres virus chez des enfants présentant une gastro-entérite à différentes saisons permettra de détecter des
Lettre à la rédaction / Médecine et maladies infectieuses 34 (2004) 566–567
épidémies. Dans le but de maîtriser le risque du péril fécal, une surveillance microbiologique dans les selles et dans l’environnement s’impose dans nos pays en développement.
Références [1] [2] [3]
[4]
[5]
Wilhelmi I, Roman E, Sanchez-Fauquier A. Viruses causing gastroenteritis. Clin Microbiol Infect 2003;9:247–62. Le Guyader F. Evaluation of a degerate primer for the PCR detection of human Calicivirus. Arch Virol 1996;141:2225–8. Nakata S, Honma S, Numata K. Prevalence of HuCV infections in Kenya by Enzyme Immuno Assays for three genogroups of the virus. Clin Microbiol 1998;36:3160–3. Numata S, Nakata S, Jiang X. Epidemiological study of NV infections in Japon and South east Asia by Elisa with NV capsid protein produced by the Baculovirus expression system. J Clin Microbiol 1994; 32:121–6. Wolfaadt M, Taylor MB, Booysen HF, Engelbrevcht, Grabow WOK, Jiang X. Indice of HuCV and Rotavirus infection in patients with gastroenteritis in South Africa. J Med Virol 1997;51:290–6.
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F.S. Ouattara-Soro * E. Ekaza A. Kacou-N’Douba G.C. Akoua-Koffi M. Dosso Unité de microbiologie moléculaire, laboratoire de bactériologie–virologie, institut Pasteur de Côte-d’Ivoire, BP 490, 01 Abidjan, Côte-d’Ivoire Adresse e-mail : [email protected] (F.S. Ouattara-Soro). Reçu le 27 octobre 2003 ; accepté le 13 janvier 2004 Disponible sur internet le 30 avril 2004 * Auteur correspondant. © 2004 Elsevier SAS. Tous droits réservés. doi:10.1016/j.medmal.2004.01.003
Lettre à la rédaction Détection de Calicivirus chez l’enfant de moins de cinq ans dans un quartier précaire à Abidjan Screening for Calicivirus in children under five years of age, in an Abidjan low-income district Mots clés : Calicivirus ; Enfants Keywords: Calicivirus; Children
1. Introduction Les gastro-entérites chez l’enfant constituent un problème de santé publique, du fait de la morbidité et de la mortalité élevées. Les étiologies des diarrhées infantiles sont dominées par les virus tels que les Rotavirus et les Calicivirus [1]. Le manque d’hygiène, les conditions de vie précaires, la surpopulation exposent les populations aux maladies du péril fécal. Très peu d’études ont été menées sur les virus des gastro-entérites en Afrique, et en particulier en Côted’Ivoire. Parmi les virus responsables de gastro-entérites, il est difficile de différencier les espèces en cause sur des arguments cliniques. Devant les insuffisances des méthodes de diagnostic biologiques conventionnelles, l’utilisation des méthodes moléculaires sont d’un apport considérable. L’objectif de notre étude était de détecter la présence des Calicivirus, virus non cultivable et deuxième cause de gastroentérites virales par RT-PCR chez des enfants de moins de cinq ans apparemment sains en habitat précaire.
2. Matériel et méthodes L’étude a porté sur 210 selles, provenant d’enfants de 0 à 5 ans apparemment sains recrutés dans un quartier précaire de la commune d’Attiécoubé « Boribana » à Abidjan. Des prélèvements d’eau de l’environnement immédiat de ces enfants ont été également effectués. La détection de Calicivirus dans les selles et dans l’eau a été réalisée par la technique de la RT-PCR. La concentration des particules virales des échantillons a été suivi par l’extraction de l’ARN par la méthode au phénol–chloroforme. La réaction de transcription inverse a été réalisée à l’aide de l’amorce reverse NVP 110 : 5’-ACD ATY TCA TCA TCA CCA TA-3 suivi d’une réaction d’amplification par PCR en utilisant en plus l’amorce sens NP 36 : 5’-ATA AAA GTT GGC ATG AAC A-3’. Ces amorces permettent d’amplifier
un fragment 397 pb spécifique du gène codant pour l’ARN polymérase ARN-dependant des Calicivirus [2]. La révélation des produits d’amplification s’est faite par électrophorèse en gel d’agarose à 1,5 %.
3. Résultats La répartition des enfants recrutés selon le sexe a donné un sex-ratio de 1,2. Les enfants de moins de trois ans représentaient 55,7 % contre 44,3 % chez ceux de trois à cinq ans. Les fragments attendus ont été détectés dans deux échantillons de selles, ce qui a donné un taux de portage de 0,95 %. Les deux échantillons positifs appartenaient à des enfants de moins de trois ans et du genre masculin. Aucune amplification n’a pu être obtenue avec les 150 échantillons d’eau analysés.
4. Discussion Les prévalences, du virus de Norwalk dans les gastroentérites aiguës, rapportées par plusieurs auteurs, étaient faibles. Ainsi, au Kenya, en 1998 Nakata et al. ont rapporté un taux de 0,08 % soit 1 cas sur 1186 échantillons de selles [3]. En Afrique du Sud, et au Japon, de faibles prévalences (0,62 %) ont été également rapportées [4,5]. Bien que notre étude ait été effectuée chez des enfants apparemment sains, dans une zone de mauvaises conditions d’hygiène, elle a donné également un taux faible de 0,95 % en conformité avec les autres auteurs. Nos résultats ont permis de révéler pour la première fois la circulation des Calicivirus en Côte-d’Ivoire. Ce portage chez les enfants apparemment sains, confirme une infection asymptomatique par le virus. Dans tous les cas, la présence de Calicivirus dans les selles constitue un facteur de risque non négligeable. L’absence de Calicivirus dans les échantillons d’eau pourrait être lié à la nature de l’échantillon. La recherche de Calicivirus dans les fruits de mer pourrait donner de meilleurs résultats compte tenu du fait de leur grande activité de filtration de l’eau et de la concentration des virus dans certains organes [2].
5. Conclusion Il ressort de notre travail que les Calicivirus circulent en Côte-d’Ivoire. Une étude ultérieure sur la recherche des Calicivirus et des autres virus chez des enfants présentant une gastro-entérite à différentes saisons permettra de détecter des
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épidémies. Dans le but de maîtriser le risque du péril fécal, une surveillance microbiologique dans les selles et dans l’environnement s’impose dans nos pays en développement.
Références [1] [2] [3]
[4]
[5]
Wilhelmi I, Roman E, Sanchez-Fauquier A. Viruses causing gastroenteritis. Clin Microbiol Infect 2003;9:247–62. Le Guyader F. Evaluation of a degerate primer for the PCR detection of human Calicivirus. Arch Virol 1996;141:2225–8. Nakata S, Honma S, Numata K. Prevalence of HuCV infections in Kenya by Enzyme Immuno Assays for three genogroups of the virus. Clin Microbiol 1998;36:3160–3. Numata S, Nakata S, Jiang X. Epidemiological study of NV infections in Japon and South east Asia by Elisa with NV capsid protein produced by the Baculovirus expression system. J Clin Microbiol 1994; 32:121–6. Wolfaadt M, Taylor MB, Booysen HF, Engelbrevcht, Grabow WOK, Jiang X. Indice of HuCV and Rotavirus infection in patients with gastroenteritis in South Africa. J Med Virol 1997;51:290–6.
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F.S. Ouattara-Soro * E. Ekaza A. Kacou-N’Douba G.C. Akoua-Koffi M. Dosso Unité de microbiologie moléculaire, laboratoire de bactériologie–virologie, institut Pasteur de Côte-d’Ivoire, BP 490, 01 Abidjan, Côte-d’Ivoire Adresse e-mail : [email protected] (F.S. Ouattara-Soro). Reçu le 27 octobre 2003 ; accepté le 13 janvier 2004 Disponible sur internet le 30 avril 2004 * Auteur correspondant. © 2004 Elsevier SAS. Tous droits réservés. doi:10.1016/j.medmal.2004.01.003